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- PDB-7ffc: Diarylpentanoid-producing polyketide synthase (A210E mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ffc
タイトルDiarylpentanoid-producing polyketide synthase (A210E mutant)
要素Type III polyketide synthase
キーワードTRANSFERASE / diarylpentanoid / type-III polyketide synthase
機能・相同性polyketide biosynthetic process / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Thiolase-like / Type III polyketide synthase
機能・相同性情報
生物種Aquilaria sinensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Morita, H. / Wong, C.P. / Liu, Q. / Kodama, T. / Lee, Y. / Nakashima, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Identification of a diarylpentanoid-producing polyketide synthase revealing an unusual biosynthetic pathway of 2-(2-phenylethyl)chromones in agarwood.
著者: Wang, X.H. / Gao, B.W. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Zhang, Z.X. / Kodama, T. / Lee, Y.E. / Zhang, Z.K. / Wong, C.P. / Liu, Q.Q. / Qi, B.W. / Wang, J. / Li, J. / Liu, X. / Abe, I. / Morita, H. ...著者: Wang, X.H. / Gao, B.W. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Zhang, Z.X. / Kodama, T. / Lee, Y.E. / Zhang, Z.K. / Wong, C.P. / Liu, Q.Q. / Qi, B.W. / Wang, J. / Li, J. / Liu, X. / Abe, I. / Morita, H. / Tu, P.F. / Shi, S.P.
履歴
登録2021年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III polyketide synthase
B: Type III polyketide synthase
C: Type III polyketide synthase
D: Type III polyketide synthase
E: Type III polyketide synthase
F: Type III polyketide synthase
G: Type III polyketide synthase
H: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,61023
ポリマ－375,2298
非ポリマー1,38115
水7,278404
1
A: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子

E: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0845
ポリマ－93,8072
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area6240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area27160 Å2
手法PISA
2
B: Type III polyketide synthase
F: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9914
ポリマ－93,8072
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
3
C: Type III polyketide synthase
G: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0845
ポリマ－93,8072
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA
4
D: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子

H: Type III polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4529
ポリマ－93,8072
非ポリマー6457
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.020, 126.893, 118.166
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.383, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Type III polyketide synthase


分子量: 46903.633 Da / 分子数: 8 / 変異: A210E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquilaria sinensis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A385MEG6
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 15% PEG 8000, 0.12M KF, 4% butanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→49.13 Å / Num. obs: 95054 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 33.52 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.61→2.65 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4146 / CC1/2: 0.759 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7FFA

7ffa


解像度: 2.61→49.13 Å / SU ML: 0.3635 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.99 / 位相誤差: 31.6757
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1996 2.1 %
Rwork0.2188 92846 -
obs0.2198 94842 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23835 0 90 404 24329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.497233122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04033846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00344238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.41088917
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.670.40971340.32856191X-RAY DIFFRACTION92.91
2.67-2.750.32141420.30166650X-RAY DIFFRACTION99.82
2.75-2.830.34651440.29186662X-RAY DIFFRACTION99.82
2.83-2.920.34641410.27446630X-RAY DIFFRACTION99.79
2.92-3.020.30811420.26176647X-RAY DIFFRACTION99.69
3.02-3.140.2831420.256601X-RAY DIFFRACTION99.65
3.14-3.290.29981440.24296687X-RAY DIFFRACTION99.85
3.29-3.460.30091420.23086653X-RAY DIFFRACTION99.78
3.46-3.680.24311440.21116664X-RAY DIFFRACTION99.88
3.68-3.960.23551440.19746676X-RAY DIFFRACTION99.81
3.96-4.360.22411440.17656672X-RAY DIFFRACTION99.84
4.36-4.990.2051430.16616672X-RAY DIFFRACTION99.74
4.99-6.290.28161450.20086716X-RAY DIFFRACTION99.8
6.29-49.130.22391450.1816725X-RAY DIFFRACTION98.48
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.302081475752-0.1957542842920.2404919837460.641471509809-0.1059162628840.4015382647030.0221461254545-0.0179389928193-0.00831721287895-0.115475336491-0.01110694161850.1367380779310.01408872780850.0058505909837-2.62932998824E-100.149938688988-0.0146310695684-0.03695114122050.1463967318770.0009039716664660.15833754396436.6271871226-18.96145119444.7630459659
20.125491220398-0.0112069083630.2125564317670.716331887784-0.07366422616940.60500983701-0.03959312084720.02206319182350.06593661478390.133089077966-0.00722474682942-0.115359029416-0.02262018723950.0042430988563-1.99521773062E-100.1343068693750.000470973434404-0.004936662224770.123740595573-0.01811789947890.1419433140028.06346671997-52.192994741513.7961677384
30.943014740632-0.196389482730.0345898903640.4380194120070.1282031177480.4181452514760.007205390813830.142684624902-0.0237109511158-0.03264786272280.06506620722210.04497864997680.00389720853595-0.0135856790293-5.48987518613E-110.121278672243-0.0154181136736-0.02261811428950.2564286246350.00906488681940.412360814546-21.2141591776-32.206085879249.3296838747
40.836294921375-0.2105534158310.4370375789170.6277603241310.1557658635460.503829834161-0.314616298997-0.04581392601310.05584569736390.339059878489-0.370938457025-0.890637441658-0.3402118350790.3849444306472.37559325275E-11-0.1908701487920.3690634834410.901319855771-0.275425298607-1.02220751257-2.44925491409-42.046700201-65.44562160759.4739483241
50.4277210547080.02864428027670.09568912851040.4973062047430.001276384753550.1702917117440.00881090828407-0.007529301462240.0276409765812-0.12295425686-0.01089825821410.2000713783090.00717174992407-0.005679458618245.29874430115E-110.169550710354-0.0101647249427-0.05358274662070.119447866025-0.0186138488960.15834471354634.4717078271-78.941383019446.2389674612
60.520690489401-0.1474511505460.05585741165690.466793707323-0.1175054149710.251210955560.00136226598120.01458153749830.0845293412685-0.0670105471211-0.02208092276230.0868097976261-0.003120211888130.0312033743624-2.16637522175E-100.123868780572-0.01976419806960.004666029471650.104960793403-0.01313468789430.129356052421-9.64834338778-48.8122412463-11.8237493409
70.9373440894750.189037313957-0.06912122032020.0834761829993-0.2487561159060.550843141514-0.0107301531804-0.292255053869-0.0136787521901-0.02656224408610.0100481964925-0.0843855965612-0.05301550039710.03759459814181.94612477098E-100.1392390693510.0184106392544-0.03539248626940.348617892965-0.04501326611770.4185753315433.61348382822-28.812626990267.7629238853
80.610301723007-0.01259251346080.01315163677440.5352705605270.02970649416090.09278633133650.04561778236040.0061033616067-0.0774250799029-0.088497435018-0.03180741171820.246443843534-0.00764452914650.038838779843-1.17609024143E-100.144607492604-0.01379364228970.02109981330110.135644748332-0.02232147860810.020396942717140.9928859697-62.3093477122-8.96661165466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 6 through 394)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 6 through 394)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 6 through 394)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 6 through 394)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 6 through 394)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 6 through 394)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 6 through 394)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 6 through 394)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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