PDB-7fhy: Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fhy

タイトル

Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt1473 (WT) from Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) in apo form at pH 7.0

要素

Polysaccharide lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / Anionic Polysaccharide lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronan lyase /

glucuronan lyase activity /

mannuronate-specific alginate lyase /

poly(beta-D-mannuronate) lyase activity /

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する /

hyaluronate lyase /

hyaluronate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell outer membrane /

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Pandey, S. / Berger, B.W. / Acharya, R.

資金援助

インド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the mechanism of pH-selective substrate specificity of the polysaccharide lyase Smlt1473.
著者: Pandey, S. / Mahanta, P. / Berger, B.W. / Acharya, R.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fhy.cif.gz	138.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fhy.ent.gz	102.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fhy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fhuSC 7fhvC 7fhwC 7fhxC 7fhzC 7fi0C 7fi1C 7fi2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fhu-2 7fhy-2 7fhw-1 7fi1-d 3amc-1 3azr-1 1v6y-d 1nar-d 7fhv-2 1hjs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide lyase

B: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.652, 57.943, 67.569
Angle α, β, γ (deg.)	71.144, 89.711, 73.787
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Polysaccharide lyase / PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional ...PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional polysaccharide lyase / Poly-beta-D-glucuronate lyase 分子量: 35428.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt1473 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: B2FHL8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.38 % 解説: rod-shaped THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M LiSO4 Monohydrdate, 100mM Sodium Cacodylate, pH-7.0, 30% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2019年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.09 Å / Num. obs: 30028 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.24 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.1422 / Net I/σ(I): 9.33
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.24 % / R_merge(I) obs: 0.4453 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / Num. unique obs: 3689 / CC_1/2: 0.74 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FHU

7fhu

解像度: 2.2→29.052 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 7.672 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.242 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2577	1489	4.979 %
R_work	0.2208	28418	-
all	0.223	-	-
obs	-	29907	98.336 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.383 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.658 Å²	-0.897 Å²	0.242 Å²
2-	-	0.121 Å²	0.123 Å²
3-	-	-	-2.566 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.052 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4777	0	20	171	4968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.638	6723
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.332	1.585	10113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.23	5	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.657	21.208	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.695	15	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.923	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4267
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.252	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.282	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.029	2.541	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.024	2.54	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.196	3.803	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.198	3.805	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.224	2.705	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.217	2.704	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.528	4.003	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.527	4	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.553	29.855	5793
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.534	29.833	5774

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.381	101	0.339	2055	0.341	2236	0.631	0.661	96.4222	0.294
2.257-2.318	0.347	85	0.311	2032	0.312	2187	0.76	0.776	96.7993	0.271
2.318-2.385	0.357	100	0.278	1964	0.281	2127	0.795	0.83	97.0381	0.241
2.385-2.458	0.311	121	0.256	1873	0.259	2051	0.851	0.865	97.2209	0.225
2.458-2.538	0.295	113	0.236	1840	0.239	1998	0.872	0.892	97.7477	0.205
2.538-2.626	0.241	98	0.207	1809	0.209	1930	0.913	0.924	98.8083	0.186
2.626-2.725	0.244	96	0.222	1781	0.223	1894	0.906	0.92	99.1024	0.197
2.725-2.835	0.298	89	0.235	1674	0.238	1774	0.88	0.907	99.3799	0.213
2.835-2.96	0.265	91	0.232	1609	0.234	1716	0.914	0.919	99.0676	0.212
2.96-3.102	0.283	85	0.216	1565	0.22	1673	0.885	0.916	98.6252	0.204
3.102-3.268	0.262	87	0.234	1429	0.236	1545	0.916	0.911	98.123	0.222
3.268-3.464	0.25	64	0.208	1403	0.21	1487	0.918	0.933	98.655	0.201
3.464-3.699	0.203	64	0.189	1316	0.189	1392	0.95	0.95	99.1379	0.185
3.699-3.99	0.218	69	0.191	1227	0.193	1307	0.94	0.948	99.1584	0.192
3.99-4.363	0.199	54	0.177	1140	0.178	1200	0.952	0.955	99.5	0.184
4.363-4.864	0.232	47	0.173	1038	0.175	1087	0.944	0.963	99.816	0.188
4.864-5.59	0.191	51	0.203	892	0.202	947	0.954	0.952	99.5776	0.216
5.59-6.784	0.255	34	0.207	785	0.209	821	0.941	0.951	99.7564	0.224
6.784-9.343	0.16	20	0.162	619	0.162	639	0.964	0.969	100	0.186
9.343-29.052	0.215	20	0.211	366	0.211	388	0.964	0.959	99.4845	0.255

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