PDB-7f2v: Urate oxidase from Thermobispora bispora in apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f2v

タイトル

Urate oxidase from Thermobispora bispora in apo form

要素

Uricase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / uricase / urate oxidase

機能・相同性

factor-independent urate hydroxylase / Uricase / Uricase / urate oxidase activity / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / Uricase

機能・相同性情報

生物種

Thermobispora bispora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chiu, Y.C. / Hsu, T.S. / Huang, C.Y. / Hsu, C.H.

資金援助

台湾, 4件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	109-2113-M- 002-003	台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	109-2628-B-002-037	台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	108-2113-M-002-011	台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	108-2628-B-002-013	台湾

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical insights into a hyperthermostable urate oxidase from Thermobispora bispora for hyperuricemia and gout therapy.
著者: Chiu, Y.C. / Hsu, T.S. / Huang, C.Y. / Hsu, C.H.

履歴

登録	2021年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f2v.cif.gz	261.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f2v.ent.gz	209.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7f2v_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f2v_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	7f2v_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	7f2v_validation.cif.gz	47.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7f2wC 6oe8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Uricase

B: Uricase

ヘテロ分子

68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uricase

B: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

B: Uricase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.466, 78.051, 65.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.350, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Uricase / Urate oxidase 分子量: 34140.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobispora bispora (strain ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51) (バクテリア) 株: ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51 遺伝子: Tbis_2592 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D6Y599, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris, lithium sulfate monohydrate, PEG3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→24.18 Å / Num. obs: 81042 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 12.72 Å² / CC_1/2: 0.935 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.65 Å / Num. unique obs: 7321 / CC_1/2: 0.735

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OE8

6oe8

解像度: 1.6→24.18 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	1915	2.49 %
R_work	0.1671	74873	-
obs	0.1679	76788	93.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.25 Å² / B_iso mean: 17.3847 Å² / B_iso min: 4.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→24.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4770	0	18	807	5595
B_iso mean	-	-	29.8	29.1	-
残基数	-	-	-	-	600

