+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jjk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of SOX30 | ||||||
![]() | Transcription factor SOX-30 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / High mobility group / SOX30 / SOX / transcription factor / HMG box | ||||||
機能・相同性 | ![]() proacrosomal vesicle fusion / response to corticosteroid / chromocenter / chromatin => GO:0000785 / negative regulation of Wnt signaling pathway / spermatid development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...proacrosomal vesicle fusion / response to corticosteroid / chromocenter / chromatin => GO:0000785 / negative regulation of Wnt signaling pathway / spermatid development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghafoori, S.M. / Forwood, J.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of SOX30 at 1.40 Angstroms resolution 著者: Ghafoori, S.M. / Forwood, J.K. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 27.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1o4xS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10502.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 19 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→17.99 Å / Num. obs: 13155 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 12.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 656 / CC1/2: 0.968 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1O4X 解像度: 1.4→17.99 Å / SU ML: 0.0976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.0283 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→17.99 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|