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- PDB-7jhd: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S in Complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jhd
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S in Complex with TTC-352 and GRIP Peptide
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Breast Cancer / Synthetic Agonist / Drug Resistance / Apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / regulation of lipid metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Endogenous sterols / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / : / regulation of cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / Recycling of bile acids and salts / negative regulation of miRNA transcription / cellular response to hormone stimulus / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / cellular response to estradiol stimulus / RORA activates gene expression / transcription coregulator binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TBP-class protein binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to progesterone / nuclear receptor binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / PPARA activates gene expression / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Nuclear Receptor transcription pathway / euchromatin / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Cytoprotection by HMOX1 / RNA polymerase II transcription regulator complex / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / beta-catenin binding / positive regulation of fibroblast proliferation / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / male gonad development / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / Circadian Clock / regulation of inflammatory response / response to estradiol / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / HATs acetylate histones / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V9J / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Fanning, S.W. / Abderraman, B. / Maximov, P.Y. / Jordan, V.C. / Greene, G.L.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: Rapid Induction of the Unfolded Protein Response and Apoptosis by Estrogen Mimic TTC-352 for the Treatment of Endocrine-Resistant Breast Cancer.
著者: Abderrahman, B. / Maximov, P.Y. / Curpan, R.F. / Fanning, S.W. / Hanspal, J.S. / Fan, P. / Foulds, C.E. / Chen, Y. / Malovannaya, A. / Jain, A. / Xiong, R. / Greene, G.L. / Tonetti, D.A. / ...著者: Abderrahman, B. / Maximov, P.Y. / Curpan, R.F. / Fanning, S.W. / Hanspal, J.S. / Fan, P. / Foulds, C.E. / Chen, Y. / Malovannaya, A. / Jain, A. / Xiong, R. / Greene, G.L. / Tonetti, D.A. / Thatcher, G.R.J. / Jordan, V.C.
履歴
登録2020年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月10日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0086
ポリマ－60,3034
非ポリマー7052
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.030, 82.436, 58.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 28571.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA2, BHLHE75, SRC2, TIF2 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-V9J / 3-(4-fluorophenyl)-2-(4-hydroxyphenoxy)-1-benzothiophene-6-ol / 2-(4-ヒドロキシフェノキシ)-3-(4-フルオロフェニル)ベンゾ[b]チオフェン-6-オ-ル


分子量: 352.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H13FO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, MgCl2, Tris HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.402→30.899 Å / Num. obs: 26664 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.5 % / Rpim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 172
反射 シェル解像度: 2.402→2.49 Å / Num. unique obs: 1321 / CC1/2: 0.561

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T1Z

5t1z


解像度: 2.402→30.899 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 969 5.17 %
Rwork0.2231 17765 -
obs0.2254 18734 65.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126 Å2 / Biso mean: 43.9783 Å2 / Biso min: 19.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.402→30.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3593 0 50 123 3766
Biso mean--37.75 40.85 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4955089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.019605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6551355
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.42015-2.491230.3781380.292775920
2.5323-2.78690.31451600.2913299478
2.7869-3.18990.33121800.2649367294
3.1899-4.01750.2562080.2064370296
4.0175-100.21762220.1797365493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36310.70160.10751.34310.21750.0309-0.13920.05780.3309-0.20750.13520.5561-0.2659-0.31030.16250.68840.6714-0.07360.36990.2990.4104-0.05669.8577-5.8677
25.5914-1.5552-0.92434.88910.26754.66430.0650.4133-0.2336-0.4644-0.0858-0.31270.15650.149-0.02050.2870.00660.10540.2336-0.02750.213320.1261-5.6311-2.8445
34.23882.0277-0.39163.32240.05932.85060.3113-0.11040.4377-0.285-0.3911-0.0008-0.6863-0.11450.08670.29150.02690.08740.2008-0.01780.25713.46344.22734.6712
43.65370.7218-1.31910.4716-1.09042.573-0.39850.4389-0.6152-0.3306-0.09140.37220.842-0.2180.41750.4643-0.02020.11760.2189-0.10930.360410.2085-15.6946-3.387
52.82830.18950.03161.02571.47722.219-0.1254-0.4812-0.89680.32210.05690.14941.19690.23850.06840.63160.0810.12840.1880.05360.359812.4554-17.97316.346
64.2889-0.9649-0.24930.5673-0.70971.86120.32360.16960.4639-0.3611-0.27190.2401-0.9754-0.6230.07430.37360.1662-0.00010.3404-0.01910.2165-0.40924.33313.815
74.9079-0.7231-1.78232.1690.25013.032-0.2738-0.2455-0.1650.07940.0114-0.24090.07390.24440.23340.25530.050.01510.18240.00420.128413.2178-4.894810.6214
80.5339-0.5241-0.01716.1772-1.0927.68090.2286-0.626-0.2394-0.29230.00951.2626-0.5692-1.9877-0.20530.27080.00990.08380.7713-0.12890.6503-17.2659-3.988725.9172
98.01323.34854.11875.28952.976.6289-1.2099-0.61210.0137-0.19990.5566-0.3804-0.6210.59260.50020.39210.09020.07570.4581-0.07120.30073.83791.137442.4559
104.99841.56021.18444.34532.96345.1494-0.8339-0.3606-0.56530.17840.3710.20710.61470.4417-0.13460.46620.01780.16530.27150.02630.32411.671-8.316934.7934
112.62510.4446-0.18351.4568-0.4272.6642-0.2649-0.1608-0.18610.0355-0.0291-0.07150.42040.23640.17680.33020.00610.10510.2019-0.01480.18693.3631-2.723429.136
124.44050.157-0.4522.05580.8115.7067-0.00730.02990.289-0.10840.2544-0.4763-1.0211.2529-0.25940.4401-0.13090.09380.4626-0.14170.336411.83638.574230.2413
134.69560.66041.24214.5334-0.21096.1307-0.04130.2819-0.1643-0.5098-0.0281-0.26630.0123-0.52110.06070.209-0.04640.03670.2555-0.03230.1882-4.1907-1.751622.099
143.4721-1.4001-0.68152.62450.26183.0771-0.2351-0.0197-0.1388-0.1249-0.01780.2575-0.2237-0.70790.11230.20910.0735-0.00590.2788-0.04150.1909-3.08120.548717.4833
151.88591.71123.0441.79711.97997.7213-0.8728-0.39830.07830.67490.0302-0.87510.21061.11720.38320.80990.374-0.01810.68280.1280.591915.1029-12.746433.5837
163.7512-0.85110.2161.86471.91285.19680.3989-0.59231.6964-0.0766-0.62280.0809-0.38761.03870.22870.5496-0.0910.30740.44170.00330.735524.766510.38431.343
170.7278-1.1912.11292.6287-3.62556.16710.2524-0.8768-1.22580.01190.1357-0.12590.9868-0.7967-0.12510.7442-0.22910.41520.35290.14530.70550.5961-19.878235.2492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 307 through 321 )A307 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 322 through 363 )A322 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 364 through 394 )A364 - 394
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 395 through 407 )A395 - 407
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 408 through 437 )A408 - 437
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 438 through 496 )A438 - 496
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 497 through 548 )A497 - 548
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 307 through 321 )B307 - 321
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 322 through 338 )B322 - 338
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 339 through 371 )B339 - 371
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 372 through 405 )B372 - 405
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 406 through 437 )B406 - 437
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 438 through 472 )B438 - 472
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 473 through 527 )B473 - 527
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 528 through 548 )B528 - 548
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 180 through 187 )C180 - 187
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 28 through 35 )D28 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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