+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jrk | |||||||||
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Title | The Structure of BamE from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||
Components | Outer membrane protein assembly factor BamE | |||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / BAM complex / lipoprotein. | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / protein-macromolecule adaptor activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.71 Å | |||||||||
Authors | Bi, M. / Noinaj, N. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of BamE from Pseudomonas aeruginosa Authors: Bi, M. / Noinaj, N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jrk.cif.gz | 52.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jrk.ent.gz | 34.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jrk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jrk_validation.pdf.gz | 434.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7jrk_full_validation.pdf.gz | 438.1 KB | Display | |
Data in XML | 7jrk_validation.xml.gz | 9.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7jrk_validation.cif.gz | 12 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/7jrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/7jrk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5wamS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17217.127 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: bamE, omlA, oprX, PA4765 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: O68562 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.84 Å3/Da / Density % sol: 33.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: Imidazole, sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 26527 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.876 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 253661 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5WAM Resolution: 1.71→29.7 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 46.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 156.75 Å2 / Biso mean: 59.7612 Å2 / Biso min: 30.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.71→29.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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