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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f3x | |||||||||
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タイトル | Lysophospholipid acyltransferase LPCAT3 in complex with lysophosphatidylcholine | |||||||||
要素 | LPCAT3 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / phospholipid remodeling / LPCAT3 / membrane-bound O-acyltransferase / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / lysophospholipid acyltransferase activity / 1-acylglycerophosphocholine O-acyltransferase activity / lipid modification / phosphatidylcholine biosynthetic process / acyltransferase activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Q. / Yao, D. / Rao, B. / Li, S. / Jian, L. / Chen, Y. / Hu, K. / Xia, Y. / Shen, Y. / Cao, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: The structural basis for the phospholipid remodeling by lysophosphatidylcholine acyltransferase 3. 著者: Qing Zhang / Deqiang Yao / Bing Rao / Liyan Jian / Yang Chen / Kexin Hu / Ying Xia / Shaobai Li / Yafeng Shen / An Qin / Jie Zhao / Lu Zhou / Ming Lei / Xian-Cheng Jiang / Yu Cao / 要旨: As the major component of cell membranes, phosphatidylcholine (PC) is synthesized de novo in the Kennedy pathway and then undergoes extensive deacylation-reacylation remodeling via Lands' cycle. The ...As the major component of cell membranes, phosphatidylcholine (PC) is synthesized de novo in the Kennedy pathway and then undergoes extensive deacylation-reacylation remodeling via Lands' cycle. The re-acylation is catalyzed by lysophosphatidylcholine acyltransferase (LPCAT) and among the four LPCAT members in human, the LPCAT3 preferentially introduces polyunsaturated acyl onto the sn-2 position of lysophosphatidylcholine, thereby modulating the membrane fluidity and membrane protein functions therein. Combining the x-ray crystallography and the cryo-electron microscopy, we determined the structures of LPCAT3 in apo-, acyl donor-bound, and acyl receptor-bound states. A reaction chamber was revealed in the LPCAT3 structure where the lysophosphatidylcholine and arachidonoyl-CoA were positioned in two tunnels connected near to the catalytic center. A side pocket was found expanding the tunnel for the arachidonoyl CoA and holding the main body of arachidonoyl. The structural and functional analysis provides the basis for the re-acylation of lysophosphatidylcholine and the substrate preference during the reactions. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f3x.cif.gz | 170.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f3x.ent.gz | 135.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f3x_validation.pdf.gz | 862.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f3x_full_validation.pdf.gz | 892.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f3x_validation.xml.gz | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f3x_validation.cif.gz | 44.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f3x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57265.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LPCAT3 / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1L1RNG8 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lysophospholipid acyltransferase 5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223896 / 対称性のタイプ: POINT |