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- PDB-7jgw: Crystal structure of BCL-XL in complex with COMPOUND 1620116, CRY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jgw
タイトルCrystal structure of BCL-XL in complex with COMPOUND 1620116, CRYSTAL FORM 1
要素Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS / ALTERNATIVE SPLICING / MEMBRANE / MITOCHONDRION
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of growth / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / RAS processing / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / spermatogenesis / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V9S / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Lee, M. / Fairlie, W.D. / Smith, B.J. / Lee, E.F.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Development Grant 1135421 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Project Grant 1143974 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Project Grant 1002227 オーストラリア
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Optimization of Benzothiazole and Thiazole Hydrazones as Inhibitors of Schistosome BCL-2.
著者: Nguyen, W. / Lee, E.F. / Evangelista, M. / Lee, M. / Harris, T.J. / Colman, P.M. / Smith, N.A. / Williams, L.B. / Jarman, K.E. / Lowes, K.N. / Haeberli, C. / Keiser, J. / Smith, B.J. / ...著者: Nguyen, W. / Lee, E.F. / Evangelista, M. / Lee, M. / Harris, T.J. / Colman, P.M. / Smith, N.A. / Williams, L.B. / Jarman, K.E. / Lowes, K.N. / Haeberli, C. / Keiser, J. / Smith, B.J. / Fairlie, W.D. / Sleebs, B.E.
履歴
登録2020年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5362
ポリマ－17,9181
非ポリマー6181
水1,964109
1
A: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子

A: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0714
ポリマ－35,8362
非ポリマー1,2352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.098, 54.665, 113.506
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 17917.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-V9S / 6-[(8E)-8-{2-[4-(benzylcarbamoyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinylidene}-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl]-3-(2-phenylethoxy)pyridine-2-carboxylic acid


分子量: 617.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H31N5O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0) 10% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→35.71 Å / Num. obs: 35752 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 0.026
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Num. unique obs: 1765 / CC1/2: 0.859

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3INQ

3inq


解像度: 1.3→35.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.756 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 1824 5.1 %RANDOM
Rwork0.1654 ---
obs0.1671 33781 97.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.43 Å2 / Biso mean: 21.667 Å2 / Biso min: 11.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----2.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→35.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1164 0 45 109 1318
Biso mean--17.88 31.94 -
残基数----145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.6811724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5051.6072550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6585150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.16622.572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15815198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.283158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02308
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.431270
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 154 -
Rwork0.266 2456 -
all-2610 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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