PDB-7fqh: Crystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(3S)-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fqh

タイトル

Crystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(3S)-5-amino-5-oxopent-1-yn-3-yl]-1-[1-[4-(cyclopropylmethoxy)phenyl]cyclopropanecarbonyl]pyrrolidine-2-carboxamide

要素

Legumain

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / CYSTEINE PROTEASE / ALLOSTERIC INHIBITOR / ASPARAGINYL ENDOPEPTIDASE / ALZHEIMER'S DISEASE / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Ehler, A. / Benz, J. / Bartels, B. / Hewings-David, S. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human Legumain complex
著者: Bartels, B. / Kuhn, B. / Benz, J. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fqh.cif.gz	335.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fqh.ent.gz	275 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fqh_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fqh_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7fqh_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	7fqh_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/7fqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/7fqh	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002245 (5エントリ) 7fqh 7fqi 7fqj 7fqk 7fql
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of AEP_Legumain crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (8) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (8)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#12 - 2000年12月
ペプシン (Pepsin)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Legumain

B: Legumain

D: Legumain

ヘテロ分子

154 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Legumain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
51.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Legumain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.6 kDa, 1 ポリマー
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3

D: Legumain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.798, 117.798, 102.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質

Legumain / Asparaginyl endopeptidase / Protease / cysteine 1

分子量: 50877.672 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGMN, PRSC1 / プラスミド: pExpreS2.1_hLGMN(18-433)_C-VD-8xHis
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): ExpreS2 / 参照: UniProt: Q99538, legumain

#2: 化合物

ChemComp-WR9 / N-[(3S)-5-amino-5-oxopent-1-en-3-yl]-1-{1-[4-(cyclopropylmethoxy)phenyl]cyclopropane-1-carbonyl}-L-prolinamide

分子量: 425.521 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₁N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 11.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 26mg/mL deglycosylated protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 22.5% PEG ...詳細: 26mg/mL deglycosylated protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 22.5% PEG smear low, 0.1M MES/NaOH, 10% v/v 2-Propanol, total volume 200nL

結晶

マシュー密度: 1.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 11.98 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26mg/mL deglycosylated protein in 25mM HEPES/NaOH pH7, 300 mM NaCl, 200mM Trehalose incubated with 10-fold excess of ligand, then mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 22.5% PEG ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1.00005 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00005 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.18→51.41 Å / Num. obs: 43660 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.302 % / B_iso Wilson estimate: 51.649 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.244 / R_rim(I) all: 0.257 / Χ²: 0.732 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 449782 / Scaling rejects: 108

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.18-2.23	10.565	4.495	0.52	33692	3190	3189	0.219	4.725	100
2.23-2.29	10.507	3.928	0.62	32634	3107	3106	0.293	4.129	100
2.29-2.36	10.347	3.04	0.8	31332	3031	3028	0.364	3.199	99.9
2.36-2.43	10.124	2.547	0.96	29604	2927	2924	0.45	2.683	99.9
2.43-2.51	9.663	1.875	1.26	27703	2867	2867	0.598	1.98	100
2.51-2.6	10.053	1.425	1.73	27836	2769	2769	0.742	1.502	100
2.6-2.7	10.783	1.159	2.24	28715	2664	2663	0.817	1.216	100
2.7-2.81	10.749	0.927	2.78	27689	2576	2576	0.877	0.974	100
2.81-2.93	10.688	0.711	3.58	26388	2469	2469	0.92	0.746	100
2.93-3.08	10.609	0.531	4.72	24953	2352	2352	0.956	0.558	100
3.08-3.24	10.4	0.373	6.48	23546	2264	2264	0.975	0.393	100
3.24-3.44	10.083	0.247	9.22	21587	2141	2141	0.989	0.26	100
3.44-3.68	9.563	0.16	12.49	19251	2013	2013	0.995	0.17	100
3.68-3.97	10.208	0.125	16.76	19180	1880	1879	0.997	0.132	99.9
3.97-4.35	10.777	0.095	21.96	18731	1738	1738	0.998	0.1	100
4.35-4.86	10.564	0.076	25.53	16754	1586	1586	0.998	0.08	100
4.86-5.62	10.316	0.078	25.32	14443	1400	1400	0.998	0.082	100
5.62-6.88	9.428	0.083	23.99	11257	1194	1194	0.997	0.087	100
6.88-9.73	9.849	0.055	32.19	9327	948	947	0.999	0.058	99.9
9.73-51.46	9.297	0.043	38.64	5160	560	555	0.998	0.046	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.18→51.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 20.907 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.444 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Ligand not well defined by electron density beyond S2 pocket. Ether has unfavorable torsion angle. Electron density of volume of a whole AEP protomer is mapped onto itself by way of the 2- ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2724	1396	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2234	-	-	-
obs	0.2258	27034	65.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 160.35 Å² / B_iso mean: 38.796 Å² / B_iso min: 14.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0.13 Å²	0 Å²
2-	-	0.25 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.18→51.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6279	0	2963	88	9330
B_iso mean	-	-	38.21	31.57	-
残基数	-	-	-	-	420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	6605
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	5877
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.655	8962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.202	1.615	13569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.011	5	775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.437	23.728	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.005	15	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.667	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.835	2.33	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.835	2.329	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.529	3.491	3880

