PDB-7jma: Crystal structure of the apo form of Nitrogenase iron-molybdenum ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jma

タイトル

Crystal structure of the apo form of Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis enzyme NifB from Methanothermobacter thermautotrophicus

要素

Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Nitrogenase / Radical SAM enzyme / iron-molybdenum cofactor biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kang, W. / Hu, Y. / Ribbe, M.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: X-Ray Crystallographic Analysis of NifB with a Full Complement of Clusters: Structural Insights into the Radical SAM-Dependent Carbide Insertion During Nitrogenase Cofactor Assembly.
著者: Kang, W. / Rettberg, L.A. / Stiebritz, M.T. / Jasniewski, A.J. / Tanifuji, K. / Lee, C.C. / Ribbe, M.W. / Hu, Y.

履歴

登録	2020年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2021年2月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.4	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jma.cif.gz	115.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jma.ent.gz	73.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jma.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jma_validation.pdf.gz	425.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jma_full_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示
XML形式データ	7jma_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	7jma_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jma	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jmbC 6y1xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cbt-d 3wp1-d 2cbq-1 5t3j-d 3h9w-1 2cbq-3 2p1l-4 2omo-3 4rrb-1 3n0u-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m37jma / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.890, 57.890, 143.519
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB 分子量: 33577.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27899
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M MIB (pH5) 25 % w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→53.6 Å / Num. obs: 27742 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.41 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 18.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3932 / CC_1/2: 0.416 / R_pim(I) all: 1.219 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Y1X

6y1x

解像度: 1.7→31.1 Å / SU ML: 0.1925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8675
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	1377	4.99 %
R_work	0.1897	26239	-
obs	0.1909	27616	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1593	0	0	73	1666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	1621
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8409	2206
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	287
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4192	990

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.76	0.3185	142	0.2956	2524	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.76-1.83	0.3336	124	0.282	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.83-1.91	0.2877	116	0.2547	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.91-2.02	0.2589	148	0.205	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.02-2.14	0.2127	135	0.2007	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.14-2.31	0.215	144	0.2017	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.31-2.54	0.2287	134	0.1997	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.54-2.91	0.213	153	0.1879	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.91-3.66	0.2232	139	0.1807	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.66-31.1	0.1838	142	0.1713	2854	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.81370663409	1.18368191345	1.04881451306	3.97069037351	2.17086834932	4.12971081802	0.0512595217479	-0.195855319004	-0.475825041781	0.183874761473	0.2294518675	0.0722760072411	0.147451707364	-0.123961619517	-0.29691789926	0.169638240138	0.0281062869262	-0.0353637817481	0.404639314215	0.0477442409212	0.245717290057	32.7783903486	40.1989157393	57.2274573427
2	4.47288879927	1.36793640317	-0.381243987237	4.06317124486	-1.79516106188	3.9385917642	0.208760670476	-0.0156544411756	-1.08585151087	0.0160733752717	0.263486876446	0.308352519101	0.596820987236	-0.236634498399	-0.310014221232	0.311047106048	-0.00113516174671	-0.103011729663	0.339710293528	0.0817147402759	0.548382171391	24.6022526394	28.2730850052	55.9890495474
3	6.01189137685	0.480221045794	1.0169797723	4.80522335871	2.88917359947	6.57341136286	0.119290396018	-0.250854945204	-1.1072101149	0.563974587157	0.389622045824	0.778175232001	0.79254900891	-0.678887042469	-0.63991613765	0.326947934663	-0.0690360721668	-0.0741752940827	0.500919917379	0.168645636701	0.584461457899	17.840751595	30.9513086445	57.2159588875
4	5.81946070058	5.76622696422	0.988519929861	5.8001284567	1.32694405166	6.50510965432	-0.284647318675	0.867267924448	-0.353002353554	-0.829169312336	0.228579118327	-0.000411877262635	-0.0518732430621	-0.142160108999	0.0449768257932	0.26897746476	0.028425206273	-0.027774658858	0.428467126716	-0.0215888102192	0.312623246851	20.4200146437	42.4377222657	47.7440943708
5	5.94259219961	1.6370104217	0.0375377324486	3.35870176961	0.467908112163	2.39584391591	0.107697191847	-0.31148897597	0.507496843197	0.0303317422393	-0.0163809285235	0.0341195322256	-0.255843615144	0.0229927624689	-0.0971325865174	0.205769935569	0.0252240236016	-0.0257186405679	0.35903667179	-0.0186025463022	0.220675391116	25.867563617	51.4269820194	55.9606545254
6	4.15762493073	3.07690644836	-0.807409020175	4.40153583309	0.120291552655	1.75344069552	-0.0949168286534	0.152350010584	0.775528538409	-0.211651759554	0.179769656425	0.372804859444	-0.172295884482	-0.089415012862	-0.0396809995613	0.230814257411	0.0212948101265	-0.00721464600823	0.348238006851	0.0683970159544	0.225991876449	23.0327851159	53.5212278573	50.816022832
7	5.84570846338	1.67483821833	3.12673030344	2.89466671369	1.82279210112	5.02028836309	-0.0600384586217	-0.855068099891	0.79590568164	0.259351849957	0.00326407624713	0.130958586658	-0.321960398412	-0.219842755934	0.129384530606	0.237287241232	0.0306353577159	0.0205878364824	0.468917372102	-0.119309563125	0.26055704897	18.0638060368	54.0752416908	64.203602787
8	5.41719137305	0.819266563034	4.76858302811	1.97108173145	0.654338614849	4.21972574242	0.0966922640021	-0.733800783071	-0.0292181918434	0.563116726739	0.00718286175014	0.176902802672	-0.128169957635	-0.108294259008	0.410904413599	0.319099615143	-0.0531234084397	-0.0218793411979	0.628649198473	-0.0601087829924	0.148639300536	17.2856951924	47.7750197395	67.0081724215
9	0.683141015215	-0.431908387142	0.786553469442	2.90543184002	1.69490158773	8.30519872092	0.211140274797	-0.169953064438	0.122617450628	-0.148194810341	-0.260090722251	-0.110960192846	-0.497031165784	0.766922892867	-0.268000200818	0.422841595126	-0.0133697784875	-0.0858998039875	1.16026772706	-0.359032684089	0.0308748691489	34.344093943	53.6235009886	72.6849042501
10	3.06295493323	0.584507616088	3.25476181085	2.95124985579	2.39435473815	5.88910749724	0.330695171897	-1.6163360657	0.217825877244	0.897410298849	-0.060090654545	-0.0372583108365	-0.0120465444632	0.363539006277	-0.300343960655	0.367286265735	-0.0634780084957	0.133211459694	1.01541392469	-0.0875492003416	0.367342786175	15.2635573026	52.0418115777	74.2221485441

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 108 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 109 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 133 through 161 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 162 through 187 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 188 through 216 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 217 through 225 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 226 through 239 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 240 through 257 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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