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万見
- PDB-7jro: Plant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jro
タイトルPlant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 5
  • COX1
  • COX3
  • COX4
  • COX7a
  • COX7c
キーワードOXIDOREDUCTASE / mitochondria / respiration / bioenergetics / plants
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex IV / : / : / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / : / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / copper ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit 5c / Protein of unknown function DUF1138 / Protein of unknown function (DUF1138) / Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb ...Cytochrome c oxidase subunit 5c / Protein of unknown function DUF1138 / Protein of unknown function (DUF1138) / Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / LYSINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / uncharacterized protein LOC106757297 / uncharacterized protein LOC106759053 / Cytochrome c oxidase subunit 2 ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / LYSINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / uncharacterized protein LOC106757297 / uncharacterized protein LOC106759053 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial / cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5C / uncharacterized protein LOC106772338 / cytochrome c oxidase subunit 6b-1
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ)
Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Maldonado, M. / Letts, J.A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Atomic structures of respiratory complex III, complex IV, and supercomplex III-IV from vascular plants.
著者: Maria Maldonado / Fei Guo / James A Letts /
要旨: Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes ...Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes remain unknown. We present atomic models of CIII, CIV, and SC III+IV from determined by single-particle cryoEM. The structures reveal plant-specific differences in the MPP domain of CIII and define the subunit composition of CIV. Conformational heterogeneity analysis of CIII revealed long-range, coordinated movements across the complex, as well as the motion of CIII's iron-sulfur head domain. The CIV structure suggests that, in plants, proton translocation does not occur via the H channel. The supercomplex interface differs significantly from that in yeast and bacteria in its interacting subunits, angle of approach and limited interactions in the mitochondrial matrix. These structures challenge long-standing assumptions about the plant complexes and generate new mechanistic hypotheses.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22447
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: COX1
b: Cytochrome c oxidase subunit 2
c: COX3
d: COX4
e: cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial
f: cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial
g: cytochrome c oxidase subunit 6b-1
h: Cytochrome c oxidase subunit 5C
i: COX7a
j: COX7c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,21337
ポリマ－198,31910
非ポリマー17,89527
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 acdij

#1: タンパク質 COX1


分子量: 57960.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#3: タンパク質 COX3


分子量: 29967.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#4: タンパク質 COX4


分子量: 8811.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
参照: UniProt: A0A1S3TNX9
#9: タンパク質 COX7a


分子量: 7622.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
参照: UniProt: A0A1S3TUX2
#10: タンパク質 COX7c


分子量: 10505.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
参照: UniProt: A0A1S3V7C2

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 5種, 5分子 befgh

#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 28391.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
参照: UniProt: A0A1S3TZB2
#5: タンパク質 cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial


分子量: 16694.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
参照: UniProt: A0A1S3U1E4
#6: タンパク質 cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial


分子量: 11225.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
参照: UniProt: A0A1S3UMA0
#7: タンパク質 cytochrome c oxidase subunit 6b-1


分子量: 20018.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
参照: UniProt: A0A1S3VV60
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5C


分子量: 7120.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
参照: UniProt: A0A1S3V319

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非ポリマー , 9種, 27分子

#11: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#12: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#13: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#15: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#18: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#19: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial Respiratory Complex IV / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.485 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ) / Organelle: mitochondria / 組織: hypocotyl
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMEDTA1
40.2 %digitonin1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This sample was monodisperse on size exclusion chromatography but was a mixture of different mitochondrial respiratory complexes
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 60010 X / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 86.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 150000000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29348 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 67 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
16Q9E

6q9e

1
25B1A

5b1a

1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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