LS精密化シェル

解像度: 2.175→2.232 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.451	16	-
R_work	0.363	265	-
all	-	281	-
obs	-	-	8.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5843	2.726	0.2551	4.5677	0.6052	0.5057	0.1258	-0.2756	0.2584	-0.0264	-0.1676	0.0066	0.026	0.0776	0.0418	0.166	-0.0063	-0.0125	0.1806	-0.0043	0.1228	29.6694	3.1249	32.469
2	3.9885	1.8146	0.6819	1.3158	0.1012	0.4026	0.3036	0.0773	0.2164	-0.0402	-0.14	0.2266	0.0524	0.1503	-0.1637	0.1494	0.0321	-0.0006	0.1594	-0.0313	0.2016	22.2805	0.2945	22.3752
3	0.1817	0.703	0.4969	3.0538	1.9431	2.5627	0.1153	-0.0228	-0.055	0.0398	-0.1417	-0.1885	0.2007	0.4737	0.0264	0.1901	0.0671	-0.0081	0.2793	0.038	0.1921	34.6378	2.2474	29.2583
4	0.5541	-1.1113	-1.102	2.8399	2.0768	2.2255	0.0884	0.0122	-0.0542	-0.1215	-0.2039	0.0887	-0.1025	0.0175	0.1155	0.1935	0.0499	-0.107	0.1405	-0.0053	0.2603	20.2126	-11.1878	22.3206
5	1.4863	0.1831	1.5514	7.507	0.8699	1.934	0.0847	-0.0089	0.0167	-0.6126	-0.1559	0.3896	0.0273	0.105	0.0712	0.224	0.1058	-0.0836	0.137	-0.0002	0.13	20.5166	-4.444	13.741
6	10.5722	-7.6175	4.7357	6.9997	-4.2132	2.5467	0.0776	0.1858	-0.26	-0.2948	-0.0134	0.0992	0.1593	0.029	-0.0643	0.2129	0.0532	-0.0493	0.1599	-0.0235	0.1004	20.8691	1.6872	10.6258
7	0.7405	1.2578	-0.2702	3.4667	1.2819	2.4138	-0.0348	-0.1262	-0.0966	0.0153	0.0073	-0.1399	0.2385	0.3555	0.0275	0.201	0.1341	-0.0847	0.1787	-0.0106	0.1809	29.0011	-5.8303	24.7127
8	0.6265	0.9235	1.4391	1.5437	2.3756	3.6958	0.0952	-0.1146	-0.027	0.0765	-0.1333	0.088	0.1473	-0.069	0.0381	0.1805	-0.0397	-0.0415	0.2976	-0.0491	0.183	24.4097	-4.7208	39.5282
9	0.4524	-0.6128	0.35	4.7352	0.5538	0.5723	0.1353	0.2182	-0.0457	0.0879	-0.1063	0.0844	0.1151	0.2898	-0.029	0.1676	-0.0607	-0.0253	0.2853	-0.0019	0.156	34.937	-1.8099	41.2963
10	7.6712	4.446	4.0631	3.4367	2.2359	2.1737	0.2233	0.1283	-0.0773	0.1803	-0.1557	0.1005	0.0815	0.0992	-0.0676	0.1761	-0.0087	0.017	0.1749	-0.0342	0.163	25.7676	7.1453	33.1689
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	187 - 194
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	204 - 213
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	214 - 243
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	244 - 250
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	251 - 277
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	278 - 286
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	27 - 39
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	40 - 58
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	59 - 69
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	70 - 79
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	80 - 89
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	90 - 109
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	110 - 118
41	X-RAY DIFFRACTION	41	D	119 - 133
42	X-RAY DIFFRACTION	42	D	134 - 139
43	X-RAY DIFFRACTION	43	D	140 - 146
44	X-RAY DIFFRACTION	44	D	148 - 162
45	X-RAY DIFFRACTION	45	D	163 - 175
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	176 - 186
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	187 - 231
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	232 - 260
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	261 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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