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- PDB-7jtl: Structure of SARS-CoV-2 ORF8 accessory protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jtl
タイトルStructure of SARS-CoV-2 ORF8 accessory protein
要素ORF8 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / SARS2 / Covid-19 / coronavirus / accessory protein / host-factor restriction / RNA virus / immune evasion / MHC-I / open reading frame 8
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of Accessory Proteins / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Interleukin-17 signaling / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of interferon-beta production / cytokine activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lysosome / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses ...Translation of Accessory Proteins / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Interleukin-17 signaling / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of interferon-beta production / cytokine activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lysosome / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
SARS-like ORF8 accessory protein, Ig-like domain / SARS ORF8 accessory protein immunoglobulin (Ig)-like domain profile. / Non-structural protein ORF8, betacoronavirus / ORF8, SARS-CoV-2 / Betacoronavirus NS8 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Flower, T.G. / Buffalo, C.Z. / Hooy, R.M. / Allaire, M. / Ren, X. / Hurley, J.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI112442 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32 GM125209 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structure of SARS-CoV-2 ORF8, a rapidly evolving immune evasion protein.
著者: Flower, T.G. / Buffalo, C.Z. / Hooy, R.M. / Allaire, M. / Ren, X. / Hurley, J.H.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structure of SARS-CoV-2 ORF8, a rapidly evolving coronavirus protein implicated in immune evasion.
著者: Flower, T.G. / Buffalo, C.Z. / Hooy, R.M. / Allaire, M. / Ren, X. / Hurley, J.H.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_name_com ...citation / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02021年2月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / chem_comp / citation / citation_author / entity / entity_name_com / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_name_com.name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_label_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_label_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ncs_dom.details / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id
解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF8 protein
B: ORF8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4713
ポリマ－24,4482
非ポリマー231
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.258, 44.258, 264.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain "A" and (resid 18 through 63 or (resid 64...
21(chain "B" and ((resid 18 through 19 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLUAA18 - 641 - 47
12SERILEAA69 - 12150 - 102
21GLNGLUBB18 - 641 - 47
22SERILEBB69 - 12149 - 101

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999049108241, 0.030578559849, 0.0310778216764), (-0.0184046261016, -0.941970692597, 0.335190220659), (0.0395240314321, 0.334299515353, 0.941637767389)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999049108241, 0.030578559849, 0.0310778216764), (-0.0184046261016, -0.941970692597, 0.335190220659), (0.0395240314321, 0.334299515353, 0.941637767389)
ベクター: 75.7226022731, 32.3032306474, -7.30090826968)

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要素

#1: タンパク質 ORF8 protein / ORF8 / Non-structural protein 8 / ns8


分子量: 12223.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium dihydrogen phosphate pH 6.5, 12 % (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.000001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→43.65 Å / Num. obs: 17510 / % possible obs: 95.06 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 36.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1009 / Rpim(I) all: 0.03226 / Rrim(I) all: 0.1061 / Net I/σ(I): 14.92
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 1.592 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1593 / CC1/2: 0.39 / Rpim(I) all: 0.555 / Rrim(I) all: 1.694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→43.65 Å / SU ML: 0.2592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.0001
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 1700 10 %
Rwork0.2174 15305 -
obs0.2214 17005 95.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→43.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1622 0 1 202 1825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00771666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99092272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0613254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1136596
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.47328329025 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.10.3851180.35991041X-RAY DIFFRACTION79.17
2.1-2.170.34451220.3141100X-RAY DIFFRACTION86.12
2.17-2.250.35311310.30911173X-RAY DIFFRACTION88.95
2.25-2.340.31241360.26621199X-RAY DIFFRACTION91.75
2.34-2.440.32871360.26541243X-RAY DIFFRACTION96.23
2.44-2.570.29991420.26081284X-RAY DIFFRACTION98.01
2.57-2.730.30791480.2511322X-RAY DIFFRACTION99.26
2.73-2.940.30161490.2221337X-RAY DIFFRACTION99.87
2.94-3.240.2121450.21651329X-RAY DIFFRACTION99.93
3.24-3.710.24151540.20231377X-RAY DIFFRACTION100
3.71-4.670.22421530.16211380X-RAY DIFFRACTION100
4.67-43.650.22741660.20961520X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.901640301079-0.3240620178590.7770290462470.550297168245-0.2548083559390.830067999353-0.1723266071090.1935210040120.3931152646240.2825076946010.111659325518-0.151371903135-0.0399292468792-0.183302812714-0.001286882622680.217252432229-0.0175317558673-0.0003789759719880.4822557732570.02675894495380.34467652927950.506586434638.7413898998111.882078392
20.8272086818650.510464922872-0.7892960673910.527050299864-0.3599944008270.811968806507-0.173666715429-0.426798060487-0.4456469773080.0449397165512-0.0542151023022-0.0594929498040.0452852467527-0.111127720912-0.002743832133680.2969127948990.01211545600750.009477112370610.3878548787480.07991827741410.44943461752349.082167878324.3404076581116.881100926
31.426941468231.93864848960.3181829962974.47373838371-0.3762186875320.4313391391580.171551007444-0.37862741180.4136601676540.45942763431-0.5035276714680.6830852589960.03997887556490.454832980708-0.1023397795710.410988768913-0.0197404127980.06891749457650.5709746639330.001784847394960.19738710627851.098593438516.275876224102.004017712
41.10174565390.32690850461-0.3679490928391.800410729610.634035915581.1901549975-0.06910496171490.1497371834250.01744245157950.0504904217133-0.0809490102035-0.09925417341320.101905570720.0763570200729-0.0002861747864220.26138158315-0.007220703395030.005729063919770.395023414170.01923282937540.28674673772149.965550726428.2630136034115.426644307
53.02015054481-2.32746335929-1.07603070763.09229959579-1.067865788063.103688669430.02167285643110.003248781514-0.06746999722910.298461730196-0.0186154026277-0.473241503994-0.09582023765370.06355876595690.0001235758611960.217545842351-0.0185924145870.01792898774560.4343474843050.02249844184860.43219340147830.803530972533.1376995565113.494282135
61.12972148194-1.02173651233-0.1595575486120.9338131334130.3138166425291.21178336173-0.1627847076320.05521182933960.3800891352840.2762133786250.07904042845270.0140458540566-0.259620304393-0.08538125960280.0008640981122850.327837353130.0912890186085-0.1025456294450.3599215419660.01615757624610.3545139103931.515563174347.5337683082112.452207946
70.154906041480.0787860756164-0.2195092479910.181152521075-0.147305960040.3000680578520.3842078443940.6979640895720.5444679680870.249614882575-0.5895733722270.216472871624-0.117963124188-0.314575128567-0.0003183393037970.4783704642410.0643932104334-0.08951516607010.5203058782450.03518562914690.72098814099126.181860452850.1437015197100.341704756
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 18 through 32 )AA18 - 321 - 15
22chain 'A' and (resid 33 through 64 )AA33 - 6416 - 47
33chain 'A' and (resid 67 through 76 )AA67 - 7648 - 57
44chain 'A' and (resid 77 through 121 )AA77 - 12158 - 102
55chain 'B' and (resid 18 through 32 )BB18 - 321 - 15
66chain 'B' and (resid 33 through 64 )BB33 - 6416 - 47
77chain 'B' and (resid 65 through 77 )BB65 - 7748 - 57
88chain 'B' and (resid 78 through 95 )BB78 - 9558 - 75
99chain 'B' and (resid 96 through 121 )BB96 - 12176 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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