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万見
- PDB-1ihp: STRUCTURE OF PHOSPHOMONOESTERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ihp
タイトルSTRUCTURE OF PHOSPHOMONOESTERASE
要素PHYTASE
キーワードPHOSPHOMONOESTERASE / HYDROLASE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phytase / inositol hexakisphosphate 3-phosphatase activity / acid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Histidine acid phosphatase, eukaryotic / Histidine acid phosphatases active site signature. / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aspergillus ficuum (カビ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kostrewa, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of phytase from Aspergillus ficuum at 2.5 A resolution.
著者: Kostrewa, D. / Gruninger-Leitch, F. / D'Arcy, A. / Broger, C. / Mitchell, D. / van Loon, A.P.
履歴
登録1997年2月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHYTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3402
ポリマ－48,2441
非ポリマー961
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PHYTASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,04212
ポリマ－289,4666
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area11810 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area95260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.250, 92.250, 100.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL CONTAINS ONE DEGLYCOSYLATED PROTEIN MONOMER.

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要素

#1: タンパク質 PHYTASE / MYO-INOSITOL-HEXAKISPHOSPHATE-3-PHOSPHOHYDROLASE


分子量: 48244.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ALSO CALLED ASPERGILLUS NIGER STRAIN NRRL3135 / 由来: (天然) Aspergillus ficuum (カビ) / 参照: UniProt: P34752, 3-phytase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 17223 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 93.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 79917 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→25 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
詳細: AMINO ACIDS 249 - 252 ARE COMPLETELY DISORDERED. THE FOLLOWING AMINO ACID SIDE CHAINS ARE DISORDERED: GLU 43, LYS 70, GLU 77, GLN 81, LYS 94, GLN 392, GLN 395, ARG 428 THE ELECTRON DENSITY OF ...詳細: AMINO ACIDS 249 - 252 ARE COMPLETELY DISORDERED. THE FOLLOWING AMINO ACID SIDE CHAINS ARE DISORDERED: GLU 43, LYS 70, GLU 77, GLN 81, LYS 94, GLN 392, GLN 395, ARG 428 THE ELECTRON DENSITY OF THE SULFATE IS NOT WELL DEFINED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 -5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.155 17223 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3368 0 5 115 3488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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