PDB-7f5o: Crystal structure of PTPN2 catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f5o

タイトル

Crystal structure of PTPN2 catalytic domain

要素

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

キーワード

HYDROLASE / Protein Tyrosine Phosphatase / TCPTP / PTPN2

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of interleukin-2-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of positive thymic T cell selection / positive regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of macrophage differentiation / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...negative regulation of interleukin-2-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of positive thymic T cell selection / positive regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of macrophage differentiation / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of chemotaxis / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-37 signaling / syntaxin binding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / STAT family protein binding / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor recycling / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of lipid storage / T cell differentiation / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / B cell differentiation / protein-tyrosine-phosphatase / erythrocyte differentiation / protein tyrosine phosphatase activity / endosome lumen / PKR-mediated signaling / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / negative regulation of inflammatory response / integrin binding / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Singh, J.P. / Lin, M.-J. / Hsu, S.-F. / Lee, C.-C. / Meng, T.-C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of TCPTP Unravels an Allosteric Regulatory Role of Helix alpha 7 in Phosphatase Activity.
著者: Singh, J.P. / Lin, M.J. / Hsu, S.F. / Peti, W. / Lee, C.C. / Meng, T.C.

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月12日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.2	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f5o.cif.gz	200.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f5o.ent.gz	153.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f5o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f5o_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f5o_full_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示
XML形式データ	7f5o_validation.xml.gz	37.3 KB	表示
CIF形式データ	7f5o_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f5nC 1l8kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cle-d 5qjq-2 5w2p-d 5tnz-d 4jpf-d 5qkb-2 5qj9-2 5qjg-2 4fif-2 4gnt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (14) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (14)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (5)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (5)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.094, 68.187, 72.683
Angle α, β, γ (deg.)	111.540, 102.659, 92.337
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2 / T-cell protein-tyrosine phosphatase / TCPTP 分子量: 35484.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN2, PTPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17706, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane (pH-7.5), 0.2 M Sodium Iodide, 20% w/v PEG 3350, 10% v/v Ethylene glycol and 0.9 mM Mitoxantrone additive

-
データ収集

回折	平均測定温度: 107 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 100918 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.98 / CC star: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.022 / Net I/σ(I): 33.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 10037 / CC_1/2: 0.92 / CC star: 0.98 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L8K

1l8k

解像度: 1.7→24.848 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / WR_factor R_free: 0.249 / WR_factor R_work: 0.2 / SU B: 2.346 / SU ML: 0.078 / Average fsc free: 0.9123 / Average fsc work: 0.9237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	4866	4.842 %
R_work	0.1989	95640	-
all	0.201	-	-
obs	-	100506	95.952 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.305 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.062 Å²	0.131 Å²	0.056 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0.022 Å²
3-	-	-	0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.848 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6955	0	6	553	7514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	7123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.666	1.648	9644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.395	1.574	15016
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.752	5	837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.269	21.939	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.42	15	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.315	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	6117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	3183
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.379	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.848	1.86	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.845	1.859	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.771	2.775	4201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.771	2.776	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.416	2.17	3751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.41	2.168	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.824	3.136	5443
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.819	3.136	5443
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.512	22.352	8147
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.421	22.181	8037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.286	322	0.245	6676	X-RAY DIFFRACTION	90.3434
1.744-1.791	0.261	347	0.233	6836	X-RAY DIFFRACTION	95.4171
1.791-1.843	0.276	338	0.223	6664	X-RAY DIFFRACTION	95.7342
1.843-1.9	0.235	352	0.208	6452	X-RAY DIFFRACTION	95.6558
1.9-1.961	0.244	293	0.216	6261	X-RAY DIFFRACTION	95.6649
1.961-2.03	0.245	286	0.206	6102	X-RAY DIFFRACTION	95.7865
2.03-2.106	0.251	311	0.206	5750	X-RAY DIFFRACTION	95.0596
2.106-2.191	0.257	315	0.208	5677	X-RAY DIFFRACTION	95.673
2.191-2.288	0.244	287	0.195	5364	X-RAY DIFFRACTION	95.9912
2.288-2.399	0.24	274	0.198	5195	X-RAY DIFFRACTION	96.1329
2.399-2.527	0.238	253	0.188	4983	X-RAY DIFFRACTION	96.6587
2.527-2.679	0.225	220	0.189	4726	X-RAY DIFFRACTION	96.9614
2.679-2.861	0.231	237	0.194	4443	X-RAY DIFFRACTION	97.3985
2.861-3.087	0.228	217	0.192	4160	X-RAY DIFFRACTION	97.9195
3.087-3.377	0.224	180	0.194	3870	X-RAY DIFFRACTION	98.3487
3.377-3.767	0.236	163	0.194	3525	X-RAY DIFFRACTION	98.821
3.767-4.333	0.232	162	0.174	3103	X-RAY DIFFRACTION	98.8795
4.333-5.267	0.23	143	0.168	2618	X-RAY DIFFRACTION	98.5016
5.267-7.289	0.246	108	0.217	2053	X-RAY DIFFRACTION	98.4062
7.289-24.84	0.255	57	0.212	1174	X-RAY DIFFRACTION	95.2049

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関連情報:EMDBヘッダ

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