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万見
- PDB-3fyi: Catalytic core subunits (I and II) of cytochrome C oxidase from R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fyi
タイトルCatalytic core subunits (I and II) of cytochrome C oxidase from Rhodobacter sphaeroides in the reduced state bound with cyanide
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / conformational changes / cyanide binding / Cell membrane / Electron transport / Heme / Hydrogen ion transport / Ion transport / Iron / Membrane / Metal-binding / Respiratory chain / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II ...Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / COPPER (I) ION / CYANIDE ION / HEME-A / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / TRIDECANE / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Qin, L. / Mills, D.A. / Proshlyakov, D.A. / Hiser, C. / Ferguson-Miller, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Redox dependent conformational changes in cytochrome c oxidase suggest a gating mechanism for proton uptake.
著者: Qin, L. / Liu, J. / Mills, D. / Proshlyakov, D.A. / Hiser, C. / Ferguson-Miller, S.
履歴
登録2009年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / pdbx_entry_details ...chem_comp_atom / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 1
D: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,73147
ポリマ－185,1224
非ポリマー11,60943
水8,467470
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,92225
ポリマ－92,5612
非ポリマー6,36123
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19430 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
2
C: Cytochrome c oxidase subunit 1
D: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,80922
ポリマ－92,5612
非ポリマー5,24820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17320 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.344, 131.877, 176.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I / Cytochrome aa3 subunit 1


分子量: 63195.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: ctaD / プラスミド: PRK415 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): deltaIdeltaIV / 参照: UniProt: P33517, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome aa3 subunit 2 / Oxidase aa(3) subunit 2


分子量: 29365.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: ctaC, coxII, ctaB / プラスミド: PRK415 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): deltaIdeltaIV / 参照: UniProt: Q03736, cytochrome-c oxidase

-
糖 , 1種, 10分子

#8: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 9種, 503分子

#3: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#4: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#9: 化合物
ChemComp-TRD / TRIDECANE / LIPID FRAGMENT / トリデカン


分子量: 184.361 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28
#10: 化合物 ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#11: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 23%-24% PEG-400, crystals reduced with dithionite and soaked with cyanide, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 145489 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / % possible all: 73.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MD2データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GSM

2gsm


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.002 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1) THERE IS A COVALENT LINKAGE BETWEEN NE2 OF HIS284 OF SUBUNIT I AND CE2 OF TYR288 OF SUBUNIT I. (2) THERE IS RESIDUAL DENSITY IN (FO-FC) DIFFERENCE FOURIER MAP AT THE MAGNESIUM SITES IN ...詳細: 1) THERE IS A COVALENT LINKAGE BETWEEN NE2 OF HIS284 OF SUBUNIT I AND CE2 OF TYR288 OF SUBUNIT I. (2) THERE IS RESIDUAL DENSITY IN (FO-FC) DIFFERENCE FOURIER MAP AT THE MAGNESIUM SITES IN BOTH MOLECULES AND THE B -FACTOR FOR EACH MAGNESIUM ION IS UNUSUALLY LOW. THESE OBSERVATIONS SUGGEST THAT THIS MAGNESIUM SITE MAY BE PARTIALLY OCCUPIED BY A HEAVIER METAL ION IN THE PROTEIN CRYSTAL. (3) THE SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES ARE NOT FULLY RESOLVED. THE UNRESOLVED SIDE CHAIN ATOMS ARE ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.00 AND AN ARBITORY B-FACTOR OF 100.00: PHE-A-17 THR-A-18 ARG-A-19 LYS-A-74 GLU-A-548 GLU-B-131 LYS-C-74 ARG-C- 137 LYS-C-224 ARG-C-521 ARG-C-524 GLU-C-548 LYS-D-86 HIS-D- 284. (4) LIGANDS LABELLED AS TRD ARE ALL ALKYL CHAINS (WITH DIFFERENT LENGTHS) OF EITHER DMU OR NATIVE MEMBRANE LIPIDS SUCH AS PHOSPHATIDYL ETHANOLAMINE OR CARDIOLIPIN. SOME OF THE DETERGENTS LABELLED AS DMU DO NOT CONTAIN THE CARBON CHAINS, OR THE DISTAL GLUCOSE MOIETY. THE AUTHORS DO NOT KNOW FOR SURE THE IDENTITIES OF THE COMPLETE MOLECULES YET.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21906 3933 2.8 %RANDOM
Rwork0.1943 ---
obs0.195 137425 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12434 0 685 470 13589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213587
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1551.98218524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.53351578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90422.789527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.646151878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0061541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.26987
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.29369
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1230.217
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0620.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5081.57842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.964212667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34235745
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1614.55853
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 218 -
Rwork0.255 7652 -
obs--73.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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