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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ffl | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of VEEV VLP-LDLRAD3-D1 complex at the 2-fold axes | ||||||
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![]() | VIRUS LIKE PARTICLE/PROTEIN BINDING / Virus / Receptor / Complex / VIRUS LIKE PARTICLE / VIRUS LIKE PARTICLE-PROTEIN BINDING complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() togavirin / regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / symbiont-mediated suppression of host gene expression / amyloid-beta binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity ...togavirin / regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / symbiont-mediated suppression of host gene expression / amyloid-beta binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Zhang, X. / Xiang, Y. / Ma, J. / Ma, B. / Huang, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Venezuelan equine encephalitis virus with its receptor LDLRAD3. 著者: Bingting Ma / Cuiqing Huang / Jun Ma / Ye Xiang / Xinzheng Zhang / ![]() 要旨: Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) is an enveloped RNA virus that causes encephalitis and potentially mortality in infected humans and equines. At present, no vaccines or drugs are available ...Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) is an enveloped RNA virus that causes encephalitis and potentially mortality in infected humans and equines. At present, no vaccines or drugs are available that prevent or cure diseases caused by VEEV. Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing 3 (LDLRAD3) was recently identified as a receptor for the entry of VEEV into host cells. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the LDLRAD3 extracellular domain 1 (LDLRAD3-D1) in complex with VEEV virus-like particles at a resolution of 3.0 Å. LDLRAD3-D1 has a cork-like structure and is inserted into clefts formed between adjacent VEEV E2-E1 heterodimers in the viral-surface trimer spikes through hydrophobic and polar contacts. Mutagenesis studies of LDLRAD3-D1 identified residues that are involved in the key interactions with VEEV. Of note, some of the LDLRAD3-D1 mutants showed a significantly increased binding affinity for VEEV, suggesting that LDLRAD3-D1 may serve as a potential scaffold for the development of inhibitors of VEEV entry. Our structures provide insights into alphavirus assembly and the binding of receptors to alphaviruses, which may guide the development of therapeutic countermeasures against alphaviruses. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 569.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 9分子 AFSDEHIPT
#1: タンパク質 | 分子量: 30980.801 Da / 分子数: 3 / 変異: K64N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: TC-83 / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 7614.737 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 6488.601 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: TC-83 / 発現宿主: ![]() |
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-Spike glycoprotein ... , 2種, 6分子 BCGJQR
#2: タンパク質 | 分子量: 47952.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: TC-83 / 発現宿主: ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 47113.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: TC-83 / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 1種, 3分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
#6: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 894423 / 対称性のタイプ: POINT |