PDB-7fqk: Crystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(3S)-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fqk

タイトル

Crystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(3S)-5-amino-1-(1,3-oxazol-2-yl)-5-oxopent-1-yn-3-yl]-1-[1-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]cyclopropanecarbonyl]pyrrolidine-2-carboxamide

要素

Legumain

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / CYSTEINE PROTEASE / ALLOSTERIC INHIBITOR / ASPARAGINYL ENDOPEPTIDASE / ALZHEIMER'S DISEASE / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Ehler, A. / Benz, J. / Bartels, B. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human Legumain complex
著者: Bartels, B. / Kuhn, B. / Benz, J. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fqk.cif.gz	454.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fqk.ent.gz	374.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fqk_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fqk_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7fqk_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	7fqk_validation.cif.gz	62.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/7fqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/7fqk	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002245 (5エントリ) 7fqh 7fqi 7fqj 7fqk 7fql
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of AEP_Legumain crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (8) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (8)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#12 - 2000年12月
ペプシン (Pepsin)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Legumain

B: Legumain

C: Legumain

D: Legumain

ヘテロ分子

207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Legumain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
51.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Legumain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Legumain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Legumain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.489, 102.489, 330.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	THR	THR	A	A	26 - 146	27 - 147
2	1	GLY	GLY	THR	THR	B	B	26 - 146	27 - 147
1	2	GLY	GLY	THR	THR	A	A	26 - 146	27 - 147
2	2	GLY	GLY	THR	THR	C	C	26 - 146	27 - 147
1	3	GLY	GLY	THR	THR	A	A	26 - 146	27 - 147
2	3	GLY	GLY	THR	THR	D	D	26 - 146	27 - 147
1	4	HIS	HIS	GLY	GLY	A	A	148 - 285	149 - 286
2	4	HIS	HIS	GLY	GLY	B	B	148 - 285	149 - 286
1	5	HIS	HIS	MET	MET	A	A	148 - 286	149 - 287
2	5	HIS	HIS	MET	MET	C	C	148 - 286	149 - 287
1	6	HIS	HIS	MET	MET	A	A	148 - 286	149 - 287
2	6	HIS	HIS	MET	MET	D	D	148 - 286	149 - 287
1	7	GLY	GLY	THR	THR	B	B	26 - 146	27 - 147
2	7	GLY	GLY	THR	THR	C	C	26 - 146	27 - 147
1	8	GLY	GLY	THR	THR	B	B	26 - 146	27 - 147
2	8	GLY	GLY	THR	THR	D	D	26 - 146	27 - 147
1	9	HIS	HIS	GLY	GLY	B	B	148 - 285	149 - 286
2	9	HIS	HIS	GLY	GLY	C	C	148 - 285	149 - 286
1	10	HIS	HIS	GLY	GLY	B	B	148 - 285	149 - 286
2	10	HIS	HIS	GLY	GLY	D	D	148 - 285	149 - 286
1	11	GLY	GLY	THR	THR	C	C	26 - 146	27 - 147
2	11	GLY	GLY	THR	THR	D	D	26 - 146	27 - 147
1	12	HIS	HIS	LYS	LYS	C	C	148 - 287	149 - 288
2	12	HIS	HIS	LYS	LYS	D	D	148 - 287	149 - 288

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Legumain / Asparaginyl endopeptidase / Protease / cysteine 1 分子量: 50877.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGMN, PRSC1 / プラスミド: pExpreS2.1_hLGMN(18-433)_C-VD-8xHis 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株 (発現宿主): ExpreS2 / 参照: UniProt: Q99538, legumain

#1: タンパク質

Legumain / Asparaginyl endopeptidase / Protease / cysteine 1

分子量: 50877.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGMN, PRSC1 / プラスミド: pExpreS2.1_hLGMN(18-433)_C-VD-8xHis
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): ExpreS2 / 参照: UniProt: Q99538, legumain

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 546分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-WS9 / N-[(1E,3R)-5-amino-1-(1,3-oxazol-2-yl)-5-oxopent-1-en-3-yl]-1-{1-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]cyclopropane-1-carbonyl}-L-prolinamide 分子量: 506.474 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₅F₃N₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28.5mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 20% v/v PEG smear broad, ...詳細: 28.5mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 20% v/v PEG smear broad, 0.1M MES/NaOH pH 6.5, total volume 200nL

