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- PDB-7ffg: Diarylpentanoid-producing polyketide synthase (N199F mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ffg
タイトルDiarylpentanoid-producing polyketide synthase (N199F mutant)
要素Type III polyketide synthase
キーワードTRANSFERASE / diarylpentanoid / type-III polyketide synthase
機能・相同性polyketide biosynthetic process / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Thiolase-like / Type III polyketide synthase
機能・相同性情報
生物種Aquilaria sinensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Morita, H. / Wong, C.P. / Liu, Q. / Kodama, T. / Lee, Y. / Nakashima, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Identification of a diarylpentanoid-producing polyketide synthase revealing an unusual biosynthetic pathway of 2-(2-phenylethyl)chromones in agarwood.
著者: Wang, X.H. / Gao, B.W. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Zhang, Z.X. / Kodama, T. / Lee, Y.E. / Zhang, Z.K. / Wong, C.P. / Liu, Q.Q. / Qi, B.W. / Wang, J. / Li, J. / Liu, X. / Abe, I. / Morita, H. ...著者: Wang, X.H. / Gao, B.W. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Zhang, Z.X. / Kodama, T. / Lee, Y.E. / Zhang, Z.K. / Wong, C.P. / Liu, Q.Q. / Qi, B.W. / Wang, J. / Li, J. / Liu, X. / Abe, I. / Morita, H. / Tu, P.F. / Shi, S.P.
履歴
登録2021年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III polyketide synthase
B: Type III polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7572
ポリマ－93,7572
非ポリマー00
水2,324129
1
A: Type III polyketide synthase

A: Type III polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7572
ポリマ－93,7572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5250 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area26090 Å2
手法PISA
2
B: Type III polyketide synthase

B: Type III polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7572
ポリマ－93,7572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.617, 65.136, 108.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.114, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Type III polyketide synthase


分子量: 46878.672 Da / 分子数: 2 / 変異: N199F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquilaria sinensis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A385MEG6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 25% PEG 8000, 0.3M KF, 4% butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.49 Å / Num. obs: 35813 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 42.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 3480 / CC1/2: 0.937 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7FFA

