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- PDB-7jkt: Crystal structure of vaccine-elicited broadly neutralizing VRC01-... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jkt | ||||||
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Title | Crystal structure of vaccine-elicited broadly neutralizing VRC01-class antibody 2413a in complex with HIV-1 gp120 core | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | Viral Protein/Immune System / broadly neutralizing antibody / VRC01-class / vaccine-elicited / IMMUNE SYSTEM / Viral Protein-Immune System complex | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, T. / Chen, X. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Vaccination induces maturation in a mouse model of diverse unmutated VRC01-class precursors to HIV-neutralizing antibodies with >50% breadth. Authors: Chen, X. / Zhou, T. / Schmidt, S.D. / Duan, H. / Cheng, C. / Chuang, G.Y. / Gu, Y. / Louder, M.K. / Lin, B.C. / Shen, C.H. / Sheng, Z. / Zheng, M.X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / ...Authors: Chen, X. / Zhou, T. / Schmidt, S.D. / Duan, H. / Cheng, C. / Chuang, G.Y. / Gu, Y. / Louder, M.K. / Lin, B.C. / Shen, C.H. / Sheng, Z. / Zheng, M.X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Shapiro, L. / Tian, M. / Alt, F.W. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 500 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7jksC ![]() 4xvsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#2: Antibody | Mass: 25578.764 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#3: Antibody | Mass: 23525.879 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Protein / Sugars , 2 types, 10 molecules G![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: Protein | Mass: 41837.137 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 34 molecules ![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-EPE / | ||
---|---|---|---|
#6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 5.3 % PEG 8000, 130 mM (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, and 2.2 % isopropanol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 8, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. obs: 28816 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 1.21 / Net I/σ(I): 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4XVS Resolution: 2.75→39.251 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 27.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 192.64 Å2 / Biso mean: 75.9074 Å2 / Biso min: 33.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.75→39.251 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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