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- PDB-7fql: Crystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(1S)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fql
タイトルCrystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(1S)-3-amino-1-cyano-3-oxopropyl]-1-[1-[4-[(2,4-difluorophenyl)methoxy]phenyl]cyclopropanecarbonyl]pyrrolidine-2-carboxamide
要素Legumain
キーワードHYDROLASE / CYSTEINE PROTEASE / ALLOSTERIC INHIBITOR / ASPARAGINYL ENDOPEPTIDASE / ALZHEIMER'S DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / endolysosome lumen / response to acidic pH / positive regulation of monocyte chemotaxis ...negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / endolysosome lumen / response to acidic pH / positive regulation of monocyte chemotaxis / dendritic spine organization / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of multicellular organism growth / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / associative learning / endopeptidase activator activity / MHC class II antigen presentation / positive regulation of mitotic cell cycle / lysosomal lumen / cellular response to calcium ion / proteolysis involved in protein catabolic process / protein maturation / positive regulation of long-term synaptic potentiation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / tau protein binding / memory / cellular response to amyloid-beta / apical part of cell / late endosome / peptidase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / negative regulation of gene expression / cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Asparaginyl endopeptidase / Legumain prodomain superfamily / : / Legumain, prodomain / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WSN / Legumain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Bartels, B. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche スイス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human Legumain complex
著者: Bartels, B. / Kuhn, B. / Benz, J. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_sheet_range
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Legumain
B: Legumain
C: Legumain
D: Legumain
E: Legumain
F: Legumain
G: Legumain
H: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,83936
ポリマ－407,0218
非ポリマー7,81828
水00
1
A: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5973
ポリマ－50,8781
非ポリマー7202
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8974
ポリマ－50,8781
非ポリマー1,0193
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6934
ポリマ－50,8781
非ポリマー8163
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5973
ポリマ－50,8781
非ポリマー7202
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1185
ポリマ－50,8781
非ポリマー1,2404
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0116
ポリマ－50,8781
非ポリマー1,1335
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0116
ポリマ－50,8781
非ポリマー1,1335
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9155
ポリマ－50,8781
非ポリマー1,0374
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.301, 131.935, 117.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Legumain / Asparaginyl endopeptidase / Protease / cysteine 1


分子量: 50877.672 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGMN, PRSC1 / プラスミド: pExpreS2.1_hLGMN(18-433)_C-VD-8xHis
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): ExpreS2 / 参照: UniProt: Q99538, legumain
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-WSN / N-[(2R)-4-amino-1-imino-4-oxobutan-2-yl]-1-(1-{4-[(2,4-difluorophenyl)methoxy]phenyl}cyclopropane-1-carbonyl)-L-prolinamide


分子量: 498.522 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28F2N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28.5mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 20% v/v PEG smear broad, ...詳細: 28.5mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 20% v/v PEG smear broad, 0.1M MES/NaOH pH 6.5, total volume 200nL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→53.06 Å / Num. obs: 89638 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.463 % / Biso Wilson estimate: 45.48 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rrim(I) all: 0.25 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I): 4.18 / Num. measured all: 310382 / Scaling rejects: 139
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allCC1/2
2.53-2.63.5766.1770.2423832667566657.2799.9
2.6-2.673.555.60.322920648564576.59699.6
2.67-2.753.4964.10.422079632663164.84399.80.15
2.75-2.833.4173.6030.4620865611661074.2899.90.167
2.83-2.933.2742.3210.6819462595659452.78699.80.319
2.93-3.033.41.8980.8919624577557722.26199.90.405
3.03-3.143.6651.3511.2820452558655801.58899.90.666
3.14-3.273.6430.9581.8219407533653271.12899.80.727
3.27-3.423.6110.6282.6918443512451070.74199.70.844
3.42-3.583.5580.4363.617465492349080.51599.70.912
3.58-3.783.4840.3034.7716118466046260.35999.30.947
3.78-4.013.3820.2046.114932443844150.24299.50.973
4.01-4.283.1410.1427.4712851416540910.17298.20.983
4.28-4.633.3070.1119.4112469386037710.13397.70.988
4.63-5.073.5150.09211.1712201358834710.10996.70.992
5.07-5.673.490.08811.7210949322931370.10597.20.991
5.67-6.543.4520.083129647285727950.09897.80.99
6.54-8.013.150.06613.827393242023470.079970.993
8.01-11.333.2490.04917.965825189617930.05894.60.995
11.33-49.033.4210.0419.553448106010080.04795.10.997