結晶

マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28.5mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 20% v/v PEG smear broad, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99991 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99991 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→87.13 Å / Num. obs: 125523 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.59 % / B_iso Wilson estimate: 48.543 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.531 / R_rim(I) all: 0.552 / Χ²: 0.629 / Net I/σ(I): 4.82 / Num. measured all: 1705797 / Scaling rejects: 1005

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all	CC_1/2
1.97-2.02	13.942	19.236	0.04	126912	9132	9103	19.961	99.7
2.02-2.08	14.047	15.595	0.1	125295	8945	8920	16.179	99.7
2.08-2.14	13.971	11.869	0.17	121547	8714	8700	12.316	99.8	0.107
2.14-2.2	13.808	8.318	0.3	115435	8393	8360	8.636	99.6	0.268
2.2-2.27	13.585	6.49	0.41	111384	8217	8199	6.742	99.8	0.323
2.27-2.35	13.077	4.589	0.61	103335	7919	7902	4.775	99.8	0.569
2.35-2.44	12.952	4.228	0.65	99760	7711	7702	4.402	99.9	0.459
2.44-2.54	13.905	2.954	1.03	102103	7361	7343	3.066	99.8	0.691
2.54-2.66	14.186	2.207	1.42	100678	7103	7097	2.289	99.9	0.797
2.66-2.78	14.055	1.743	1.82	95671	6807	6807	1.808	100	0.82
2.78-2.94	13.913	1.261	2.49	90420	6500	6499	1.309	100	0.896
2.94-3.11	13.642	0.811	3.68	83599	6136	6128	0.842	99.9	0.957
3.11-3.33	13.074	0.512	5.58	75871	5807	5803	0.533	99.9	0.978
3.33-3.59	12.549	0.29	8.84	67750	5400	5399	0.303	100	0.991
3.59-3.94	13.941	0.199	13.36	70265	5040	5040	0.207	100	0.995
3.94-4.4	13.937	0.135	18.08	63316	4543	4543	0.14	100	0.997
4.4-5.08	13.514	0.099	22.17	54893	4064	4062	0.103	100	0.998
5.08-6.23	12.656	0.11	20.77	44018	3479	3478	0.114	100	0.997
6.23-8.81	12.203	0.079	24.65	33803	2770	2770	0.082	100	0.999
8.81-87.13	11.836	0.045	34.61	19742	1673	1668	0.047	99.7	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.97→87.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 8.765 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: orientation of oxazole not defined by electron density or hydrogen bonds. could be 180deg rotated

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2325	2636	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.1959	49711	41.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.64 Å² / B_iso mean: 40.431 Å² / B_iso min: 13.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.97→87.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8414	0	4036	537	12987
B_iso mean	-	-	44.9	36.27	-
残基数	-	-	-	-	564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	8930
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.016	7925
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.773	1.664	12116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.514	1.616	18301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.369	5	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.174	23.634	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.546	15	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.924	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.268	0.733	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.268	0.733	4171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.162	1.093	5202

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3839	0.05
1	2	B	3839	0.05
2	1	A	3832	0.04
2	2	C	3832	0.04
3	1	A	3832	0.05
3	2	D	3832	0.05
4	1	A	4770	0.04
4	2	B	4770	0.04
5	1	A	4789	0.05
5	2	C	4789	0.05
6	1	A	4766	0.05
6	2	D	4766	0.05
7	1	B	3823	0.05
7	2	C	3823	0.05
8	1	B	3828	0.06
8	2	D	3828	0.06
9	1	B	4760	0.04
9	2	C	4760	0.04
10	1	B	4759	0.03
10	2	D	4759	0.03
11	1	C	3809	0.05
11	2	D	3809	0.05
12	1	C	4773	0.04
12	2	D	4773	0.04

