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- PDB-7jgi: NMR structure of the cNTnC-cTnI chimera bound to A7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jgi
タイトルNMR structure of the cNTnC-cTnI chimera bound to A7
要素Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles,Troponin I, cardiac muscle chimera
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / cardiac troponin / calcium binding protein / EF hand / calcium modulator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac myofibril / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction ...regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac myofibril / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / negative regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / heart contraction / troponin I binding / skeletal muscle contraction / vasculogenesis / calcium channel inhibitor activity / cardiac muscle contraction / Ion homeostasis / sarcomere / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / heart development / actin binding / protein domain specific binding / calcium ion binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif ...Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V8Y / Troponin I, cardiac muscle / Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Cai, F. / Robertson, I.M. / Kampourakis, T. / Klein, B.A. / Sykes, B.D.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Other privateB.D.S., G-14-0005884 カナダ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: The Role of Electrostatics in the Mechanism of Cardiac Thin Filament Based Sensitizers.
著者: Cai, F. / Robertson, I.M. / Kampourakis, T. / Klein, B.A. / Sykes, B.D.
履歴
登録2020年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles,Troponin I, cardiac muscle chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5963
ポリマ－14,1861
非ポリマー4102
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8380 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles,Troponin I, cardiac muscle chimera / TN-C / Cardiac troponin I


分子量: 14186.127 Da / 分子数: 1 / 変異: C35S,C84S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC1, TNNC, TNNI3, TNNC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63316, UniProt: P19429
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-V8Y / 7-{[(5-chloronaphthalen-1-yl)sulfonyl]amino}heptanoic acid


分子量: 369.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20ClNO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-15N] cChimera_protein, 100 mM potassium chloride, 10 mM imidazole, 10 mM calcium chloride, 0.25 mM [U-99% 2H] DSS, 1.5 mM A7, 1 % [U-99% 2H] DMSO, 95% H2O/5% D2O15N_chimera95% H2O/5% D2O
solution20.5 mM [U-15N] cChimera_protein, 100 mM potassium chloride, 10 mM imidazole, 10 mM calcium chloride, 0.25 mM [U-99% 2H] DSS, 0.7 mM A7, 1 mM [U-99% 2H] DMSO, 100% D2O13C_15N_chimera100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMcChimera_protein[U-15N]1
100 mMpotassium chloridenatural abundance1
10 mMimidazolenatural abundance1
10 mMcalcium chloridenatural abundance1
0.25 mMDSS[U-99% 2H]1
1.5 mMA7natural abundance1
1 %DMSO[U-99% 2H]1
0.5 mMcChimera_protein[U-15N]2
100 mMpotassium chloridenatural abundance2
10 mMimidazolenatural abundance2
10 mMcalcium chloridenatural abundance2
0.25 mMDSS[U-99% 2H]2
0.7 mMA7natural abundance2
1 mMDMSO[U-99% 2H]2
試料状態イオン強度: NA Not defined / Label: NMR_sample / pH: 6.7 / PH err: 0.1 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVarian精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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