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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f6s | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of metal-citrate-binding mutant (T199A) protein (MctA) of ABC transporter in apo state | |||||||||
![]() | Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Substrate-binding protein / metal ion / secondary transporter / symporter | |||||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding / CARBON DIOXIDE / GLYCOLIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kanaujia, S.P. / Mandal, S.K. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg 2+ -citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily. 著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P. #1: ![]() タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg2+-citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily 著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38153.387 Da / 分子数: 1 / 変異: T199A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHB177 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 245分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/GOA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CO2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/GOA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||||
#4: 化合物 | ChemComp-CO2 / | ||||||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 化合物 | ChemComp-GOA / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 % / 解説: Orthorhombic |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月24日 / 詳細: VariMax HF | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→48.8 Å / Num. obs: 37221 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7F6E 解像度: 1.8→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.242 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.0986 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.23 Å2 / Biso mean: 28.577 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→48.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.8368 Å / Origin y: 37.1827 Å / Origin z: 28.832 Å
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