LS精密化シェル

解像度: 1.969→2.021 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.468	3	-
R_work	0.363	41	-
all	-	44	-
obs	-	-	0.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.183	0.1752	-0.2373	0.1842	-0.2466	0.3457	-0.1427	0.0495	-0.0708	-0.0728	0.0692	-0.1161	0.0692	-0.0932	0.0735	0.4643	-0.0885	0.0085	0.3741	-0.0031	0.5217	43.2198	-22.3185	60.6398
2	0.1297	0.1043	-0.1814	0.1082	-0.0095	1.022	0.0958	0.0217	-0.2817	0.0512	-0.1161	-0.2884	-0.4108	-0.6613	0.0203	0.4312	0.0132	-0.0573	0.7038	0.1846	0.7977	35.8124	-12.1384	62.4907
3	1.4748	0.2074	0.9501	0.6779	1.1355	2.1767	-0.1663	0.0661	0.0093	0.1421	0.018	0.116	0.2123	0.063	0.1483	0.4223	-0.1108	0.0456	0.3535	0.0384	0.4156	39.0455	-26.0585	62.8544
4	0.8817	0.1619	-0.4752	0.0328	-0.0871	0.2724	-0.0526	-0.097	-0.1586	0.0089	-0.0306	-0.0571	0.03	-0.0357	0.0831	0.4324	-0.0552	-0.0382	0.4974	0.0427	0.3286	37.9512	-8.0841	73.299
5	1.8073	0.9712	-0.261	0.8282	-0.875	1.9529	0.0006	-0.1189	-0.071	-0.0495	-0.0493	-0.03	0.0766	-0.2724	0.0487	0.3536	-0.0357	0.011	0.4723	-0.0139	0.385	28.6838	-7.238	67.6196
6	3.7788	-3.3185	4.1849	3.3708	-3.6528	4.6694	-0.0651	-0.0843	0.1597	0.4637	-0.2154	0.0759	-0.0877	-0.1455	0.2805	0.3758	-0.2114	0.1216	0.5136	-0.1501	0.3582	28.6344	-12.3247	65.3628
7	6.2475	0.7135	0.1536	4.1526	0.3813	0.0832	-0.1868	-0.1324	0.1121	0.1193	0.2571	-0.1161	0.1279	-0.0106	-0.0703	0.4359	-0.031	0.0046	0.3817	0.0684	0.3265	45.4633	-17.4349	71.5949
8	0.7223	-1.2217	-0.4696	5.228	-2.2099	3.1643	0.0361	-0.0411	0.0016	-0.1051	-0.1295	-0.132	0.0382	0.1904	0.0935	0.3899	-0.0193	-0.0038	0.3757	0.0205	0.4446	53.6429	-19.8998	64.2022
9	4.338	-1.65	-1.6572	1.6077	1.4329	1.306	0.0706	-0.0624	-0.3117	0.1732	-0.024	-0.1172	0.2152	-0.0158	-0.0466	0.4616	-0.0288	-0.0169	0.3172	0.094	0.4226	52.4255	-26.734	70.25
10	0.084	0.1837	0.0471	0.4823	0.1581	0.3812	0.027	-0.0076	-0.0286	0.1451	-0.0824	-0.2175	0.1994	-0.3288	0.0555	0.4692	-0.0868	0.0169	0.3449	0.0168	0.4554	46.2661	-25.9268	56.5844
11	0.306	-0.3824	-1.0959	0.5634	1.4926	4.1039	0.0735	-0.0108	-0.0442	0.02	-0.0267	-0.0933	-0.0883	0.0043	-0.0468	0.3604	-0.0217	-0.0172	0.4293	0.0511	0.4405	52.9553	-7.7727	61.437
12	0.2942	0.1241	0.7514	1.3201	-0.2995	2.2293	0.0975	0.0077	-0.0095	0.1889	-0.2537	-0.3989	0.1075	0.1313	0.1561	0.3542	0.0169	0.0278	0.3813	0.0209	0.5209	58.7121	-20.4497	55.8538
13	2.0373	-2.109	0.5508	2.2672	-0.5053	0.5252	-0.0959	-0.2031	0.0666	-0.022	0.0928	-0.0715	0.1886	-0.3953	0.0031	0.4691	-0.0569	0.0561	0.3764	0.0475	0.3637	49.4118	-26.204	51.4881
14	0.1421	0.1633	0.6128	0.1888	0.7103	2.6825	-0.0304	-0.0243	-0.0168	-0.0339	-0.0291	0.0027	-0.1538	-0.0737	0.0596	0.3966	-0.0144	0.0283	0.3993	0.0312	0.4629	50.1241	-7.8116	52.5462
15	0.2726	0.208	-0.2365	0.8656	0.497	0.8568	-0.0981	-0.0461	-0.0304	-0.2325	0.03	0.0083	-0.0469	0.0755	0.0681	0.4112	-0.0183	0.0194	0.3939	0.0365	0.4144	52.0873	-15.7546	46.0104
16	2.9852	0.4472	-1.7506	0.0862	-0.3711	1.7392	0.2867	-0.1063	0.0132	0.0277	-0.0288	0.0419	-0.2682	0.1041	-0.2579	0.4181	-0.0159	-0.0005	0.4052	-0.0067	0.4583	37.1252	0.3384	56.1819
