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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f2w | |||||||||||||||
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Title | TbUox in complex with uric acid | |||||||||||||||
![]() | Uricase | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / uricase / urate oxidase | |||||||||||||||
Function / homology | factor-independent urate hydroxylase / Uricase / Uricase / urate oxidase activity / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / URIC ACID / Uricase![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Chiu, Y.C. / Hsu, T.S. / Huang, C.Y. / Hsu, C.H. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and biochemical insights into a hyperthermostable urate oxidase from Thermobispora bispora for hyperuricemia and gout therapy. Authors: Chiu, Y.C. / Hsu, T.S. / Huang, C.Y. / Hsu, C.H. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 256.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 205.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 918.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 920.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7f2vC ![]() 6oe8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 34140.188 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51 Gene: Tbis_2592 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: D6Y599, factor-independent urate hydroxylase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 54.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: sodium cacodylate trihydrate, magnesium acetate tetrahydrate, PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 19, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.16→28.58 Å / Num. obs: 38278 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 29.44 Å2 / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 92.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.16→2.23 Å / Num. unique obs: 3502 / CC1/2: 0.907 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6OE8 Resolution: 2.16→28.58 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.67 Å2 / Biso mean: 31.6064 Å2 / Biso min: 12.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.16→28.58 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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