PDB-7f39: The structure of flavin transferase FmnB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f39

タイトル

The structure of flavin transferase FmnB

要素

FAD:protein FMN transferase

キーワード

TRANSFERASE / FMN transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD:protein FMN transferase / transferase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serotype 1/2a

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.888 Å

データ登録者

Cheng, W. / Zheng, Y.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: MedComm (2020) / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the catalytic and inhibitory mechanisms of the flavin transferase FmnB in Listeria monocytogenes.
著者: Zheng, Y. / Yan, W. / Dou, C. / Zhou, D. / Chen, Y. / Jin, Y. / Yang, L. / Zeng, X. / Cheng, W.

履歴

登録	2021年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f39.cif.gz	234.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f39.ent.gz	184.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7esaC 7esbC 7escC 7f2uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7esa-d 7esb-d 7esc-d 1hsk-d 7f2u-2 1vly-d 5aek-1 7f2u-1 4a61-d 5jp6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FAD:protein FMN transferase

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.913, 66.768, 87.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FAD:protein FMN transferase / Flavin transferase 分子量: 37713.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403S) (バクテリア) 遺伝子: LMRG_02181 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3GJF7, FAD:protein FMN transferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M sodium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.888→36.592 Å / Num. obs: 31577 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 418.2
反射シェル	解像度: 1.89→1.958 Å / Num. unique obs: 3102 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.17	精密化
xia2	0.7.7	データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.888→36.592 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 6.541 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2242	1609	5.095 %
R_work	0.191	29968	-
all	0.193	-	-
obs	-	31577	99.64 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.727 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.447 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.888→36.592 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2498	0	0	260	2758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.869	1.643	3428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.462	1.594	5607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.762	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.8	25.789	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.495	15	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.489	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.069	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.731	2.109	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.729	2.108	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.578	3.153	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.578	3.155	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.826	2.493	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.825	2.495	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.432	3.577	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.431	3.579	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.346	41.954	10992
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.21	41.347	10794

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.888-1.937	0.28	114	0.27	2152	0.271	2294	0.822	0.825	98.7794	0.251
1.937-1.99	0.27	115	0.227	2134	0.229	2253	0.891	0.877	99.8225	0.205
1.99-2.047	0.247	122	0.22	2047	0.221	2171	0.881	0.893	99.9079	0.195
2.047-2.11	0.232	87	0.186	2041	0.188	2130	0.921	0.927	99.9061	0.164
2.11-2.179	0.235	104	0.171	1958	0.174	2062	0.932	0.945	100	0.152
2.179-2.255	0.208	99	0.188	1897	0.189	1996	0.941	0.93	100	0.169
2.255-2.34	0.252	93	0.184	1835	0.187	1929	0.909	0.937	99.9482	0.167
2.34-2.435	0.186	101	0.174	1755	0.175	1860	0.952	0.948	99.7849	0.158
2.435-2.543	0.227	74	0.175	1712	0.177	1793	0.93	0.946	99.6096	0.161
2.543-2.666	0.205	87	0.172	1619	0.174	1706	0.937	0.95	100	0.163
2.666-2.81	0.22	75	0.167	1554	0.169	1630	0.942	0.96	99.9387	0.161
2.81-2.979	0.211	66	0.176	1488	0.177	1554	0.946	0.955	100	0.174
2.979-3.183	0.227	90	0.186	1363	0.189	1458	0.946	0.952	99.6571	0.187
3.183-3.436	0.248	100	0.199	1254	0.203	1370	0.933	0.946	98.8321	0.206
3.436-3.761	0.214	65	0.186	1203	0.187	1269	0.947	0.962	99.9212	0.198
3.761-4.199	0.171	52	0.178	1099	0.178	1151	0.967	0.966	100	0.196
4.199-4.838	0.167	55	0.159	949	0.16	1025	0.973	0.973	97.9512	0.184
4.838-5.9	0.254	43	0.218	843	0.22	888	0.951	0.957	99.7748	0.255
5.9-8.237	0.312	42	0.251	663	0.255	706	0.924	0.934	99.8584	0.29
8.237-36.592	0.27	25	0.247	402	0.249	441	0.938	0.95	96.8254	0.315

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 27.3882 Å / Origin y: 16.6269 Å / Origin z: 26.5254 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0364 Å²	-0.0043 Å²	0.0065 Å²	-	0.0079 Å²	0.0048 Å²	-	-	0.0135 Å²
L	0.956 °²	-0.329 °²	-0.0142 °²	-	1.118 °²	-0.4545 °²	-	-	1.19 °²
S	0.0484 Å °	0.0468 Å °	0.0796 Å °	0.004 Å °	0.0412 Å °	0.0208 Å °	-0.0107 Å °	-0.0045 Å °	-0.0896 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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