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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jjd | ||||||
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タイトル | Sarcin-ricin loop with guanosine monothiophosphate residue. | ||||||
要素 | RNA (27-MER) | ||||||
キーワード | RNA / Sarcin-ricin loop / RNA crystal structure / RNA tetraloops | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å | ||||||
データ登録者 | Pallan, P.S. / Egli, M. / Harp, J.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020 タイトル: Incorporating a Thiophosphate Modification into a Common RNA Tetraloop Motif Causes an Unanticipated Stability Boost. 著者: Pallan, P.S. / Lybrand, T.P. / Schlegel, M.K. / Harp, J.M. / Jahns, H. / Manoharan, M. / Egli, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jjd.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jjd.ent.gz | 18.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jjd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jjd_validation.pdf.gz | 395.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jjd_full_validation.pdf.gz | 401.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jjd_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jjd_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/7jjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/7jjd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8760.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystallization set-ups were made by mixing 4 uL of 350 uM RNA solution [1 mM Na 2 EDTA (pH 8.0) and 10 mM Tris-HCl (pH 8.0)] with 2 uL of a crystallization buffer composed of 3.0 M ammonium ...詳細: Crystallization set-ups were made by mixing 4 uL of 350 uM RNA solution [1 mM Na 2 EDTA (pH 8.0) and 10 mM Tris-HCl (pH 8.0)] with 2 uL of a crystallization buffer composed of 3.0 M ammonium sulfate, 10 mM magnesium chloride, 10 mM manganese chloride, and 50 mM potassium 3-(N-morpholino) propanesulfonic acid (MOPS), pH 7.0 at 18 C. PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.21→50 Å / Num. obs: 19854 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 2.118 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 91157 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID: 3S7C 解像度: 1.21→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 78.31 Å2 / Biso mean: 19.2428 Å2 / Biso min: 11.01 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.21→50 Å
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