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_4230精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.53→49.03 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 10 chains in the a.u. ligand has different orientations of the terminal difluorophenyl group. Also some variations of the ether group conformations. THR146-147SNN peptide bond has bad ...詳細: 10 chains in the a.u. ligand has different orientations of the terminal difluorophenyl group. Also some variations of the ether group conformations. THR146-147SNN peptide bond has bad geometry, despite meticulous parameterization in phenix.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 2310 4.96 %RANDOM
Rwork0.192 44265 --
obs0.1949 46575 51.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.37 Å2 / Biso mean: 44.5462 Å2 / Biso min: 18.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16801 0 524 0 17325
Biso mean--47.96 --
残基数----2090
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.53-2.590.382130.343636391
2.59-2.650.4086140.32571711853
2.65-2.720.3048210.34474074288
2.72-2.790.2466360.314659663211
2.79-2.870.3951260.298977580114
2.87-2.960.3402460.30731004105019
2.96-3.070.4223850.31451445153027
3.07-3.190.38031010.28252491259246
3.19-3.340.32421520.24433123327559
3.34-3.510.30062160.22633667388369
3.51-3.730.29032210.20194155437677
3.74-4.020.23592380.18144773501189
4.02-4.430.22732740.160953875661100
4.43-5.070.20082800.149253975677100
5.07-6.380.22682880.186253945682100
6.38-49.030.24023090.189454445753100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.334-0.14980.0791.8563-0.72571.039-0.0652-0.14550.22860.19260.12120.2006-0.1590.05040.02060.2367-0.21530.08310.2344-0.04940.255176.415876.400294.3836
21.5184-0.02270.19650.90960.43791.6845-0.30980.09120.2029-0.13050.14380.1153-0.2844-0.010.01080.3346-0.0225-0.02430.15160.00130.330874.282480.652583.8756
31.1077-0.07430.05370.773-0.24371.0453-0.00230.270.3464-0.2342-0.0501-0.5409-0.22420.3190.03280.368-0.28660.08180.36120.02630.499988.573482.007180.5963
41.0327-0.1781-0.10571.25540.17720.2998-0.0513-0.23290.32210.29420.0277-0.3612-0.2720.2470.04640.4897-0.3289-0.06580.3888-0.13960.55191.514581.685496.5899
52.73351.0165-0.98635.1388-2.01692.207-0.04320.1009-0.0098-0.4890.2016-0.20280.17440.3705-0.16150.217-0.0312-0.00850.2829-0.03390.138388.93313.756199.0486
64.75781.88192.21994.22610.53431.96680.02380.7195-0.3344-0.45160.0453-0.2350.5319-0.1351-0.0430.4765-0.11970.02110.5547-0.07680.178484.39889.559392.3148
72.01220.4146-0.12431.8170.38971.20070.13120.2511-0.0055-0.42290.21790.07450.1104-0.0941-0.09440.4049-0.2172-0.28740.35740.07260.313375.89649.243102.1552
82.55290.63470.80530.46610.41431.14020.1283-0.5472-0.18380.17830.0304-0.15220.18390.1164-0.18910.382-0.1541-0.27660.46830.04820.409882.90945.6499117.9611
92.73160.3591-0.06681.5716-0.10681.95210.2399-0.2792-0.3568-0.1563-0.0786-0.17530.30780.1553-0.12370.3526-0.1507-0.2120.31730.08110.398779.90421.8988111.6835
101.2328-1.5612-0.62053.57431.17393.0159-0.11130.21030.2713-0.4139-0.0706-0.5319-0.21580.22330.13880.1906-0.0773-0.02650.28720.07160.243662.9558109.730264.3874
112.6369-0.18370.87465.49881.31614.3961-0.08670.21360.2306-0.3783-0.23260.0172-0.1291-0.05920.22430.2136-0.1420.0580.27960.06110.167161.0468102.526255.8656
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46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 91 through 124 )H91 - 124
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 125 through 231 )H125 - 231
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 232 through 286 )H232 - 286

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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