PDB-7jqi: Structure of wild type Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jqi

タイトル

Structure of wild type Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A from Escherichia Coli in complex with alpha-ketoglutarate and NADP+

要素

Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of wild type Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A from Escherichia Coli in complex with alpha-ketoglutarate and NADP+
著者: Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jqi.cif.gz	241 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jqi.ent.gz	162 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jqi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jqi_validation.pdf.gz	752.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jqi_full_validation.pdf.gz	755.2 KB	表示
XML形式データ	7jqi_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	7jqi_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jqhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jqh-1 6ovl-1 6p35-1 3kbo-2 6oxn-1 7kyl-2 3cx6-d 3mgx-d 4lzn-d 6npe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A

ヘテロ分子

37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A

ヘテロ分子

A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.887, 158.887, 96.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-670- HOH

#1: タンパク質	Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A / 2-ketoacid reductase 分子量: 37038.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 株: BL21(DE3) / 遺伝子: ghrA, ECBD_2566 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A140NAE3, glyoxylate reductase (NADP+), hydroxypyruvate reductase
#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 17%PEG 3350, 0.25 M Li2SO4, 1.8 mM NADP+, 0.1 M BIS TRIS pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.399→45.87 Å / Num. obs: 28335 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 34.92 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.38
反射シェル	解像度: 2.399→2.485 Å / Num. unique obs: 2727 / CC_1/2: 0.973

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JQH

7jqh

解像度: 2.4→45.87 Å / SU ML: 0.2016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.3997
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	1403	4.95 %
R_work	0.1585	26922	-
obs	0.1603	28325	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2480	0	58	209	2747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0109	2609
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2692	3565
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0575	384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.0014	1543

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.48	0.2133	157	0.17	2565	X-RAY DIFFRACTION	97.56
2.48-2.58	0.2133	138	0.1666	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.58-2.7	0.1828	162	0.1601	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.7-2.84	0.2171	124	0.1667	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-3.02	0.2303	126	0.1788	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.02-3.26	0.2581	128	0.1803	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.26-3.58	0.2138	142	0.1708	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.58-4.1	0.1527	140	0.1398	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.48
4.1-5.17	0.1686	143	0.1267	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.62
5.17-45.87	0.2002	143	0.1719	2882	X-RAY DIFFRACTION	98.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.24542978656	-0.0316468645292	-2.0648230364	6.8238448694	1.1222294586	6.81039491853	0.454167305845	1.32221214268	0.843358527702	-0.195894469748	0.00380291771366	0.490998420739	-0.96192678669	-1.12671836099	-0.445140215738	0.366301483899	0.155044942713	0.0355087281436	0.549050979682	0.131795521796	0.362490155072	-17.0095801998	72.4850083461	-42.3127039348
2	6.27877351539	0.20349430061	0.556893742799	6.30641174874	0.0647559347889	5.97751182153	0.172339766994	0.970036301779	-0.328887914301	-0.424867329408	0.0302729761176	0.272834778724	0.129303601377	-0.591518535444	-0.161515156749	0.213649401505	-0.0253488842228	-0.0156729511954	0.429241510846	-0.0246668087802	0.261509467009	-13.3263601236	60.9331159407	-43.7492762674
3	2.34327976588	-1.93791451954	-2.92171404095	3.14399691553	1.93563249555	3.89380630043	-0.0686075918653	-0.0799963312952	-0.134952751014	0.115716411903	0.0822632825153	-0.0803430380907	0.111262888401	0.0247628174358	-0.0189669067496	0.201524886967	-0.0133663348593	-0.0376753519326	0.327390838209	0.00356406448887	0.220863045998	-11.1437514619	59.2361657434	-32.4860393166
4	3.33035498279	-0.707401676424	-1.48743027606	1.05070896728	0.0777811789814	1.69268005008	0.00582538702438	-0.188305065023	-0.114487191732	0.226857677279	0.0161992153248	0.136597385045	0.0320397905619	-0.0375324504393	-0.031667091214	0.264986941049	-0.059361666895	0.0123175084323	0.244163574808	-0.013830297809	0.260496326616	-28.8174147495	70.7208792935	-2.2100978095
5	1.06633165541	-1.15503850442	-1.19202534255	1.2906958718	1.44518774647	1.670176141	0.108977024979	-0.176388469885	0.287367687554	0.0781191983696	0.0718800025087	-0.384662459836	-0.148903503632	0.313883810398	-0.183776262723	0.243391216027	-0.0511306540125	-0.0388225406715	0.36664050953	0.00531312933152	0.322585776609	-13.9293654753	70.5633485646	-6.8861300761
6	9.6046207531	0.452887701057	-2.11222241477	2.60577567965	-3.0266279955	3.73907982425	0.145695124939	-0.426944724244	-0.266645516216	0.1036010076	-0.241559481246	-0.0958884260553	0.142737349964	0.440508923481	0.0856621054438	0.235774548432	-0.0272970098214	-0.0330496253023	0.228246566901	-0.00274102630051	0.155578518279	-10.1499949723	60.625658544	-4.98786808506
7	2.34475522457	-1.78800829556	-3.22468079759	4.02836381992	2.93057731256	2.06828849935	-0.218417974025	-0.15370438696	-0.466491311706	0.267701819719	-0.00983206079444	0.0909705940336	0.521017479174	0.0260231888202	0.199281861514	0.255973587571	-0.0414415203106	-0.0435815471746	0.27972175856	0.00880575537039	0.305180587872	-19.6836996881	54.5768005073	-8.57983557373
8	3.11752723571	-0.570274755816	-0.896812700558	2.62155911527	-2.40638136495	2.87134164947	0.0264913167294	0.115314742714	-0.321661297645	-0.0746833523655	0.143703438522	0.284929343818	0.35593112688	-0.241555402137	-0.143415166979	0.236975565471	-0.0854694514769	-0.0102899863177	0.204580199556	-0.0269444834056	0.256358095306	-28.6940297292	55.5238220029	-12.7898505065
9	4.66305504578	0.924629571334	-2.45056862748	4.72095147838	-2.66093642006	4.00247666906	-0.0530644885373	0.128853033399	-0.176806835656	-0.114585436744	0.0739464389886	0.29130219066	0.229738528155	-0.346765458223	-0.0274154490725	0.219762560946	-0.0802866540939	-0.0284817544606	0.298192615947	-0.0509044284826	0.19187453825	-32.2408559284	61.9742672277	-16.2127215347
10	2.54107155836	2.70975550858	-3.37455648682	2.94930780082	-3.59622487687	4.45892975154	0.166205866179	-0.211285968474	0.166541944635	0.283866653082	-0.166700427706	-0.377973655916	-0.264061855409	0.361285635203	0.0177698020264	0.262562859953	-0.018323774312	-0.0156861046898	0.293447587804	-0.0346645799815	0.273003664989	-5.7445051509	69.2775900654	-30.6989433926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 94 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 95 through 145 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 146 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 196 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 197 through 224 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 225 through 260 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 261 through 281 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 282 through 312 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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