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- PDB-7fqi: Crystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(1S)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fqi
タイトルCrystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(1S)-3-amino-1-cyano-3-oxopropyl]-1-[1-[4-[(2,4-difluorophenyl)methoxy]phenyl]cyclopropanecarbonyl]pyrrolidine-2-carboxamide
要素Legumain
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / CYSTEINE PROTEASE / ALLOSTERIC INHIBITOR / ASPARAGINYL ENDOPEPTIDASE / ALZHEIMER'S DISEASE / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH ...negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH / activation of cysteine-type endopeptidase activity / dendritic spine organization / positive regulation of monocyte chemotaxis / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of multicellular organism growth / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / associative learning / protein maturation / endopeptidase activator activity / cellular response to calcium ion / MHC class II antigen presentation / positive regulation of mitotic cell cycle / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / tau protein binding / memory / cellular response to amyloid-beta / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / apical part of cell / peptidase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Legumain, prodomain / Legumain prodomain superfamily / Asparaginyl endopeptidase / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WSN / Legumain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Bartels, B. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche スイス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human Legumain complex
著者: Bartels, B. / Kuhn, B. / Benz, J. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Legumain
B: Legumain
C: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,71214
ポリマ－152,6333
非ポリマー3,07911
水11,367631
1
A: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9876
ポリマ－50,8781
非ポリマー1,1095
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8013
ポリマ－50,8781
非ポリマー9232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Legumain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9255
ポリマ－50,8781
非ポリマー1,0474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)229.510, 67.093, 79.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Legumain / Asparaginyl endopeptidase / Protease / cysteine 1


分子量: 50877.672 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGMN, PRSC1 / プラスミド: pExpreS2.1_hLGMN(18-433)_C-VD-8xHis
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): ExpreS2 / 参照: UniProt: Q99538, legumain
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-WSN / N-[(2R)-4-amino-1-imino-4-oxobutan-2-yl]-1-(1-{4-[(2,4-difluorophenyl)methoxy]phenyl}cyclopropane-1-carbonyl)-L-prolinamide


分子量: 498.522 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28F2N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 23.4mg/mL deglycosylated protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 25% v/v ...詳細: 23.4mg/mL deglycosylated protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 25% v/v PEG smear broad, 0.1M Bicine/NaOH pH 9.0, 10% v/v 2-Propanol, total volume 200nL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99982 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→70.37 Å / Num. obs: 207573 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.447 % / Biso Wilson estimate: 31.763 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.861 / Net I/σ(I): 9.71 / Num. measured all: 715549 / Scaling rejects: 143
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.45-1.493.4222.6140.45220615422152580.1683.09698.9
1.49-1.533.3441.810.64985615064149080.2972.15499
1.53-1.573.2281.3470.814669014580144640.3961.61899.2
1.57-1.623.3811.0471.094763714174140880.5411.24399.4
1.62-1.673.5910.8111.54905113754136610.6690.95299.3
1.67-1.733.5760.6062.024722213296132070.7730.71299.3
1.73-1.83.5550.4552.634528912821127400.8590.53699.4
1.8-1.873.5210.3193.74327612353122920.9220.37699.5
1.87-1.963.4790.2285.124113611893118250.9590.2799.4
1.96-2.053.3780.1597.123806011342112670.9740.18999.3
2.05-2.163.2230.119.63452010806107110.9860.13299.1
2.16-2.293.4110.08313.043463310205101530.9930.09999.5
2.29-2.453.6520.07116.0334972961295750.9950.08399.6
2.45-2.653.6340.05619.9232365895689070.9960.06699.5
2.65-2.93.5760.04424.5229346825082060.9970.05299.5
2.9-3.243.4970.03529.226092751174620.9980.04199.3
3.24-3.743.2890.02735.0421527660865460.9990.03299.1
3.74-4.593.2060.02438.2417722560655280.9990.02898.6
4.59-6.483.6150.02541.0215697437943420.9990.02999.2
6.48-70.373.3920.02441.738252246624330.9990.02898.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.45→70.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.36 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Ligand in chain B has alternate conformations for the difluorophenyl
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1891 7076 5 %RANDOM
Rwork0.1668 ---
obs0.1679 134406 67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.63 Å2 / Biso mean: 21.328 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→70.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6350 0 3111 634 10095
Biso mean--22.68 30.83 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136924
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.6679408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4181.62414338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7795825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.38923.451368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.667151126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5041527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3841.9983192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3831.9973191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0582.993993
LS精密化 シェル解像度: 1.445→1.483 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 19 -
Rwork0.311 290 -
all-309 -
obs--1.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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