17	3.4387	-1.5522	-1.7794	3.0464	1.0623	1.0524	0.1196	0.0357	0.1517	0.23	-0.1418	0.0675	0.0423	-0.099	0.0222	0.3933	-0.0178	0.0028	0.4288	-0.0366	0.3858	31.994	-0.9961	63.789
18	0.0346	-0.1302	-0.1308	1.0379	0.9417	0.9339	0.0001	0.0245	0.0491	-0.0334	-0.0655	-0.0742	0.0218	-0.1242	0.0655	0.3623	-0.0432	0.0115	0.4288	-0.0185	0.45	33.7906	-11.6109	51.736
19	0.8057	0.9793	2.03	1.195	2.4759	5.1396	0.0929	-0.1331	-0.0194	0.0456	-0.1235	-0.0181	0.1095	-0.3475	0.0305	0.4053	-0.1225	0.0053	0.4891	-0.0966	0.2952	30.3037	-23.5477	44.8101
20	1.1656	1.0174	0.0301	4.6876	0.6454	0.8851	0.045	-0.0309	0.1164	-0.1087	-0.1839	0.132	0.0829	-0.0786	0.1389	0.3735	-0.0222	-0.0038	0.4214	-0.0106	0.3847	36.9725	-14.022	42.3596
21	0.0336	0.0208	0.1278	0.1112	0.1431	0.5606	0.0143	-0.0102	0.0419	-0.0146	-0.1148	-0.1376	0.0795	-0.2051	0.1005	0.4443	-0.0328	0.0577	0.4075	0.0148	0.4046	45.02	-14.1002	42.8597
22	3.1404	1.4808	-0.704	0.7172	-0.4271	0.6648	-0.0634	-0.0556	-0.3305	-0.067	0.0221	-0.1576	0.0942	-0.2352	0.0413	0.4659	-0.0645	0.046	0.3682	-0.0341	0.4272	35.304	-28.7569	50.2694
23	1.674	0.891	0.5089	0.5868	0.4545	0.4833	-0.0091	0.0528	-0.3766	-0.1311	0.0771	-0.1215	-0.2103	0.1495	-0.0681	0.3432	-0.0823	0.0149	0.4984	-0.0187	0.423	78.1161	1.4511	103.1015
24	3.1327	1.0002	0.1979	0.3656	-0.205	1.6642	0.002	0.0393	-0.389	0.0442	0.0215	-0.0973	-0.3154	0.0369	-0.0235	0.4562	-0.0669	0.0071	0.3833	-0.0108	0.3724	67.9511	8.8477	100.4579
25	1.7132	0.3795	-0.7174	0.128	0.1297	2.8713	-0.1222	-0.078	-0.2452	-0.0956	0.0473	0.0015	-0.4333	0.5643	0.0748	0.3111	-0.15	0.0363	0.5501	-0.0025	0.3753	81.8895	5.8861	101.8883
26	0.0411	-0.0034	0.0502	1.4698	-0.5665	0.2779	-0.1285	0.0303	-0.0837	0.0087	0.1976	-0.1425	-0.1288	-0.0471	-0.0691	0.4817	-0.125	0.104	0.4679	-0.0003	0.3162	65.4811	7.5579	89.1127
27	2.3344	1.0201	0.1194	0.5322	-0.7304	7.2129	-0.1252	-0.1156	0.029	-0.0157	-0.0769	-0.0272	-0.3074	0.112	0.2021	0.4467	-0.0141	-0.0134	0.3469	0.0127	0.3775	63.6268	16.2076	95.5294
28	1.1515	-1.101	0.8218	1.5353	-0.1684	1.4863	-0.1516	0.1466	0.0473	-0.0704	0.0126	-0.0284	-0.2096	0.342	0.139	0.4102	-0.1075	0.0812	0.4103	-0.0315	0.324	71.6879	7.843	94.7563
29	6.3174	0.4584	-2.124	0.6746	-0.6552	1.1138	-0.0014	0.029	-0.2228	-0.0624	-0.0881	-0.1038	0.0566	0.0533	0.0895	0.3552	0.0116	0.0489	0.4321	-0.0424	0.4111	76.2638	-8.6933	98.617
30	2.071	-0.0235	0.9254	0.0218	0.0931	3.2915	-0.0374	-0.0184	-0.1438	-0.0377	0.0591	-0.075	-0.1485	0.5229	-0.0218	0.1828	0.0102	0.1466	0.5873	-0.0858	0.3737	85.4898	-5.9201	98.3413
31	7.9419	2.9627	-0.0745	1.114	0.0037	0.1732	0.2784	-0.3248	-0.6387	0.0541	-0.1229	-0.244	-0.1453	-0.0118	-0.1555	0.3828	-0.0276	-0.0099	0.4186	0.036	0.4493	74.7982	-0.0489	107.4067
32	1.1643	1.2858	1.1196	1.4415	1.237	1.0774	-0.0053	0.1293	-0.1293	0.0807	0.1408	-0.0756	0.0056	0.1404	-0.1355	0.4182	-0.0329	0.076	0.3872	-0.0133	0.4694	63.901	-8.347	99.6122
33	3.1028	0.715	1.7502	0.4246	0.705	1.374	-0.4163	-0.2258	-0.3044	-0.0256	0.2375	0.1561	-0.0945	0.143	0.1787	0.3197	0.1118	0.1101	0.4889	0.0482	0.5251	75.7344	-14.3875	106.6133
