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Yorodumi- PDB-7f82: Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z in comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f82 | ||||||
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Title | Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z in complex with cellooligosaccharides from Enterobacter sp. CJF-002 | ||||||
Components | Glucanase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / complex / carbohydrate | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Glycosylases; Glycosidases, i.e. enzymes that hydrolyse O- and S-glycosyl compounds / cellulase activity / polysaccharide catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacter sp. CJF-002 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Fujiwara, T. / Fujishima, A. / Yao, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2022 Title: Structural snapshot of a glycoside hydrolase family 8 endo-beta-1,4-glucanase capturing the state after cleavage of the scissile bond. Authors: Fujiwara, T. / Fujishima, A. / Nakamura, Y. / Tajima, K. / Yao, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7f82.cif.gz | 691.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7f82.ent.gz | 473 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7f82.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f82 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7f81SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 39435.410 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D242A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacter sp. CJF-002 (bacteria) / Gene: bcsZ / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: K0IUV6, Hydrolases; Glycosylases; Glycosidases, i.e. enzymes that hydrolyse O- and S-glycosyl compounds |
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-Sugars , 3 types, 10 molecules
#2: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose #3: Polysaccharide | #4: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 2 types, 1181 molecules
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M di-sodium tartrate, 20%(v/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 10, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→50 Å / Num. obs: 355775 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 16.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 21.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.38 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 57751 / CC1/2: 0.873 / Rrim(I) all: 0.669 / % possible all: 98.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7F81 Resolution: 1.3→42.51 Å / SU ML: 0.1432 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.681 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→42.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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