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- PDB-7jjt: Ruminococcus bromii amylase Amy5 (RBR_07800) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jjt
タイトルRuminococcus bromii amylase Amy5 (RBR_07800)
要素Alpha-amylase
キーワードHYDROLASE / amylase / GH13 / GH13_36 / glycoside hydrolase 13
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like ...Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / Alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus bromii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Cerqueira, F. / Koropatkin, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF) 米国
引用ジャーナル: Amylase / 年: 2020
タイトル: The structures of the GH13_36 amylases from Eubacterium rectale and Ruminococcus bromii reveal subsite architectures that favor maltose production
著者: Cockburn, D.W. / Cerqueira, F.M. / Bahr, C.M.E. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,01527
ポリマ－58,4861
非ポリマー1,52926
水14,016778
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.460, 98.460, 196.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1456-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-amylase


分子量: 58486.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus bromii (バクテリア)
遺伝子: RBL236_00453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 rosetta pLyss / 参照: UniProt: A0A2N0UXJ4, alpha-amylase

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非ポリマー , 5種, 804分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.02M Zinc Chloride and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→44.001 Å / Num. obs: 114177 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.58
反射 シェル解像度: 1.66→1.719 Å / Num. unique obs: 11264 / CC1/2: 0.694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WZA

1wza


解像度: 1.66→44.001 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 5739 5.03 %
Rwork0.1602 108381 -
obs0.1612 114120 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.99 Å2 / Biso mean: 31.8256 Å2 / Biso min: 15.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→44.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4036 0 224 778 5038
Biso mean--51.24 41.36 -
残基数----513
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.66-1.67890.30051730.30053580
1.6789-1.69860.29651920.29653576
1.6986-1.71930.28181820.28183547
1.7193-1.74110.3051700.25813554
1.7411-1.7640.25852010.25853563
1.764-1.78820.26541860.24663576
1.7882-1.81370.25391780.22823544
1.8137-1.84080.25821930.21943582
1.8408-1.86960.24551800.21493563
1.8696-1.90020.24491790.21593581
1.9002-1.9330.24112040.20223582
1.933-1.96810.21971790.19123584
1.9681-2.0060.21631890.19433576
2.006-2.04690.21331940.18713589
2.0469-2.09140.1841860.17233594
2.0914-2.14010.19552060.16823577
2.1401-2.19360.19121890.17063565
2.1936-2.25290.17211730.16083622
2.2529-2.31920.18871870.15473602
2.3192-2.39410.18242070.15583605
2.3941-2.47960.18151890.15083602
2.4796-2.57890.17111880.15573628
2.5789-2.69620.17122140.14843584
2.6962-2.83840.15682040.14593636
2.8384-3.01620.1781980.14713646
3.0162-3.2490.17861890.14963654
3.249-3.57580.17191960.14113675
3.5758-4.09290.14162010.13143718
4.0929-5.15530.13162030.11563740
5.1553-44.0010.18332090.16613936

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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