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万見
- PDB-7f0k: Crystal structure of Kmp11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f0k
タイトルCrystal structure of Kmp11
要素Kinetoplastid membrane protein KMP-11
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Kmp11 / kinetoplastid / membrane BINDING PROTEIN
機能・相同性Kinetoplastid membrane protein 11 / Kinetoplastid membrane protein 11 / defense response / microtubule / positive regulation of cell population proliferation / cytoplasm / Kinetoplastid membrane protein KMP-11
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Mo, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071476 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural insight into dynamic characteristic of the polymerized forms of kinetoplastid membrane protein-11
著者: Mo, X.
履歴
登録2021年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetoplastid membrane protein KMP-11
B: Kinetoplastid membrane protein KMP-11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6662
ポリマ－22,6662
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, ~Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.899, 38.544, 142.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYS(chain 'A' and resid 4 through 80)AA4 - 214 - 21
12GLUGLUPROPRO(chain 'A' and resid 4 through 80)AA24 - 4224 - 42
13LYSLYSGLUGLU(chain 'A' and resid 4 through 80)AA45 - 5245 - 52
14ILEILELYSLYS(chain 'A' and resid 4 through 80)AA55 - 6455 - 64
15ARGARGGLUGLU(chain 'A' and resid 4 through 80)AA67 - 7967 - 79
26THRTHRLYSLYSchain 'B'BB4 - 214 - 21
27GLUGLUPROPROchain 'B'BB24 - 4224 - 42
28LYSLYSGLUGLUchain 'B'BB45 - 5245 - 52
29ILEILELYSLYSchain 'B'BB55 - 6455 - 64
210ARGARGGLUGLUchain 'B'BB67 - 7967 - 79

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要素

#1: タンパク質 Kinetoplastid membrane protein KMP-11


分子量: 11333.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei gambiense (strain MHOM/CI/86/DAL972) (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972
遺伝子: TbgDal_IX8640, TbgDal_IX8650, TbgDal_IX8660, TbgDal_IX8670
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9ZZD9
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate, Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 2583 / % possible obs: 99.16 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 47.8 Å2 / CC1/2: 0.8 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3.5→3.625 Å / Num. unique obs: 236 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.5→31.32 Å / SU ML: 0.4629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2984 128 4.96 %
Rwork0.2574 2453 -
obs0.2594 2581 96.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→31.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1394 0 0 0 1394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00151424
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.33411888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0273181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1653171
LS精密化 シェル最高解像度: 3.5 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2984 128 -
Rwork0.2574 2453 -
obs--96.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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