+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f37 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of AtaT2-AtaR2 complex | |||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Acetyltransferase / TOXIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | : / : 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.896 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Yashiro, Y. / Tomita, K. | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Molecular basis of glycyl-tRNAGly acetylation by TacT from Salmonella Typhimurium 著者: Yashiro, Y. / Zhang, C. / Sakaguchi, Y. / Suzuki, T. / Tomita, K. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f37.cif.gz | 138.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7f37.ent.gz | 108.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f37.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f37_validation.pdf.gz | 478.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7f37_full_validation.pdf.gz | 501.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f37_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f37_validation.cif.gz | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f37 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18741.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) 遺伝子: Z4777, CQJ22_000873, E3157_02175, E3158_02185, E5F07_24590, FDZ86_02175 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U8MJD7 #2: タンパク質 | 分子量: 10433.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) 遺伝子: CQJ22_000874, E3157_02180, E3158_02190, E3175_02180, E5F07_24585, FDZ86_02180 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U8MLT5 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium formate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.896→46.12 Å / Num. obs: 17558 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1708 / CC1/2: 0.76 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5fvj 解像度: 2.896→45.375 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.3 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The reflection data set was anisotropically truncated and corrected using UCLA-DOE LAB Diffraction Anisotropy Server, and used for the refinement. Also, PDB extract was run using the ...詳細: The reflection data set was anisotropically truncated and corrected using UCLA-DOE LAB Diffraction Anisotropy Server, and used for the refinement. Also, PDB extract was run using the anisotropically processed structure factor (.mtz) file.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.73 Å2 / Biso mean: 37.6895 Å2 / Biso min: 3.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.896→45.375 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|