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- PDB-5t1z: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S Mutant in Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t1z
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S Mutant in Complex with Ethoxytriphenylethylene and GRIP Peptide
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Estrogen Receptor / Angular Estrogen / Breast Cancer / Agonist / Estrogenic / Apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / steroid hormone receptor signaling pathway / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / nuclear estrogen receptor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / steroid hormone receptor signaling pathway / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / nuclear estrogen receptor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell development / locomotor rhythm / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / aryl hydrocarbon receptor binding / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / regulation of lipid metabolic process / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / mammary gland alveolus development / : / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / : / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / Recycling of bile acids and salts / transcription regulator inhibitor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to hormone stimulus / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / protein localization to chromatin / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to progesterone / 14-3-3 protein binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of adipose tissue development / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / SUMOylation of transcription cofactors / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / circadian regulation of gene expression / negative regulation of smoothened signaling pathway / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / euchromatin / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / response to estrogen / mRNA transcription by RNA polymerase II / beta-catenin binding / male gonad development / nuclear receptor activity / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of fibroblast proliferation / transcription coactivator binding / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Regulation of RUNX2 expression and activity / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / HATs acetylate histones / ATPase binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q97 / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Fanning, S.W. / Rajan, S.S. / Maximov, P.Y. / Abderrahman, B.H. / Surojeet, S. / Fernandes, D.J. / Fan, P. / Curpan, R.F. / Greene, G.L. / Jordan, V.C.
引用ジャーナル: Mol. Pharmacol. / 年: 2018
タイトル: Endoxifen, 4-Hydroxytamoxifen and an Estrogenic Derivative Modulate Estrogen Receptor Complex Mediated Apoptosis in Breast Cancer.
著者: Maximov, P.Y. / Abderrahman, B. / Fanning, S.W. / Sengupta, S. / Fan, P. / Curpan, R.F. / Rincon, D.M.Q. / Greenland, J.A. / Rajan, S.S. / Greene, G.L. / Jordan, V.C.
履歴
登録2016年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年8月30日ID: 3Q97
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8186
ポリマ－60,0974
非ポリマー7212
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.091, 84.213, 58.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 28468.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-Q97 / 4,4'-[(1Z)-1-(4-ethoxyphenyl)but-1-ene-1,2-diyl]diphenol


分子量: 360.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 0.15 M KBr, 30% w/v MPEG 2,000, 100 mM Tris pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28624 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 2.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QA6

2qa6


解像度: 2.102→33.653 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 1419 5.05 %
Rwork0.1824 --
obs0.1857 28108 92.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→33.653 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3756 0 245 143 4144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2295591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5191525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1016-2.17670.29871240.22882764X-RAY DIFFRACTION96
2.1767-2.26390.3184810.2671663X-RAY DIFFRACTION58
2.2639-2.36690.30271520.22872687X-RAY DIFFRACTION94
2.3669-2.49160.26851540.19792847X-RAY DIFFRACTION100
2.4916-2.64770.25261540.20172888X-RAY DIFFRACTION100
2.6477-2.8520.26461530.20352864X-RAY DIFFRACTION100
2.852-3.13880.26841530.19982881X-RAY DIFFRACTION100
3.1388-3.59250.26211600.18552825X-RAY DIFFRACTION98
3.5925-4.52450.21551330.1532367X-RAY DIFFRACTION82
4.5245-33.65690.21311550.15772903X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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