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- PDB-6imu: The apo-structure of endo-beta-1,2-glucanase from Talaromyces fun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6imu
タイトルThe apo-structure of endo-beta-1,2-glucanase from Talaromyces funiculosus
要素Endo-beta-1,2-glucanase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / Talaromyces funiculosus
機能・相同性glucan endo-1,2-beta-glucosidase / glucan endo-1,2-beta-glucosidase activity / CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Endo-beta-1,2-glucanase
機能・相同性情報
生物種Talaromyces funiculosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tanaka, N. / Nakajima, M. / Narukawa-Nara, M. / Matsunaga, H. / Kamisuki, S. / Aramasa, H. / Takahashi, Y. / Sugimoto, N. / Abe, K. / Miyanaga, A. ...Tanaka, N. / Nakajima, M. / Narukawa-Nara, M. / Matsunaga, H. / Kamisuki, S. / Aramasa, H. / Takahashi, Y. / Sugimoto, N. / Abe, K. / Miyanaga, A. / Yamashita, T. / Sugawara, F. / Kamakura, T. / Komba, S. / Nakai, H. / Taguchi, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Identification, characterization, and structural analyses of a fungal endo-beta-1,2-glucanase reveal a new glycoside hydrolase family.
著者: Tanaka, N. / Nakajima, M. / Narukawa-Nara, M. / Matsunaga, H. / Kamisuki, S. / Aramasa, H. / Takahashi, Y. / Sugimoto, N. / Abe, K. / Terada, T. / Miyanaga, A. / Yamashita, T. / Sugawara, F. ...著者: Tanaka, N. / Nakajima, M. / Narukawa-Nara, M. / Matsunaga, H. / Kamisuki, S. / Aramasa, H. / Takahashi, Y. / Sugimoto, N. / Abe, K. / Terada, T. / Miyanaga, A. / Yamashita, T. / Sugawara, F. / Kamakura, T. / Komba, S. / Nakai, H. / Taguchi, H.
履歴
登録2018年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-1,2-glucanase
B: Endo-beta-1,2-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,29913
ポリマ－113,2102
非ポリマー2,08911
水5,224290
1
A: Endo-beta-1,2-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2694
ポリマ－56,6051
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
2
B: Endo-beta-1,2-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0309
ポリマ－56,6051
非ポリマー1,4258
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area17680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.657, 117.971, 93.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-876-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 25 - 516 / Label seq-ID: 13 - 504

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 AB

#1: タンパク質 Endo-beta-1,2-glucanase


分子量: 56604.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces funiculosus (菌類) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H
参照: UniProt: A0A4V8H012*PLUS, glucan endo-1,2-beta-glucosidase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 294分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細The authors submitted the sequence information to DDBJ and the accession number (LC430902) was assigned.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M citrate buffer (pH 4.1), 0.1M NaCl, 20%(w/v) PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.58 Å / Num. obs: 68894 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Num. unique obs: 4566 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
CRANK22.0.132位相決定
XDSJune 1, 2017データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
BUCCANEER1.6.3モデル構築
MOLREP7.0.060位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→46.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 4.727 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24807 3546 5.2 %RANDOM
Rwork0.21991 ---
obs0.22136 65277 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.006 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→46.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7807 0 134 290 8231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0148217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0371.67211219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8561.65616459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6585993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.79723.735415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.265151237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1851528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8822.1183966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8822.1183965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3833.1744961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3833.1744962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9932.2274251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9932.2274251
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5633.3056259
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.36924.8329701
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.33724.8089651
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17638 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 286 -
Rwork0.269 4672 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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