[日本語] English
万見
- PDB-7jpj: Crystal Structure of the essential dimeric LYSA from Phaeodactylu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jpj
タイトルCrystal Structure of the essential dimeric LYSA from Phaeodactylum tricornutum
要素Diaminopimelate decarboxylase
キーワードLYASE / PLP BINDING ENZYME / DECARBOXYLASE / LYSINE BIOSYNTHESIS / D-LYSINE / OBLIGATE DIMER / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate decarboxylase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
D-LYSINE / Diaminopimelate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Fedorov, E. / Belinski, V.A. / Brunson, J.K. / Almo, S.C. / Dupont, C.L. / Ghosh, A.
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: The Phaeodactylum tricornutum diaminopimelate decarboxylase was acquired via horizontal gene transfer from bacteria and displays substrate promiscuity
著者: Bielinski, V.A. / Brunson, J.K. / Ghosh, A. / Moosburner, M.A. / Garza, E.A. / Fussy, Z. / Bai, J. / McKinnie, S.M.K. / Moore, B.S. / Allen, A.E. / Almo, S.C. / Dupont, C.L.
履歴
登録2020年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate decarboxylase
B: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,58210
ポリマ－93,7632
非ポリマー8198
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Superdex S200
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9600 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area30200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.780, 86.324, 127.196
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Diaminopimelate decarboxylase


分子量: 46881.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
株: CCAP 1055/1 / 遺伝子: PHATRDRAFT_21592 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7G3A2
#2: 化合物 ChemComp-DLY / D-LYSINE / D-リシン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 146.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 % / 解説: Rectangular
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate and 0.1 M Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→19.88 Å / Num. obs: 24364 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.274 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.285 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 328037
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.78-2.9313.50.8544578833900.8950.2380.8873.496.7
8.78-19.8812.80.093100537880.9970.0270.09720.291.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.66 Å29.73 Å
Translation2.66 Å29.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3940精密化
XDSFAST_DPデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KNW

1knw


解像度: 2.78→18.99 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 1307 5.38 %
Rwork0.1965 22992 -
obs0.1989 24299 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.29 Å2 / Biso mean: 23.4729 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.78→18.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6448 0 58 49 6555
Biso mean--34.96 19.59 -
残基数----864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.548987
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.851922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431009
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041175
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.78-2.890.31281410.25792414255596
2.89-3.020.31631550.256624892644100
3.02-3.180.27751480.244525242672100
3.18-3.370.28471400.220125502690100
3.37-3.630.25581150.200225742689100
3.63-3.990.23821460.187225622708100
3.99-4.560.2151400.160125832723100
4.57-5.720.2181430.171426192762100
5.73-18.990.18151790.169526772856100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9269-0.85770.00330.8861-0.31590.58070.28910.09110.002-0.2151-0.2210.03410.23950.12940.01510.17640.0545-0.02730.12410.00290.197428.40743.21124.448
22.33520.22010.8121.4191-0.73762.18360.13410.29920.2541-0.2152-0.3054-0.08630.15790.27060.22060.18110.03530.02220.08130.0260.141517.24557.55128.278
30.58410.41250.1310.4107-0.17841.52160.02310.04130.17070.087-0.1683-0.0952-0.4425-0.25570.12930.27090.0062-0.01520.11220.00470.241816.51164.1638.282
42.8804-1.1247-0.27212.0102-0.62183.9145-0.0488-0.1307-0.2867-0.158-0.08520.50370.1719-0.56250.11790.260.1429-0.0370.2462-0.03180.25681.05559.88341.969
52.1634-1.4333-0.62011.5151-0.40422.2597-0.03720.0247-0.12460.0253-0.02220.37930.0136-0.40030.03040.15920.0133-0.00740.2021-0.00020.2484-2.13457.09535.325
62.1154-1.96630.82282.3436-1.13621.23250.17140.0552-0.0791-0.2232-0.09440.12770.1240.0167-0.07670.1333-0.00930.02140.104-0.04880.210215.51440.94830.764
70.959-0.0478-0.20682.183-0.65051.8887-0.0170.0637-0.0505-0.0802-0.04660.13790.2375-0.05780.03450.1066-0.0051-0.02620.1646-0.01150.169727.34131.07335.978
80.9065-0.80650.50531.3554-0.73690.8748-0.1452-0.2209-0.06820.20660.13980.0783-0.1653-0.05250.03070.15840.023-0.00540.1657-0.0120.184624.68143.90169.18
90.8892-0.85280.21882.30580.22681.79860.0295-0.10380.1545-0.031-0.1126-0.3197-0.10940.30540.03970.1245-0.02980.01970.19540.01820.178441.72536.62657.872
100.58750.6174-0.04112.06290.72971.37270.01470.0281-0.1245-0.0330.06990.56120.3208-0.22410.13220.1313-0.1453-0.05570.0354-0.02640.32342.73627.91756.519
112.67533.49161.44998.9433-0.97692.663-0.2617-0.17930.1526-0.61870.3129-0.27540.09420.29970.16760.10130.03570.06930.1548-0.00940.278842.71221.88546.586
121.1372-0.69160.1480.9901-0.64310.73960.0190.0025-0.21520.0499-0.04510.04410.30870.00050.00530.154-0.0074-0.03530.12210.00850.239132.40921.36560.885
132.1345-1.70840.1572.4973-0.63451.37610.15180.1846-0.0642-0.03610.0960.1120.1089-0.3551-0.2020.18940.055-0.00470.23980.02790.16326.4647.69154.208
142.3059-0.69720.32892.03640.47511.0958-0.0985-0.0496-0.00440.23850.0853-0.0159-0.0799-0.27690.04620.1780.03720.02220.20260.04080.14958.63148.3157.848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 39:83 )A39 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 84:107 )A84 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 108:150 )A108 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 151:199 )A151 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 200:278 )A200 - 278
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 279:369 )A279 - 369
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 370:439 )A370 - 439
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 39:106 )B39 - 106
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 107:151 )B107 - 151
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 152:158 )B152 - 158
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 159:164 )B159 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 165:330 )B165 - 330
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 331:369 )B331 - 369
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 370:439 )B370 - 439

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る