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万見
- PDB-7jr1: Crystal structure of the R64F mutant of Bauhinia Bauhinioides Kal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jr1
タイトルCrystal structure of the R64F mutant of Bauhinia Bauhinioides Kallikrein Inhibitor complexed with Bovine Trypsin
要素
  • Cationic trypsin
  • Kunitz-type inihibitor
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Human Kallikrein 4 / Bauhinia Bauhiniordes Kallikrein Inhibitor / Bovine Trypsin / R64F mutant / BbKI / STRUCTURAL PROTEIN / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. ...Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Kunitz-type inihibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bauhinia bauhinioides (マメ科)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Li, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural studies of complexes of kallikrein 4 with wild-type and mutated forms of the Kunitz-type inhibitor BbKI.
著者: Li, M. / Srp, J. / Mares, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
G: Kunitz-type inihibitor
B: Cationic trypsin
C: Cationic trypsin
D: Cationic trypsin
E: Cationic trypsin
F: Cationic trypsin
H: Kunitz-type inihibitor
I: Kunitz-type inihibitor
J: Kunitz-type inihibitor
K: Kunitz-type inihibitor
L: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,89232
ポリマ－247,26312
非ポリマー1,62920
水10,251569
1
A: Cationic trypsin
G: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4034
ポリマ－41,2112
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
2
B: Cationic trypsin
H: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3073
ポリマ－41,2112
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
3
C: Cationic trypsin
I: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4496
ポリマ－41,2112
非ポリマー2384
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PISA
4
D: Cationic trypsin
J: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4995
ポリマ－41,2112
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA
5
E: Cationic trypsin
K: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6187
ポリマ－41,2112
非ポリマー4075
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
6
F: Cationic trypsin
L: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6187
ポリマ－41,2112
非ポリマー4075
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area15400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.063, 207.063, 107.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質
Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質
Kunitz-type inihibitor


分子量: 17886.295 Da / 分子数: 6 / Mutation: R64F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bauhinia bauhinioides (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VEQ7
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.5
11-K, -H, -L20.5
反射解像度: 2.05→89.66 Å / Num. obs: 163669 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 8079 / Rsym value: 1.094

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.05→89.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 5.579 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 1522 0.9 %RANDOM
Rwork0.1717 ---
obs0.1722 162115 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.2 Å2 / Biso mean: 45.9 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.09 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.09 Å2-0 Å2
3---8.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→89.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17334 0 84 569 17987
Biso mean--57.55 40.07 -
残基数----2316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01317869
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01716205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.6324309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3311.57437881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.56552322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.47524.098732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.908152883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7871548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.22322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0220061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023411
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 132 -
Rwork0.295 11933 -
all-12065 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52360.52930.1250.6245-0.00570.3176-0.07820.01270.0513-0.07370.030.0760.00320.02950.04820.0962-0.01770.03560.04690.03580.071591.341184.300280.6848
20.07160.04280.05622.0641-0.38070.15690.0867-0.0290.0243-0.0388-0.1736-0.09370.0625-0.02030.08680.1147-0.01150.00240.0734-0.04130.0744130.785960.843187.2363
30.90410.6828-0.13340.5654-0.08770.156-0.1593-0.007-0.0063-0.12380.0785-0.0270.008-0.00190.08080.0956-0.0098-0.02090.1373-0.04860.0638115.808435.527180.7443
40.0940.0504-0.04641.34660.17260.16290.0770.0140.02570.0218-0.13610.0362-0.0080.00190.05910.1125-0.0160.0230.06180.03580.055576.523958.94287.1225
50.1770.02970.13340.9402-0.00760.21750.06850.0412-0.00410.0732-0.1462-0.02550.0049-0.0010.07760.1118-0.0278-0.02040.0808-0.0310.056627.30621.73685.8815
61.54461.13730.26781.09320.15650.0635-0.1145-0.13610.1348-0.1740.07260.09840.0215-0.04180.04190.1172-0.02350.02540.129-0.00160.0294-12.753223.830879.438
70.3172-0.0342-0.05041.34960.26840.1737-0.0615-0.00990.0905-0.03160.0849-0.07030.02240.0692-0.02330.1367-0.02890.01210.0436-0.00480.0582112.342106.765182.0903
81.14210.3328-0.14540.9647-0.13090.07760.10790.09390.13880.0839-0.0616-0.0156-0.0149-0.0051-0.04630.0674-0.05890.01050.0980.02210.0511139.629890.205385.056
90.47190.12250.16361.6056-0.44890.292-0.1063-0.0865-0.0915-0.07420.16660.0941-0.0354-0.052-0.06030.1079-0.01050.00640.06630.02610.045194.960112.93482.3958
101.10270.620.18410.81960.24110.14010.0540.0386-0.12650.0911-0.0447-0.00010.00930.0063-0.00920.0691-0.0605-0.01370.0662-0.00490.073367.50429.663184.6964
111.20610.4624-0.14291.0982-0.07140.13510.08740.08580.13530.077-0.0506-0.0646-0.0163-0.0554-0.03680.0882-0.05140.01030.07760.02130.037736.209731.105284.464
120.31710.05440.12421.74940.42070.4045-0.10090.00110.104-0.00420.1331-0.09790.01830.0561-0.03220.1261-0.0281-0.0330.0317-0.02280.05728.034346.353581.8408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 245
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 245
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4D16 - 245
5X-RAY DIFFRACTION5E16 - 245
6X-RAY DIFFRACTION6F16 - 245
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 163
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 163
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 163
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 163
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 163
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 163

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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