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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jkb | ||||||
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タイトル | 2xVH Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / antibody / 2xVH / Fab | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Lord, D.M. / Zhou, Y.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antibodies / 年: 2020 タイトル: Bringing the Heavy Chain to Light: Creating a Symmetric, Bivalent IgG-Like Bispecific. 著者: Ramasubramanian, A. / Tennyson, R. / Magnay, M. / Kathuria, S. / Travaline, T. / Jain, A. / Lord, D.M. / Salemi, M. / Sullivan, C. / Magnay, T. / Hu, J. / Bric-Furlong, E. / Rival, P. / Zhou, ...著者: Ramasubramanian, A. / Tennyson, R. / Magnay, M. / Kathuria, S. / Travaline, T. / Jain, A. / Lord, D.M. / Salemi, M. / Sullivan, C. / Magnay, T. / Hu, J. / Bric-Furlong, E. / Rival, P. / Zhou, Y. / Hoffmann, D. / Brondyk, W. / Radosevic, K. / Chowdhury, P.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jkb.cif.gz | 96.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jkb.ent.gz | 73.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jkb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jkb_validation.pdf.gz | 438.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jkb_full_validation.pdf.gz | 446.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jkb_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jkb_validation.cif.gz | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/7jkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/7jkb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24145.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 25552.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1M lithium chloride, 0.1M citric acid pH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月24日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.55→48.75 Å / Num. obs: 20965 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 18.8 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: modeled Fab 解像度: 2.55→48.75 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 160.94 Å2 / Biso mean: 81.4778 Å2 / Biso min: 38.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.55→48.75 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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