PDB-7esc: FmnB complexed with AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7esc

タイトル

FmnB complexed with AMP

要素

FAD:protein FMN transferase

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / AMP / FMN transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD:protein FMN transferase / transferase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serotype 1/2a

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Cheng, W. / Zheng, Y.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: MedComm (2020) / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the catalytic and inhibitory mechanisms of the flavin transferase FmnB in Listeria monocytogenes.
著者: Zheng, Y. / Yan, W. / Dou, C. / Zhou, D. / Chen, Y. / Jin, Y. / Yang, L. / Zeng, X. / Cheng, W.

履歴

登録	2021年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7esc.cif.gz	245.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7esc.ent.gz	191 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7esc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7esaSC 7esbC 7f2uC 7f39C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7esb-d 7esa-d 3r2d-2 7f39-d 3w32-d 4p7o-2 3wca-4 7f2u-2 3mib-d 3wce-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.875, 67.872, 97.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FAD:protein FMN transferase / Flavin transferase 分子量: 37713.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403S) (バクテリア) 遺伝子: LMRG_02181 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3GJF7, FAD:protein FMN transferase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→39.46 Å / Num. obs: 16541 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.0447 / Net I/σ(I): 16.63
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 1618 / CC_1/2: 0.693

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2	0.7.7	データ削減
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ESA

7esa

解像度: 2.201→39.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 24.866 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.26 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	847	5.122 %
R_work	0.2447	15688	-
all	0.247	-	-
obs	-	16535	99.453 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.749 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.228 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.122 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.106 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→39.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2510	0	24	125	2659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.644	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.405	1.595	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.046	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.946	25.826	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.54	15	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.134	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.251	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.213	3.49	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.213	3.488	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.396	5.228	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.395	5.23	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.865	3.755	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.865	3.755	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.465	5.535	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.464	5.534	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.331	67.033	10918
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.318	66.809	10855

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.201-2.258	0.555	54	0.576	1133	X-RAY DIFFRACTION	98.9992
2.258-2.32	0.445	56	0.389	1117	X-RAY DIFFRACTION	99.5755
2.32-2.387	0.345	44	0.315	1084	X-RAY DIFFRACTION	99.1213
2.387-2.46	0.296	48	0.293	1046	X-RAY DIFFRACTION	99.0045
2.46-2.541	0.415	57	0.284	1023	X-RAY DIFFRACTION	99.5392
2.541-2.63	0.308	44	0.278	999	X-RAY DIFFRACTION	99.3333
2.63-2.729	0.317	42	0.281	957	X-RAY DIFFRACTION	99.6012
2.729-2.841	0.265	55	0.244	923	X-RAY DIFFRACTION	99.1886
2.841-2.967	0.343	48	0.266	886	X-RAY DIFFRACTION	99.893
2.967-3.111	0.333	63	0.245	834	X-RAY DIFFRACTION	99.6667
3.111-3.28	0.289	39	0.26	812	X-RAY DIFFRACTION	99.6487
3.28-3.478	0.348	38	0.26	780	X-RAY DIFFRACTION	99.3925
3.478-3.718	0.3	56	0.233	705	X-RAY DIFFRACTION	99.8688
3.718-4.016	0.237	39	0.229	690	X-RAY DIFFRACTION	99.7264
4.016-4.398	0.287	35	0.193	624	X-RAY DIFFRACTION	99.6974
4.398-4.916	0.229	29	0.164	584	X-RAY DIFFRACTION	99.8371
4.916-5.674	0.188	33	0.201	500	X-RAY DIFFRACTION	99.8127
5.674-6.943	0.252	26	0.214	444	X-RAY DIFFRACTION	100
6.943-9.794	0.262	29	0.167	344	X-RAY DIFFRACTION	99.2021

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.042 Å / Origin y: -1.2177 Å / Origin z: 16.639 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0454 Å²	-0.0164 Å²	0.0175 Å²	-	0.2653 Å²	-0.0399 Å²	-	-	0.0229 Å²
L	1.4483 °²	0.7751 °²	0.1963 °²	-	2.2489 °²	-0.4144 °²	-	-	1.4406 °²
S	-0.1223 Å °	-0.1039 Å °	-0.0303 Å °	-0.2127 Å °	0.2618 Å °	0.0031 Å °	-0.1461 Å °	-0.072 Å °	-0.1395 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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