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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f2v | |||||||||||||||
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Title | Urate oxidase from Thermobispora bispora in apo form | |||||||||||||||
![]() | Uricase | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / uricase / urate oxidase | |||||||||||||||
Function / homology | urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / Uricase / Uricase / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / Uricase![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Chiu, Y.C. / Hsu, T.S. / Huang, C.Y. / Hsu, C.H. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and biochemical insights into a hyperthermostable urate oxidase from Thermobispora bispora for hyperuricemia and gout therapy. Authors: Chiu, Y.C. / Hsu, T.S. / Huang, C.Y. / Hsu, C.H. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 261.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 209.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7f2wC ![]() 6oe8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34140.188 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51 Gene: Tbis_2592 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: D6Y599, factor-independent urate hydroxylase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Bis-Tris, lithium sulfate monohydrate, PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99984 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→24.18 Å / Num. obs: 81042 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 12.72 Å2 / CC1/2: 0.935 / Net I/σ(I): 5.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.65 Å / Num. unique obs: 7321 / CC1/2: 0.735 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6OE8 Resolution: 1.6→24.18 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 19.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.25 Å2 / Biso mean: 17.3847 Å2 / Biso min: 4.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→24.18 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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