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2597	109	0.2302	4133	4242	72
1.64-1.68	0.2762	127	0.2186	4773	4900	84
1.68-1.73	0.2226	122	0.2036	5082	5204	89
1.73-1.79	0.2216	144	0.1905	5135	5279	91
1.79-1.85	0.2325	127	0.1896	5261	5388	92
1.85-1.93	0.236	140	0.1859	5400	5540	94
1.93-2.01	0.2327	141	0.1744	5427	5568	95
2.01-2.12	0.1998	136	0.1647	5597	5733	97
2.12-2.25	0.1928	142	0.1611	5565	5707	98
2.25-2.43	0.1756	147	0.1654	5583	5730	98
2.43-2.67	0.2098	138	0.1703	5638	5776	99
2.67-3.06	0.2113	141	0.1731	5716	5857	99
3.06-3.85	0.1722	151	0.1497	5752	5903	100
3.85-24.18	0.1619	150	0.1438	5811	5961	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0173	0.0147	-0.0008	0.0161	0.012	0.0208	-0.0144	-0.0102	0.0017	0.0787	0.025	-0.0107	0.0131	0.0478	0.0153	0.1055	0.0194	-0.0319	0.1297	0.0064	0.0618	17.1032	-50.5452	20.1405
2	0.0164	-0.013	0.0059	0.024	-0.0116	0.0118	-0.029	-0.0636	-0.0621	0.0508	0.0251	0.017	0.0544	-0.0176	-0.0039	0.1002	-0.0156	0.0111	0.0719	0.013	0.0553	-8.0614	-56.4337	18.4635
3	0.0058	0.0044	0.0033	-0.002	-0.0027	0.002	-0.0036	-0.0148	-0.0296	0.0526	0.0053	0.0368	0.0779	-0.017	-0.001	0.1345	0.0216	-0.0084	0.0966	0.0086	0.0511	3.8553	-58.9207	23.0616
4	0.0256	-0.0164	-0.0108	0.0319	0.0029	0.0454	-0.0113	-0.0429	0.0009	0.0851	0.0179	-0.0267	0.0801	0.0524	-0.0206	0.0971	0.0015	-0.0116	0.0954	-0.0064	0.0823	8.1192	-48.8675	17.0722
5	0.0032	-0.0085	-0.0031	0.0044	0.0053	0.0059	-0.0419	-0.0444	-0.0367	0.0118	-0.0252	-0.0097	0.0463	0.0284	-0.0054	0.0861	0.0103	-0.0298	0.1109	-0.0216	0.0687	15.7572	-37.5989	17.6913
6	0.0513	-0.0416	-0.0299	0.032	0.0313	0.0197	-0.0516	0.0413	-0.0758	0.002	-0.0358	0.0093	0.0227	-0.0132	-0.0041	0.1441	-0.0105	-0.0002	0.0741	0.0046	0.0769	-1.9452	-65.1549	7.7711
7	0.1169	0.0463	0.0217	0.0923	0.0492	0.0536	0.017	-0.0869	0.1391	0.0543	0.0555	-0.0017	-0.0444	0.1083	0.0458	0.0602	-0.0154	-0.0017	0.0608	-0.013	0.0894	14.3981	-22.787	10.5819
8	0.0093	0.0032	-0.0008	0.0202	0.0009	0.0159	0.0054	-0.1035	0.0975	0.0543	0.0704	-0.0328	-0.0326	0.0296	0.0352	0.0776	-0.0036	-0.013	0.0921	-0.0274	0.0832	13.8918	-20.8764	17.0682
9	0.0253	-0.0014	-0.0046	0.0067	0.0055	0.0051	-0.0129	-0.0503	0.0202	0.0591	-0.0297	0.0131	0.0124	-0.0476	-0.0081	0.1283	-0.0053	0.0243	0.12	0.012	0.0564	-1.4328	-42.3111	27.4902
10	0.0188	-0.0352	-0.0574	0.0205	0.0427	0.0485	0.011	-0.0753	0.0772	-0.0155	0.0372	0.063	-0.014	-0.0053	0.0745	0.0845	-0.0306	-0.004	0.0563	-0.0266	0.0949	3.1276	-19.0514	16.2506
11	0.015	-0.0014	-0.0136	0.0047	-0.0006	0.025	-0.0233	0.1064	0.036	0.0426	0.0376	0.0667	0.0565	-0.0557	0.0111	0.0102	-0.0094	-0.0028	0.1406	0.0177	0.0869	-26.413	-26.54	-1.2114
12	0.0555	-0.0277	-0.0375	0.0296	-0.0053	0.0341	0.0188	-0.0332	0.0471	0.0538	0.0195	0.0224	-0.0546	-0.041	0.0352	0.0706	0.0052	0.0137	0.0692	-0.0063	0.1008	-13.2808	-19.9145	15.5097
13	0.0312	0.0173	-0.0308	0.026	-0.023	0.0195	0.0358	0.0177	0.0309	0.0277	0.0155	0.0371	0.0033	-0.0588	0.0296	0.065	-0.0183	-0.0045	0.0841	-0.0046	0.0942	-18.4698	-28.2956	4.1076
14	0.007	0.0059	-0.0092	0.0119	0.0045	0.0392	-0.0022	0.0083	-0.0088	-0.0344	-0.0259	0.0291	-0.0347	-0.0808	-0.0366	0.0439	-0.0325	0.0067	0.0986	-0.0018	0.0997	-23.6063	-39.5458	-1.5363
15	-0.0004	0.0002	0.0057	0.0248	-0.0394	0.0298	0.0237	0.0234	-0.0124	-0.0232	-0.0748	-0.0246	-0.1044	0.0498	-0.0032	0.0684	-0.0023	0.01	0.0518	-0.0129	0.1052	-4.9455	-12.0063	6.3125
16	0.0736	0.0469	-0.0221	0.0468	0.0322	0.0552	0.0012	0.0154	-0.0357	0.037	0.0289	0.0224	0.1312	-0.0751	0.0759	0.1031	-0.013	-0.0095	0.0686	-0.0155	0.0774	-17.2171	-54.3245	-4.8993
17	0.0085	-0.0091	-0.0007	0.0061	0.0037	0.0038	0.0368	-0.0669	-0.0216	-0.0167	0.024	0.0518	0.0179	-0.0274	0.0022	0.0837	-0.0292	-0.0056	0.1147	0.0035	0.0992	-24.969	-51.3167	-1.1268
18	0.072	0.032	0.0082	0.0312	0.0116	0.0529	0.004	-0.0479	-0.0358	0.0489	0.0114	0.0039	0.0482	-0.0335	0.0229	0.1043	-0.0158	0.0215	0.086	-0.0021	0.0912	-20.3134	-50.3465	6.6992
19	0.0197	-0.0075	-0.0084	0.0212	-0.009	0.0108	-0.0328	-0.0928	-0.0246	0.0969	0.0633	-0.0176	0.101	-0.0245	-0.0011	0.1103	-0.0399	-0.0039	0.0458	-0.0117	0.0794	-14.6812	-58.0411	7.4951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 151 through 180 )	B	151 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 181 through 215 )	B	181 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 216 through 235 )	B	216 - 235
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 236 through 259 )	B	236 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 260 through 275 )	B	260 - 275
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 276 through 301 )	B	276 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 2 through 56 )	A	2 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 57 through 103 )	A	57 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 104 through 119 )	A	104 - 119
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 120 through 150 )	A	120 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 151 through 180 )	A	151 - 180
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 181 through 235 )	A	181 - 235
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 236 through 259 )	A	236 - 259
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 260 through 275 )	A	260 - 275
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 276 through 301 )	A	276 - 301
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 2 through 56 )	B	2 - 56
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 57 through 75 )	B	57 - 75
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 76 through 119 )	B	76 - 119
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 120 through 150 )	B	120 - 150

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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