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Yorodumi- PDB-7jh3: Crystal structure of 4-aminobutyrate aminotransferase PuuE from E... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jh3 | ||||||
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Title | Crystal structure of 4-aminobutyrate aminotransferase PuuE from Escherichia coli in complex with PLP | ||||||
Components | 4-aminobutyrate aminotransferase PuuE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / pyridoxalphosphate-dependent aminotransferase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / : / putrescine catabolic process / gamma-aminobutyric acid catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.68 Å | ||||||
Authors | Valleau, D. / Evdokimova, E. / Stogios, P.J. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of 4-aminobutyrate aminotransferase PuuE from Escherichia coli in complex with PLP Authors: Valleau, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jh3.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jh3.ent.gz | 784.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jh3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jh3_validation.pdf.gz | 471.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7jh3_full_validation.pdf.gz | 492.5 KB | Display | |
Data in XML | 7jh3_validation.xml.gz | 89.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7jh3_validation.cif.gz | 119.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jh3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wj8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45001.000 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: puuE, goaG, b1302, JW1295 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P50457, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1M di-Na Tartrate, 0.1M Tris pH8.5, 20%PEG3350, 2.2mM PLP, 1%Et.Glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 29, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.68→25 Å / Num. obs: 67076 / % possible obs: 98.73 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 12.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.68→2.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3334 / Rpim(I) all: 0.235 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6WJ8 Resolution: 2.68→24.88 Å / SU ML: 0.2756 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 21.6108 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.68→24.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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