PDB-7ffc: Diarylpentanoid-producing polyketide synthase (A210E mutant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ffc

タイトル

Diarylpentanoid-producing polyketide synthase (A210E mutant)

要素

Type III polyketide synthase

キーワード

TRANSFERASE / diarylpentanoid / type-III polyketide synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquilaria sinensis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Morita, H. / Wong, C.P. / Liu, Q. / Kodama, T. / Lee, Y. / Nakashima, Y.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Identification of a diarylpentanoid-producing polyketide synthase revealing an unusual biosynthetic pathway of 2-(2-phenylethyl)chromones in agarwood.
著者: Wang, X.H. / Gao, B.W. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Zhang, Z.X. / Kodama, T. / Lee, Y.E. / Zhang, Z.K. / Wong, C.P. / Liu, Q.Q. / Qi, B.W. / Wang, J. / Li, J. / Liu, X. / Abe, I. / Morita, H. ...

履歴

登録	2021年7月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ffc.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ffc.ent.gz	980.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ffc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/7ffc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/7ffc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ffaSC 7ffgC 7ffhC 7ffiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ffc-4 7ffg-1 7ffi-1 7ffi-2 7ffc-3 5uc5-d 7ffc-2 7ffh-1 1bi5-1 7ffg-2 7ffa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Type III polyketide synthase

B: Type III polyketide synthase

C: Type III polyketide synthase

D: Type III polyketide synthase

E: Type III polyketide synthase

F: Type III polyketide synthase

G: Type III polyketide synthase

H: Type III polyketide synthase

ヘテロ分子

377 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type III polyketide synthase

ヘテロ分子

E: Type III polyketide synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
94.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Type III polyketide synthase

F: Type III polyketide synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Type III polyketide synthase

G: Type III polyketide synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Type III polyketide synthase

ヘテロ分子

H: Type III polyketide synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.020, 126.893, 118.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.383, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Type III polyketide synthase 分子量: 46903.633 Da / 分子数: 8 / 変異: A210E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquilaria sinensis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A385MEG6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 15% PEG 8000, 0.12M KF, 4% butanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→49.13 Å / Num. obs: 95054 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.52 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.61→2.65 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4146 / CC_1/2: 0.759 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FFA

7ffa

解像度: 2.61→49.13 Å / SU ML: 0.3635 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.99 / 位相誤差: 31.6757
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	1996	2.1 %
R_work	0.2188	92846	-
obs	0.2198	94842	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→49.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23835	0	90	404	24329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	24398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4972	33122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0403	3846
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	4238
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.4108	8917

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.61-2.67	0.4097	134	0.3285	6191	X-RAY DIFFRACTION	92.91
2.67-2.75	0.3214	142	0.3016	6650	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.75-2.83	0.3465	144	0.2918	6662	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.83-2.92	0.3464	141	0.2744	6630	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.92-3.02	0.3081	142	0.2617	6647	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.02-3.14	0.283	142	0.25	6601	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.14-3.29	0.2998	144	0.2429	6687	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.29-3.46	0.3009	142	0.2308	6653	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.46-3.68	0.2431	144	0.2111	6664	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.68-3.96	0.2355	144	0.1974	6676	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.96-4.36	0.2241	144	0.1765	6672	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.36-4.99	0.205	143	0.1661	6672	X-RAY DIFFRACTION	99.74
4.99-6.29	0.2816	145	0.2008	6716	X-RAY DIFFRACTION	99.8
6.29-49.13	0.2239	145	0.181	6725	X-RAY DIFFRACTION	98.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.302081475752	-0.195754284292	0.240491983746	0.641471509809	-0.105916262884	0.401538264703	0.0221461254545	-0.0179389928193	-0.00831721287895	-0.115475336491	-0.0111069416185	0.136738077931	0.0140887278085	0.0058505909837	-2.62932998824E-10	0.149938688988	-0.0146310695684	-0.0369511412205	0.146396731877	0.000903971666466	0.158337543964	36.6271871226	-18.961451194	44.7630459659
2	0.125491220398	-0.011206908363	0.212556431767	0.716331887784	-0.0736642261694	0.60500983701	-0.0395931208472	0.0220631918235	0.0659366147839	0.133089077966	-0.00722474682942	-0.115359029416	-0.0226201872395	0.0042430988563	-1.99521773062E-10	0.134306869375	0.000470973434404	-0.00493666222477	0.123740595573	-0.0181178994789	0.141943314002	8.06346671997	-52.1929947415	13.7961677384
3	0.943014740632	-0.19638948273	0.034589890364	0.438019412007	0.128203117748	0.418145251476	0.00720539081383	0.142684624902	-0.0237109511158	-0.0326478627228	0.0650662072221	0.0449786499768	0.00389720853595	-0.0135856790293	-5.48987518613E-11	0.121278672243	-0.0154181136736	-0.0226181142895	0.256428624635	0.0090648868194	0.412360814546	-21.2141591776	-32.2060858792	49.3296838747
4	0.836294921375	-0.210553415831	0.437037578917	0.627760324131	0.155765863546	0.503829834161	-0.314616298997	-0.0458139260131	0.0558456973639	0.339059878489	-0.370938457025	-0.890637441658	-0.340211835079	0.384944430647	2.37559325275E-11	-0.190870148792	0.369063483441	0.901319855771	-0.275425298607	-1.02220751257	-2.44925491409	-42.046700201	-65.4456216075	9.4739483241
5	0.427721054708	0.0286442802767	0.0956891285104	0.497306204743	0.00127638475355	0.170291711744	0.00881090828407	-0.00752930146224	0.0276409765812	-0.12295425686	-0.0108982582141	0.200071378309	0.00717174992407	-0.00567945861824	5.29874430115E-11	0.169550710354	-0.0101647249427	-0.0535827466207	0.119447866025	-0.018613848896	0.158344713546	34.4717078271	-78.9413830194	46.2389674612
6	0.520690489401	-0.147451150546	0.0558574116569	0.466793707323	-0.117505414971	0.25121095556	0.0013622659812	0.0145815374983	0.0845293412685	-0.0670105471211	-0.0220809227623	0.0868097976261	-0.00312021188813	0.0312033743624	-2.16637522175E-10	0.123868780572	-0.0197641980696	0.00466602947165	0.104960793403	-0.0131346878943	0.129356052421	-9.64834338778	-48.8122412463	-11.8237493409
7	0.937344089475	0.189037313957	-0.0691212203202	0.0834761829993	-0.248756115906	0.550843141514	-0.0107301531804	-0.292255053869	-0.0136787521901	-0.0265622440861	0.0100481964925	-0.0843855965612	-0.0530155003971	0.0375945981418	1.94612477098E-10	0.139239069351	0.0184106392544	-0.0353924862694	0.348617892965	-0.0450132661177	0.418575331543	3.61348382822	-28.8126269902	67.7629238853
8	0.610301723007	-0.0125925134608	0.0131516367744	0.535270560527	0.0297064941609	0.0927863313365	0.0456177823604	0.0061033616067	-0.0774250799029	-0.088497435018	-0.0318074117182	0.246443843534	-0.0076445291465	0.038838779843	-1.17609024143E-10	0.144607492604	-0.0137936422897	0.0210998133011	0.135644748332	-0.0223214786081	0.0203969427171	40.9928859697	-62.3093477122	-8.96661165466

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 6 through 394)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 6 through 394)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 6 through 394)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 6 through 394)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 6 through 394)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 6 through 394)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 6 through 394)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 6 through 394)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)