PDB-7f0k: Crystal structure of Kmp11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f0k

タイトル

Crystal structure of Kmp11

要素

Kinetoplastid membrane protein KMP-11

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Kmp11 / kinetoplastid / membrane BINDING PROTEIN

機能・相同性

Kinetoplastid membrane protein 11 / Kinetoplastid membrane protein 11 / defense response / microtubule / positive regulation of cell population proliferation / cytoplasm / Kinetoplastid membrane protein KMP-11

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Mo, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural insight into dynamic characteristic of the polymerized forms of kinetoplastid membrane protein-11
著者: Mo, X.

履歴

登録	2021年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f0k.cif.gz	51.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f0k.ent.gz	33.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f0k_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f0k_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	7f0k_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	7f0k_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wthC 8wtkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hj0-1 3r84-4 6i5a-d 3r84-6 5j6p-1 3r84-5 1r8i-d 5hj0-2 1ez3-3 6r7m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinetoplastid membrane protein KMP-11

B: Kinetoplastid membrane protein KMP-11

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, ~Dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.899, 38.544, 142.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and resid 4 through 80)	A	4 - 21
1	2	1	(chain 'A' and resid 4 through 80)	A	24 - 42
1	3	1	(chain 'A' and resid 4 through 80)	A	45 - 52
1	4	1	(chain 'A' and resid 4 through 80)	A	55 - 64
1	5	1	(chain 'A' and resid 4 through 80)	A	67 - 79
2	6	1	chain 'B'	B	4 - 21
2	7	1	chain 'B'	B	24 - 42
2	8	1	chain 'B'	B	45 - 52
2	9	1	chain 'B'	B	55 - 64
2	10	1	chain 'B'	B	67 - 79

#1: タンパク質	Kinetoplastid membrane protein KMP-11 分子量: 11333.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei gambiense (strain MHOM/CI/86/DAL972) (トリパノソーマ) 株: MHOM/CI/86/DAL972 遺伝子: TbgDal_IX8640, TbgDal_IX8650, TbgDal_IX8660, TbgDal_IX8670 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9ZZD9
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate, Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 2583 / % possible obs: 99.16 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 47.8 Å² / CC_1/2: 0.8 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 3.5→3.625 Å / Num. unique obs: 236 / CC_1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX	1.14_3260	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.5→31.32 Å / SU ML: 0.4629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2984	128	4.96 %
R_work	0.2574	2453	-
obs	0.2594	2581	96.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→31.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1394	0	0	0	1394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	1424
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3341	1888
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0273	181
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	249
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.1653	171

LS精密化シェル

最高解像度: 3.5 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2984	128	-
R_work	0.2574	2453	-
obs	-	-	96.52 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)