34	2.6552	-1.6018	-0.96	1.0498	0.8775	1.601	-0.1099	-0.1108	-0.1761	0.0131	0.1886	0.1437	-0.1844	0.4876	-0.0787	0.2967	-0.0006	0.0202	0.5652	0.0258	0.4283	80.7838	-5.2385	112.3681
35	0.4777	0.3653	1.6273	0.2911	1.2484	5.5454	0.0066	-0.0575	0.0077	-0.0349	-0.0146	-0.0478	0.0132	-0.1809	0.008	0.3857	-0.0251	0.0512	0.395	0.0324	0.4552	62.5552	-6.2385	108.5744
36	0.4965	1.4453	-0.779	4.2393	-2.2785	1.2275	-0.0701	-0.016	-0.0731	-0.2427	-0.0008	-0.1008	0.1201	0.0346	0.0709	0.3077	0.0053	-0.0067	0.4757	0.0808	0.4641	73.9235	-11.6948	117.1755
37	0.012	0.1179	-0.1278	1.2484	-1.3658	1.5027	0.0362	0.005	0.0082	0.0354	0.0554	0.0961	-0.0175	0.0128	-0.0917	0.3948	0.0002	0.01	0.4563	0.0139	0.3902	65.3302	-5.5253	115.0185
38	0.2596	0.0172	0.2313	0.0231	0.0199	0.2204	-0.0485	-0.0803	0.0173	-0.0182	0.0596	0.0665	-0.0025	-0.0178	-0.0111	0.4103	-0.0276	0.0085	0.4026	0.0063	0.4168	54.7271	6.9108	104.8328
39	0.0255	0.0245	0.1278	0.0337	0.2326	2.3736	-0.0121	0.0524	-0.0731	-0.0304	0.0675	-0.0304	-0.2601	0.0085	-0.0554	0.4264	-0.0321	-0.0029	0.4305	-0.0023	0.3933	62.2853	11.0833	105.8158
40	2.0075	1.5276	2.8389	1.2722	2.1817	4.0199	-0.0841	0.0479	-0.0153	0.1175	0.1156	-0.0186	-0.1002	0.0948	-0.0315	0.4604	-0.1095	0.032	0.4612	0.029	0.3229	76.7112	13.1418	119.9277
41	0.4371	0.0472	0.4324	0.0336	0.2152	1.6833	-0.1572	-0.2174	-0.0836	-0.0223	0.0175	0.0668	-0.1098	0.1158	0.1397	0.3772	-0.0237	-0.0091	0.4423	0.064	0.4173	67.1155	1.8502	119.8623
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30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	118 - 139
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	140 - 146
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	148 - 159
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	160 - 175
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	176 - 186
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	187 - 194
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	195 - 203
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	204 - 213
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	214 - 223
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	224 - 243
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	244 - 250
41	X-RAY DIFFRACTION	41	B	251 - 277
42	X-RAY DIFFRACTION	42	B	278 - 286
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	26 - 58
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	59 - 69
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	70 - 79
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	80 - 89
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	90 - 99
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	100 - 109
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	110 - 117
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	118 - 122
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	123 - 139
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	140 - 146
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	148 - 159
54	X-RAY DIFFRACTION	54	C	160 - 175
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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