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- PDB-7ju5: Structure of RET protein tyrosine kinase in complex with pralsetinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ju5
タイトルStructure of RET protein tyrosine kinase in complex with pralsetinib
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / oncogene / RET / Tyrosine Kinase / ATP-binding / Thyroid cancer / Non small cell lung cancer / pralsetinib / Transferase-Transferase inhibitor complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / Formation of the ureteric bud ...Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / Formation of the ureteric bud / positive regulation of neuron maturation / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / neuron cell-cell adhesion / innervation / plasma membrane protein complex / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / ureteric bud development / response to pain / regulation of axonogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / positive regulation of cell size / RET signaling / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / NPAS4 regulates expression of target genes / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / MAPK cascade / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / early endosome / receptor complex / endosome membrane / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / axon / protein phosphorylation / neuronal cell body / calcium ion binding / dendrite / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like ...Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Pralsetinib / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Terzyan, S.S. / Shen, T. / Wu, J. / Mooers, B.H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103640 米国
引用ジャーナル: Ann Oncol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of acquired resistance to selpercatinib and pralsetinib mediated by non-gatekeeper RET mutations.
著者: Subbiah, V. / Shen, T. / Terzyan, S.S. / Liu, X. / Hu, X. / Patel, K.P. / Hu, M. / Cabanillas, M. / Behrang, A. / Meric-Bernstam, F. / Vo, P.T.T. / Mooers, B.H.M. / Wu, J.
履歴
登録2020年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6688
ポリマ－71,4162
非ポリマー1,2516
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.449, 80.329, 79.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Cadherin family member 12 / Proto-oncogene c-Ret


分子量: 35708.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RET, CDHF12, CDHR16, PTC, RET51 / プラスミド: PBACPAK6 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-Q4J / Pralsetinib / BLU-667 / trans-N-{(1S)-1-[6-(4-fluoro-1H-pyrazol-1-yl)pyridin-3-yl]ethyl}-1-methoxy-4-{4-methyl-6-[(5-methyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-2-yl}cyclohexane-1-carboxamide


分子量: 533.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32FN9O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 % / 解説: Transparent small crystals.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 21-30% PEG3350 0.1M Na Citrate pH 5.5 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日 / 詳細: Flat bent Colimator Rh covered
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 47291 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 26.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 17.18
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2337 / CC1/2: 0.86 / Rpim(I) all: 0.383 / Rrim(I) all: 0.66 / Χ2: 1.27 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6NEC

6nec


解像度: 1.9→78.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.191 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 2389 5.1 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.191 44787 94.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.44 Å2 / Biso mean: 36.413 Å2 / Biso min: 15.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.31 Å20 Å20.83 Å2
2---0.89 Å2-0 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→78.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4623 0 90 264 4977
Biso mean--31.01 40.34 -
残基数----577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8231.996715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9093.00411143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8735609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17823.333216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.93115912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6841539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021148
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.947 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 161 -
Rwork0.442 3097 -
obs--88.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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