PDB-7fbw: Acetylxylan esterase from Caldanaerobacter subterraneus subsp. te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fbw

タイトル

Acetylxylan esterase from Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis

要素

Predicted xylanase/chitin deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Acetylxylan esterase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / xylan catabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sasamoto, K. / Himiyama, T. / Moriyoshi, K. / Ohmoto, T. / Uegaki, K. / Nishiya, Y. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K06616	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K15403	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K05740	日本

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of acetylxylan esterase from Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis.
著者: Sasamoto, K. / Himiyama, T. / Moriyoshi, K. / Ohmoto, T. / Uegaki, K. / Nishiya, Y. / Nakamura, T.

履歴

登録	2021年7月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fbw.cif.gz	59.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fbw.ent.gz	37.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fbw_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fbw_full_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示
XML形式データ	7fbw_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	7fbw_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/7fbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/7fbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cc0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ris-d 2w4d-3 1m8f-d 3ec6-d 2gj2-5 3a3b-1 5xa4-2 2riu-d 3ell-2 7fa3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Predicted xylanase/chitin deacetylase

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.211, 105.992, 118.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Predicted xylanase/chitin deacetylase / Acetylxylan esterase 分子量: 34557.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 (バクテリア) 株: MB4 / 遺伝子: Cda1, TTE0866 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RBF4
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M CHES-NaOH pH 9.5, 10% PEG3350, 0.022 M strontium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→39.71 Å / Num. obs: 30651 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1986 / CC_1/2: 0.769

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CC0

2cc0

解像度: 1.9→39.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.556 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.095

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2101	1531	4.996 %
R_work	0.1857	29116	-
all	0.187	-	-
obs	-	30647	98.319 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1488	0	1	76	1565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.642	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.424	1.576	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.971	5	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.955	24.179	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.152	15	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.222	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	745
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.954	3.714	743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.92	3.709	742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.993	5.556	927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.997	5.559	928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.328	4.371	780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.278	4.363	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.895	6.287	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.873	6.286	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.179	44.825	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.155	44.723	1677

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.295	117	0.287	2145	X-RAY DIFFRACTION	99.6915
1.949-2.003	0.295	103	0.278	2098	X-RAY DIFFRACTION	99.4577
2.003-2.061	0.32	111	0.254	2022	X-RAY DIFFRACTION	99.4406
2.061-2.124	0.275	122	0.238	1987	X-RAY DIFFRACTION	99.3874
2.124-2.194	0.232	103	0.23	1896	X-RAY DIFFRACTION	99.4527
2.194-2.271	0.227	92	0.209	1869	X-RAY DIFFRACTION	99.1405
2.271-2.356	0.255	107	0.211	1764	X-RAY DIFFRACTION	97.5495
2.356-2.452	0.231	85	0.201	1677	X-RAY DIFFRACTION	96.7069
2.452-2.561	0.238	86	0.196	1661	X-RAY DIFFRACTION	99.0925
2.561-2.686	0.285	68	0.198	1599	X-RAY DIFFRACTION	98.8145
2.686-2.831	0.209	89	0.179	1500	X-RAY DIFFRACTION	98.757
2.831-3.003	0.214	75	0.176	1414	X-RAY DIFFRACTION	98.544
3.003-3.21	0.217	71	0.186	1338	X-RAY DIFFRACTION	97.8472
3.21-3.467	0.204	72	0.189	1221	X-RAY DIFFRACTION	96.1338
3.467-3.797	0.181	46	0.184	1163	X-RAY DIFFRACTION	97.4214
3.797-4.244	0.183	49	0.16	1068	X-RAY DIFFRACTION	97.5546
4.244-4.898	0.142	41	0.134	927	X-RAY DIFFRACTION	97.4824
4.898-5.993	0.195	47	0.173	781	X-RAY DIFFRACTION	96.2791
5.993-8.451	0.144	33	0.153	615	X-RAY DIFFRACTION	94.7368
8.451-39.71	0.175	14	0.167	371	X-RAY DIFFRACTION	92.5481

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)