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万見
- PDB-7jkt: Crystal structure of vaccine-elicited broadly neutralizing VRC01-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jkt
タイトルCrystal structure of vaccine-elicited broadly neutralizing VRC01-class antibody 2413a in complex with HIV-1 gp120 core
要素
  • HIV-1 gp120 core from strain d45-01dG5
  • Heavy chain of antibody 2413a
  • Light chain of antibody 2413a
キーワードViral Protein/Immune System / broadly neutralizing antibody / VRC01-class / vaccine-elicited / IMMUNE SYSTEM / Viral Protein-Immune System complex
機能・相同性HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhou, T. / Chen, X. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: Vaccination induces maturation in a mouse model of diverse unmutated VRC01-class precursors to HIV-neutralizing antibodies with >50% breadth.
著者: Chen, X. / Zhou, T. / Schmidt, S.D. / Duan, H. / Cheng, C. / Chuang, G.Y. / Gu, Y. / Louder, M.K. / Lin, B.C. / Shen, C.H. / Sheng, Z. / Zheng, M.X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / ...著者: Chen, X. / Zhou, T. / Schmidt, S.D. / Duan, H. / Cheng, C. / Chuang, G.Y. / Gu, Y. / Louder, M.K. / Lin, B.C. / Shen, C.H. / Sheng, Z. / Zheng, M.X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Shapiro, L. / Tian, M. / Alt, F.W. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: HIV-1 gp120 core from strain d45-01dG5
H: Heavy chain of antibody 2413a
L: Light chain of antibody 2413a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,36315
ポリマ－90,9423
非ポリマー2,42112
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area35920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.252, 67.857, 240.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain of antibody 2413a


分子量: 25578.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pVRC8400 / Cell (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of antibody 2413a


分子量: 23525.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pVRC8400 / Cell (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 G

#1: タンパク質 HIV-1 gp120 core from strain d45-01dG5


分子量: 41837.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: d45-01dG5 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): GNTI-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 34分子

#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5.3 % PEG 8000, 130 mM (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, and 2.2 % isopropanol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 28816 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 1.21 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.75-2.85.40.61814220.8640.2840.6820.52597.7
2.8-2.855.90.5513970.8830.2440.6030.53296.1
2.85-2.960.50714580.9110.2210.5540.55799.7
2.9-2.966.10.4813710.9130.2070.5240.59195.5
2.96-3.036.20.40914370.9420.1780.4470.66999.7
3.03-3.16.10.36514320.950.1580.3990.6996.4
3.1-3.176.20.314410.9590.1310.3290.8399.4
3.17-3.265.80.27313930.9550.1230.3010.83996.8
3.26-3.365.60.21814520.9740.0980.240.99797.7
3.36-3.466.30.214130.9770.0860.2181.09698
3.46-3.596.60.16714600.9870.0690.1811.25998
3.59-3.736.60.14414540.9880.0610.1571.37199.5
3.73-3.96.40.12714410.990.0540.1391.41798.2
3.9-4.116.10.11214470.9920.050.1231.68498
4.11-4.365.80.09514530.9890.0440.1051.94697.7
4.36-4.75.20.08214500.9930.040.0922.12697.1
4.7-5.175.30.07514010.9930.0360.0831.9392.1
5.17-5.926.40.07214750.9950.0310.0791.6797.9
5.92-7.466.10.06515130.9950.0280.0711.56498.1
7.46-505.30.05415060.9960.0250.062.00491.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XVS

4xvs


解像度: 2.75→39.251 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 1444 5.02 %
Rwork0.197 27325 -
obs0.1998 28769 97.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 192.64 Å2 / Biso mean: 75.9074 Å2 / Biso min: 33.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→39.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6086 0 151 31 6268
Biso mean--98.99 62.36 -
残基数----781
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.75-2.84610.33141470.2739264896
2.8461-2.960.34461420.2635269398
2.96-3.09470.37051390.2626272898
3.0947-3.25780.2971450.2415269098
3.2578-3.46180.29281380.2301272298
3.4618-3.72880.30441480.2097276299
3.7288-4.10370.22661420.1878274898
4.1037-4.69670.20351450.1542274797
4.6967-5.91410.18791460.1693272495
5.9141-39.2510.25881520.1907286395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1316-0.83382.66276.1738-2.48273.76740.0663-0.5791-0.12880.5306-0.03050.46510.15-0.8704-0.23630.6452-0.13180.090.4849-0.14330.495724.2665-18.8438-56.0238
23.48681.3528-1.18383.88580.03523.1855-0.3031-0.164-0.186-0.0181-0.00820.33910.5746-0.34910.34220.57980.0355-0.01370.4338-0.03790.45722.8764-12.5564-48.9566
32.2928-0.0953-0.00952.0990.5045.5280.02320.0250.2588-0.0379-0.1280.4524-0.1474-0.8070.06230.4430.0609-0.00760.4512-0.10870.601216.55567.299-47.8212
47.2595-1.874-0.81054.41960.81943.365-0.17220.2671-0.0325-0.23140.02990.6762-0.3433-0.29870.1810.5535-0.059-0.09950.29510.0540.512322.82519.7569-56.3918
56.61792.3063.49044.6298-0.40035.7845-0.1403-0.4880.30770.4339-0.31480.8571-0.3742-0.8280.41420.34150.05280.00480.4168-0.04980.514720.66789.5882-44.1043
69.27970.9053-1.45827.6169-4.91515.80550.1708-0.76760.221.02980.03830.82540.74430.0477-0.45010.7693-0.01090.07810.5649-0.08540.264521.3659-13.2028-41.9877
71.73340.11190.58143.83490.02153.6902-0.0655-0.03340.11580.0585-0.2058-0.1016-0.19490.2290.25280.5414-0.03690.00520.48570.0240.373841.396814.3564-34.9198
87.15671.06734.85875.4308-3.2357.4557-0.07220.0808-1.2111-0.06930.4355-0.7709-0.11640.6983-0.24030.67930.0815-0.01870.4325-0.05230.781562.765838.0856-12.6566
97.05762.98992.52631.55390.26856.0850.13720.2222-0.5452-0.1613-0.06-0.82080.12560.284-0.06720.69050.0467-0.09880.366-0.02790.941864.543538.8859-12.1249
108.92260.32235.21523.0045-0.62686.8819-0.1224-0.64630.47470.7703-0.27260.3705-0.3034-0.8310.42340.8647-0.04750.11380.4191-0.13380.499633.454710.6703-12.3946
110.83051.70940.57934.78212.02550.00470.1089-0.0457-0.06850.442-0.1879-0.3850.0401-0.00520.10560.7223-0.0722-0.02840.5740.04020.432844.182116.1587-11.3158
124.97180.53070.71923.1621-2.94495.49980.3994-0.1528-0.05220.0558-0.00090.6476-0.2203-0.2263-0.39930.5071-0.0408-0.04580.49260.05320.552350.121242.3604-3.2151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 45 through 73 )G45 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 74 through 258 )G74 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 259 through 378 )G259 - 378
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 379 through 442 )G379 - 442
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 443 through 476 )G443 - 476
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 477 through 493 )G477 - 493
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 1 through 111 )H1 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 112 through 162 )H112 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 163 through 216 )H163 - 216
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 1 through 39 )L1 - 39
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 40 through 131 )L40 - 131
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 132 through 216 )L132 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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