PDB-7f3o: Crystal structure of the GluA2o LBD in complex with glutamate and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f3o

タイトル

Crystal structure of the GluA2o LBD in complex with glutamate and TAK-653

要素

Glutamate receptor 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / AMPA RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN / ALLOSTERIC MODULATION COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / excitatory synapse / asymmetric synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Sogabe, S. / Igaki, S. / Hirokawa, A. / Zama, Y. / Lane, W. / Snell, G.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Strictly regulated agonist-dependent activation of AMPA-R is the key characteristic of TAK-653 for robust synaptic responses and cognitive improvement.
著者: Suzuki, A. / Kunugi, A. / Tajima, Y. / Suzuki, N. / Suzuki, M. / Toyofuku, M. / Kuno, H. / Sogabe, S. / Kosugi, Y. / Awasaki, Y. / Kaku, T. / Kimura, H.

履歴

登録	2021年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f3o.cif.gz	644.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f3o.ent.gz	531.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ftjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7f3o-3 5zg0-3 3o29-1 5zg3-2 5zg3-3 3bfu-3 4o3c-1 3bfu-1 3bbr-d 5ybg-3 4u21-d 3pd8-2 5zg0-2 4z0i-2 4iy6-1 2al5-d 6gl4-2 2xxi-2 3h6w-1 7f3o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (10) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (2) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (10)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
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カルモジュリン (Calmodulin)
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
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炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
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モネリン (Monellin)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2

C: Glutamate receptor 2

D: Glutamate receptor 2

E: Glutamate receptor 2

F: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

179 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glutamate receptor 2

D: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glutamate receptor 2

F: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	114.313, 163.508, 47.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	CYS	CYS	A	A	412 - 794	2 - 261
2	1	SER	SER	CYS	CYS	B	B	412 - 794	2 - 261
1	2	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	411 - 795	1 - 262
2	2	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	411 - 795	1 - 262
1	3	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	411 - 795	1 - 262
2	3	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	411 - 795	1 - 262
1	4	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	411 - 795	1 - 262
2	4	GLY	GLY	GLY	GLY	E	E	411 - 795	1 - 262
1	5	SER	SER	CYS	CYS	A	A	412 - 794	2 - 261
2	5	SER	SER	CYS	CYS	F	F	412 - 794	2 - 261
1	6	SER	SER	CYS	CYS	B	B	412 - 794	2 - 261
2	6	SER	SER	CYS	CYS	C	C	412 - 794	2 - 261
1	7	SER	SER	CYS	CYS	B	B	412 - 794	2 - 261
2	7	SER	SER	CYS	CYS	D	D	412 - 794	2 - 261
1	8	SER	SER	CYS	CYS	B	B	412 - 794	2 - 261
2	8	SER	SER	CYS	CYS	E	E	412 - 794	2 - 261
1	9	SER	SER	GLY	GLY	B	B	412 - 795	2 - 262
2	9	SER	SER	GLY	GLY	F	F	412 - 795	2 - 262
1	10	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	411 - 795	1 - 262
2	10	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	411 - 795	1 - 262
1	11	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	411 - 795	1 - 262
2	11	GLY	GLY	GLY	GLY	E	E	411 - 795	1 - 262
1	12	SER	SER	CYS	CYS	C	C	412 - 794	2 - 261
2	12	SER	SER	CYS	CYS	F	F	412 - 794	2 - 261
1	13	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	411 - 795	1 - 262
2	13	GLY	GLY	GLY	GLY	E	E	411 - 795	1 - 262
1	14	SER	SER	CYS	CYS	D	D	412 - 794	2 - 261
2	14	SER	SER	CYS	CYS	F	F	412 - 794	2 - 261
1	15	SER	SER	CYS	CYS	E	E	412 - 794	2 - 261
2	15	SER	SER	CYS	CYS	F	F	412 - 794	2 - 261

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2 分子量: 29337.830 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 413-527, 653-796 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIA2, GLUR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42262

#1: タンパク質

Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...

分子量: 29337.830 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 413-527, 653-796 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIA2, GLUR2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42262

-
非ポリマー , 6種, 1360分子

#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-0YK / 7-(4-cyclohexyloxyphenyl)-9-methyl-4$l^{6}-thia-1$l^{4},5,8-triazabicyclo[4.4.0]deca-1(10),6,8-triene 4,4-dioxide 分子量: 373.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 15% PEG 3350, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M ZINC ACETATE,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 304104 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 1.44→1.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 14115 / R_sym value: 0.867 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FTJ

1ftj

解像度: 1.44→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 2.487 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21381	15331	5 %	RANDOM
R_work	0.19386	-	-	-
obs	0.19486	288550	97.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.633 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	-0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.44→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12274	0	176	1335	13785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	12880
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.815	1.656	17353
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.234	5	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.452	22.633	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.492	15	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.313	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	9489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.778	1.198	6354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.455	1.795	7931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.204	1.536	6526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.269	17.95	20097
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8369	0.09
1	2	B	8369	0.09
2	1	A	8305	0.1
2	2	C	8305	0.1
3	1	A	8309	0.1
3	2	D	8309	0.1
4	1	A	8599	0.06
4	2	E	8599	0.06
5	1	A	8357	0.1
5	2	F	8357	0.1
6	1	B	8285	0.09
6	2	C	8285	0.09
7	1	B	8291	0.09
7	2	D	8291	0.09
8	1	B	8302	0.09
8	2	E	8302	0.09
9	1	B	8479	0.07
9	2	F	8479	0.07
10	1	C	8681	0.06
10	2	D	8681	0.06
11	1	C	8342	0.1
11	2	E	8342	0.1
12	1	C	8394	0.09
12	2	F	8394	0.09
13	1	D	8379	0.1
13	2	E	8379	0.1
14	1	D	8422	0.09
14	2	F	8422	0.09
15	1	E	8388	0.09
15	2	F	8388	0.09

LS精密化シェル

解像度: 1.441→1.478 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	1033	-
R_work	0.295	20157	-
obs	-	-	92.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9685	0.2037	-0.1119	0.4912	0.0494	0.6765	0.004	0.0666	-0.0265	-0.0544	-0.0056	-0.0188	0.0523	-0.0199	0.0016	0.0867	0.0326	-0.0083	0.0663	-0.006	0.0812	32.982	-55.538	18.145
2	0.4575	-0.3636	-0.0021	0.7445	0.0036	0.6907	-0.011	0.0025	0.0004	-0.0372	-0.0103	-0.0012	0.0005	-0.0011	0.0213	0.0064	-0.009	0.0017	0.0694	-0	0.0176	28.586	0.029	28.553
3	0.9584	0.2049	0.1193	0.4845	-0.0436	0.6915	0.0051	0.067	0.0271	-0.0612	-0.0054	0.0233	-0.0525	0.012	0.0003	0.0887	0.0318	0.0146	0.0671	0.0088	0.0864	24.183	55.59	18.156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	411 - 795
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	801
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	412 - 795
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	801
5	X-RAY DIFFRACTION	2	C	411 - 795
6	X-RAY DIFFRACTION	2	C	802
7	X-RAY DIFFRACTION	2	D	411 - 795
8	X-RAY DIFFRACTION	2	D	801
9	X-RAY DIFFRACTION	3	E	411 - 795
10	X-RAY DIFFRACTION	3	E	801
11	X-RAY DIFFRACTION	3	F	412 - 795
12	X-RAY DIFFRACTION	3	F	801

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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