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- PDB-7f77: Crystal structure of glutamate dehydrogenase 3 from Candida albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f77
タイトルCrystal structure of glutamate dehydrogenase 3 from Candida albicans
要素Glutamate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Candida albicans / Yeast-to-hyphal transition / Glutamate dehydrogenase / Conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate biosynthetic process / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Glutamate dehydrogenase / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal ...: / Glutamate dehydrogenase / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans SC5314 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.086 Å
データ登録者Li, N. / Wang, W. / Zeng, X. / Liu, M. / Li, M. / Li, C. / Wang, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of glutamate dehydrogenase 3 from Candida albicans.
著者: Li, N. / Wang, W. / Zeng, X. / Liu, M. / Li, M. / Li, C. / Wang, M.
履歴
登録2021年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate dehydrogenase
B: Glutamate dehydrogenase
C: Glutamate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,6183
ポリマ－158,6183
非ポリマー00
水30617
1
A: Glutamate dehydrogenase
B: Glutamate dehydrogenase
C: Glutamate dehydrogenase

A: Glutamate dehydrogenase
B: Glutamate dehydrogenase
C: Glutamate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,2356
ポリマ－317,2356
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.542, 94.542, 334.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-507-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 173 or resid 193...
21(chain B and (resid 6 through 384 or resid 395 through 424 or resid 430 through 456))
31(chain C and (resid 6 through 173 or resid 193 through 277 or resid 287 through 456))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASNASN(chain A and (resid 6 through 173 or resid 193...AA6 - 17326 - 193
12PROPROPHEPHE(chain A and (resid 6 through 173 or resid 193...AA193 - 277213 - 297
13SERSERGLUGLU(chain A and (resid 6 through 173 or resid 193...AA287 - 384307 - 404
14THRTHRGLUGLU(chain A and (resid 6 through 173 or resid 193...AA395 - 424415 - 444
15LEULEUPHEPHE(chain A and (resid 6 through 173 or resid 193...AA430 - 456450 - 476
21GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 6 through 384 or resid 395 through 424 or resid 430 through 456))BB6 - 38426 - 404
22THRTHRGLUGLU(chain B and (resid 6 through 384 or resid 395 through 424 or resid 430 through 456))BB395 - 424415 - 444
23LEULEUPHEPHE(chain B and (resid 6 through 384 or resid 395 through 424 or resid 430 through 456))BB430 - 456450 - 476
31GLUGLUASNASN(chain C and (resid 6 through 173 or resid 193 through 277 or resid 287 through 456))CC6 - 17326 - 193
32PROPROPHEPHE(chain C and (resid 6 through 173 or resid 193 through 277 or resid 287 through 456))CC193 - 277213 - 297
33SERSERPHEPHE(chain C and (resid 6 through 173 or resid 193 through 277 or resid 287 through 456))CC287 - 456307 - 476

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要素

#1: タンパク質 Glutamate dehydrogenase


分子量: 52872.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) / 株: SC5314 / 遺伝子: GDH3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1D8PMH8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M Sodium Malonate, pH 3.5, and 17% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→50 Å / Num. obs: 26983 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 0.844 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.218.31.0526820.720.3451.110.58994.9
3.21-3.348.30.72827000.8350.240.770.62996.3
3.34-3.498.10.56527060.8920.190.5980.74495
3.49-3.687.80.43926800.90.1520.4670.85494.9
3.68-3.917.70.33526700.9450.1160.3560.97694.4
3.91-4.218.30.20626740.9770.0690.2180.97692.9
4.21-4.638.10.1426620.9890.0480.1491.06392.6
4.63-5.37.70.1226810.9880.0430.1281.0391.8
5.3-6.678.10.10227310.990.0340.1080.89392.6
6.67-507.40.06427970.9950.0230.0690.71588

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XVX

5xvx


解像度: 3.086→43.518 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2903 1154 4.75 %
Rwork0.2409 23132 -
obs0.2433 24286 83.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.7 Å2 / Biso mean: 59.1094 Å2 / Biso min: 13.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.086→43.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9716 0 0 17 9733
Biso mean---29.6 -
残基数----1269
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5713X-RAY DIFFRACTION9.624TORSIONAL
12B5713X-RAY DIFFRACTION9.624TORSIONAL
13C5713X-RAY DIFFRACTION9.624TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.086-3.22640.3975660.3036128738
3.2264-3.39650.33871280.2851274481
3.3965-3.60920.29681830.2723309792
3.6092-3.88770.34831480.2683318093
3.8877-4.27860.30171560.2357317193
4.2786-4.8970.27011530.2126319492
4.897-6.16690.25221620.2282321392
6.1669-43.5180.26251580.2233324687

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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