[日本語] English
万見
- PDB-7fe0: AvmM Catalyzes Macrocyclization in Alchivemycin A Biosynthesis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fe0
タイトルAvmM Catalyzes Macrocyclization in Alchivemycin A Biosynthesis
要素AvmM
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Alchivemycin / Michael addition / Macrocyclization
機能・相同性CACODYLATE ION
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. NBRC 109436 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, B. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81925033 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21861142005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773591 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81991524 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81991522 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81803380 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21661140001 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: AvmM catalyses macrocyclization through dehydration/Michael-type addition in alchivemycin A biosynthesis.
著者: Zhu, H.J. / Zhang, B. / Wei, W. / Liu, S.H. / Xiang, L. / Zhu, J. / Jiao, R.H. / Igarashi, Y. / Bashiri, G. / Liang, Y. / Tan, R.X. / Ge, H.M.
履歴
登録2021年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AvmM
B: AvmM
C: AvmM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6597
ポリマ－72,4273
非ポリマー2324
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.870, 73.870, 243.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31(chain C and resid 9 through 197)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 9 - 197 / Label seq-ID: 29 - 217

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3(chain C and resid 9 through 197)CC

-
要素

#1: タンパク質 AvmM


分子量: 24142.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. NBRC 109436 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Sodium cacodylate 6.5 and 20 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→23.56 Å / Num. obs: 34785 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 406516 / Scaling rejects: 4404
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.2711.21.2583258829100.5290.3721.3162.296.3
9.07-23.5613.20.0877145840.9980.0210.08324.594.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→23.14 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2197 1691 4.88 %
Rwork0.1868 32955 -
obs0.1885 34646 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.91 Å2 / Biso mean: 49.7072 Å2 / Biso min: 28.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→23.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4431 0 8 199 4638
Biso mean--92.28 46.58 -
残基数----567
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2648X-RAY DIFFRACTION9.624TORSIONAL
12B2648X-RAY DIFFRACTION9.624TORSIONAL
13C2648X-RAY DIFFRACTION9.624TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.260.31881390.27642637277696
2.26-2.340.3311300.2782622275296
2.34-2.420.32751330.2652658279197
2.42-2.520.291310.24632662279397
2.52-2.630.26391360.22422704284097
2.63-2.770.27581620.21742678284098
2.77-2.940.25581270.21312729285698
2.94-3.170.26911360.20482754289099
3.17-3.490.23641400.198427972937100
3.49-3.990.21531340.17428212955100
3.99-5.020.15211580.135128653023100
5.02-23.140.17551650.15630283193100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.7599 Å / Origin y: 1.6424 Å / Origin z: 102.9689 Å
111213212223313233
T0.3053 Å20.0365 Å2-0.0827 Å2-0.3353 Å2-0.1187 Å2--0.2722 Å2
L1.6441 °2-0.2823 °2-0.4008 °2-1.727 °2-0.083 °2--1.0613 °2
S-0.1436 Å °-0.178 Å °0.2051 Å °0.3797 Å °0.1013 Å °-0.1766 Å °0.181 Å °0.1064 Å °0.0525 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 197
2X-RAY DIFFRACTION1allB9 - 197
3X-RAY DIFFRACTION1allC9 - 197
4X-RAY DIFFRACTION1allC201
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 200
6X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 3
7X-RAY DIFFRACTION1allE1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る