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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fqj | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(1S)-3-amino-1-cyano-3-oxopropyl]-1-[1-[4-[(2,4-difluorophenyl)methoxy]phenyl]cyclopropanecarbonyl]pyrrolidine-2-carboxamide | |||||||||
![]() | Legumain | |||||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / CYSTEINE PROTEASE / ALLOSTERIC INHIBITOR / ASPARAGINYL ENDOPEPTIDASE / ALZHEIMER'S DISEASE / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH ...negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH / activation of cysteine-type endopeptidase activity / dendritic spine organization / positive regulation of monocyte chemotaxis / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of multicellular organism growth / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / associative learning / protein maturation / endopeptidase activator activity / cellular response to calcium ion / MHC class II antigen presentation / positive regulation of mitotic cell cycle / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / tau protein binding / memory / cellular response to amyloid-beta / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / apical part of cell / peptidase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ehler, A. / Benz, J. / Bartels, B. / Rudolph, M.G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a human Legumain complex 著者: Bartels, B. / Kuhn, B. / Benz, J. / Rudolph, M.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002245 (5エントリ) |
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タイトル | To be published |
タイプ | undefined |
解説 | A set of AEP_Legumain crystal structures |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 50877.672 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): ExpreS2 / 参照: UniProt: Q99538, legumain |
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-糖 , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 |
-非ポリマー , 8種, 676分子 ![](data/chem/img/WSN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #7: 化合物 | ChemComp-EPE / | #8: 化合物 | ChemComp-FLC / | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | #10: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 25.7mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 20% v/v PEG smear high, 0. ...詳細: 25.7mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 20% v/v PEG smear high, 0.15M Li2SO4, 0.05M MgCL2, 0.1M HEPES/NaOH pH 7.8, total volume 200nL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99982 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→112.62 Å / Num. obs: 128574 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.02 % / Biso Wilson estimate: 35.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.32 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 2.079 / Mean I/σ(I) obs: 0.49 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: INHOUSE MODEL 解像度: 1.7→112.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.341 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: WITH A MG2+-CITRATE COMPLEX BOUND
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→112.62 Å
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拘束条件 |
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