7ffa


解像度: 2.3→41.7 Å / SU ML: 0.2512 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3248
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 1720 4.81 %
Rwork0.1874 34062 -
obs0.189 35782 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5894 0 0 129 6023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74468176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0477948
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00471048
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.24532192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.27341410.25372781X-RAY DIFFRACTION99.69
2.37-2.440.26241400.22842856X-RAY DIFFRACTION99.9
2.44-2.530.31061440.23242808X-RAY DIFFRACTION99.93
2.53-2.630.3191520.23412789X-RAY DIFFRACTION99.86
2.63-2.750.27441220.23632863X-RAY DIFFRACTION99.83
2.75-2.90.2941450.24042801X-RAY DIFFRACTION99.93
2.9-3.080.25441470.22712858X-RAY DIFFRACTION99.93
3.08-3.320.25631670.21012804X-RAY DIFFRACTION99.9
3.32-3.650.24481380.18662849X-RAY DIFFRACTION99.57
3.65-4.180.17841680.16812832X-RAY DIFFRACTION99.97
4.18-5.260.16111240.14552876X-RAY DIFFRACTION100
5.26-41.70.18121320.15892945X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.76221208221-0.156976965663-0.2503219384120.496025749723-0.7397395810342.94087160651-0.151772392796-0.0780009449677-0.658329776830.048785051728-0.01268752274040.01195449722340.8444879274620.2088742279930.1282412677790.5920553751270.06931430074960.1154176325960.337844188861-0.0886015348950.465606227694-25.9693681541-33.011805026834.209855864
23.1228356160.927379941279-0.4934610016232.82924038661.568701422822.510258902380.218573671692-0.2478813659660.981873704183-0.07277637528740.183190778361-0.537757666597-0.8654301947130.831449685385-0.4187022451530.50437171581-0.1976563167790.1309133179720.550039965305-0.1040787820.667513798416-12.45329827923.3940597697535.4598236714
33.036997544640.52113632657-1.574284048723.96890636139-0.5261707818362.25643171149-0.09046945882440.208999514280.013950497559-0.2195221378820.1506573126930.008191486397150.279574553573-0.0201161449549-0.05774133175040.249549608460.0055305814541-0.04582205725690.247623662464-0.006257454470080.163620038421-28.5772651224-17.018030523933.2649975152
43.291679240990.321949411455-1.472777025990.959344824093-1.405261907422.5332694568-0.128056349158-0.152484288046-0.4354228220850.2007790676050.0902849892529-0.2501440922550.5644841659450.3604007328910.02823045211170.4010126421080.0946209744193-0.01355610517780.350341493512-0.003381730735620.255603680343-19.8039029767-24.407085532836.8654047679
53.78983008949-0.7561211982331.407961191887.54479051544-3.176846999015.66974799019-0.0114020985917-1.200353715610.7235590542081.284062204860.0172880409966-0.674991360818-0.7631817132220.5213517551-0.0623835144430.582035556275-0.0561360964395-0.04023310664210.631448515803-0.1539221421730.49998243215-21.7491155164-6.6153528041852.8657182705
62.612969965260.413451882122-0.06885040582120.536230213948-1.396280079814.22392434316-0.257909130126-1.12080231726-0.4527442644180.607987508727-0.070245099745-0.8653069095670.6329250967571.071760248380.30541081850.5528771862240.261240757161-0.06814197296790.9917879388590.1019536613850.667357968548-9.56947573363-26.778266380850.129105678
72.142403559740.2087964452781.72302605813.80547367387-1.316708452062.78989173913-0.055429204381-0.504922942457-0.2936510556560.00895524328962-0.0622690528567-0.9862808868630.429744063581.244491148350.1048943025680.3216629603120.1261459554070.03748877297540.7319430472820.01317068966250.496592080245-7.23547099023-20.679069408538.5002817791
83.62423933097-0.851776509199-1.751082513924.480935706341.50981536923.99557641282-0.272372317029-0.495749186033-0.511512827725-0.2417970413740.241838295792-0.6551708078040.6356712243251.040876139440.06119443557820.5225488954080.2339187363430.04430854179420.5967847729490.04028732346650.456673385715-13.1677713573-29.491988389841.3858731047
93.86731781705-0.242373566767-0.4689010453812.72989067145-0.004018336979933.21196132183-0.00245822197873-0.02191204837890.5875134965820.03477720309170.1788695026470.302124923766-0.442041128287-0.600203525957-0.1349892558660.3330380937030.05901048260030.07756909745120.3955507429650.04597393953070.374983720399-14.36561780962.869526440035.20711037028
104.25492487736-0.499207031931-0.6473847355252.43969638360.6405579369493.79955385793-0.0396925306610.8168038065190.00637354160108-0.5442236437890.09651647087070.477925950855-0.00895275232677-0.845561527832-0.07067693896010.344436044853-0.0665283548778-0.02225791510550.5525063254410.04840393545710.38830111088-16.262524211-7.7658111874-6.08161975257
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 31 )AA7 - 311 - 25
22chain 'A' and (resid 32 through 92 )AA32 - 9226 - 86
33chain 'A' and (resid 93 through 208 )AA93 - 20887 - 202
44chain 'A' and (resid 209 through 248 )AA209 - 248203 - 242
55chain 'A' and (resid 249 through 272 )AA249 - 272243 - 266
66chain 'A' and (resid 273 through 308 )AA273 - 308267 - 302
77chain 'A' and (resid 309 through 358 )AA309 - 358303 - 352
88chain 'A' and (resid 359 through 391 )AA359 - 391353 - 385
99chain 'B' and (resid 7 through 156 )BB7 - 1561 - 150
1010chain 'B' and (resid 157 through 391 )BB157 - 391151 - 385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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