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- PDB-7exe: Crystal structure of mouse 14-3-3zeta in complex with doubly phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7exe
タイトルCrystal structure of mouse 14-3-3zeta in complex with doubly phosphorylated ADAM22 peptide
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / GP1b-IX-V activation signalling / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Schwann cell differentiation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex ...NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / GP1b-IX-V activation signalling / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Schwann cell differentiation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / LGI-ADAM interactions / postsynaptic specialization / Rap1 signalling / synaptic target recognition / Golgi reassembly / regulation of programmed cell death / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / establishment of Golgi localization / myelination in peripheral nervous system / histamine secretion by mast cell / respiratory system process / axon initial segment / tube formation / regulation of synapse maturation / gliogenesis / negative regulation of protein localization to nucleus / protein targeting to mitochondrion / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / cell leading edge / phosphoserine residue binding / protein targeting / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to glucose starvation / positive regulation of protein localization / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / adult locomotory behavior / lung development / postsynaptic density membrane / metalloendopeptidase activity / intracellular protein localization / melanosome / angiogenesis / DNA-binding transcription factor binding / transmembrane transporter binding / protein phosphorylation / protein domain specific binding / response to xenobiotic stimulus / axon / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin ...ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein zeta/delta / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Yan, L. / Okatsu, K. / Fukai, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03983 日本
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: LGI1-ADAM22 levels regulate seizure thresholds through 14-3-3 in mice
著者: Yokoi, N. / Fukata, Y. / Okatsu, K. / Yamagata, A. / Yan, L. / Sanbo, M. / Miyazaki, Y. / Goto, T. / Abe, M. / Natsume, R. / Aiba, A. / Sakimura, K. / Meijer, D. / Hirabayashi, M. / Fukai, S. / Fukata, M.
履歴
登録2021年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
C: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0653
ポリマ－61,0653
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.197, 85.546, 111.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1 / SEZ-2


分子量: 28632.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ywhaz / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63101
#2: タンパク質・ペプチド Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22 / ADAM 22


分子量: 3801.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9R1V6
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG2000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→49.5 Å / Num. obs: 18575 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 71.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.351 / Rsym value: 0.337 / Net I/σ(I): 14.13
反射 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 2927 / CC1/2: 0.918 / Rrim(I) all: 2.311 / Rsym value: 2.222 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QJA

1qja


解像度: 2.75→49.48 Å / SU ML: 0.4585 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.0421
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 938 5.09 %
Rwork0.2422 17498 -
obs0.2436 18436 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→49.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3704 0 0 0 3704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263755
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41235046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.09041452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.90.36381170.38552438X-RAY DIFFRACTION98.23
2.9-3.080.35531280.33622453X-RAY DIFFRACTION99.15
3.08-3.320.34951210.2962470X-RAY DIFFRACTION98.89
3.32-3.650.31961410.27162456X-RAY DIFFRACTION98.93
3.65-4.180.26581360.22262514X-RAY DIFFRACTION99.77
4.18-5.260.24341600.20562509X-RAY DIFFRACTION99.93
5.26-49.480.21231350.21822658X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.427744398690.300517626295-0.4101123599364.492152023781.540317140594.16969221710.265120840823-0.811465175349-0.6289314722410.5110640622630.1643334426681.397747366710.2532171170740.481593244139-0.1940560606680.624451162664-0.04529275854960.07103508572460.6109726630050.1240711230310.791805195975-37.8169149424-6.528969886218.4286360097
24.39988851101-0.966682189616-0.4036824128254.378489246831.908869019536.87306462483-0.3058114078920.0634773597224-0.6513244825990.0384521286901-0.4815339548330.960248830304-0.256886378253-1.18537835888-0.09511429357690.523283612176-0.106230009241-0.1047440369810.8130859037180.1671128266151.21742862131-47.4010110596-3.296523563787.28855686773
34.34337216926-1.60604876558-2.144482089883.231276325770.8064523445519.14215226160.09997507498620.799514182947-1.23147105571-0.512036326086-0.1316392532240.9380206295061.2504160849-1.69865886527-0.3361699187120.747115199948-0.169734246544-0.2509783038420.815860694597-0.03433780282171.58909987365-49.8884388333-11.7409484932-4.13543650297
44.36854757218-4.03358172891-0.2961523310076.46772010433.62358002884.20145160024-0.0355020876294-0.438192425661-0.7177830680370.9288728648490.3549811733150.45767205113-0.564521289324-0.572491152146-0.529495222171.1976009302-0.1007703101110.2270712790591.236655431970.6242787953731.14565733187-56.0191111496-8.3594895790625.4833675161
53.343278841920.4430326019581.928571125074.94309448087-1.484145592984.5329392080.29972747116-0.7233563680960.04439241242650.4138508442790.06866030230111.911206929920.529994715426-1.18274509975-0.5399442579690.620973471374-0.063356449720.1454125710771.034770200350.4459277661691.76085080489-57.4053880789-3.7715185516512.3148388826
61.909749833091.430029168651.172138025574.546407181980.7363686483222.1389374374-0.189568630203-0.646017811632-0.4096091720580.3795704842550.2622192037191.97222883933-0.173329200336-0.721188302771-0.08739605821580.6913772522370.05686421508090.1325058666231.338595855370.3094133543242.25183275314-63.32504459346.2796322716512.8567415307
78.3327342285-1.991510326820.5918533785598.70714452738-2.49155240946.24171020217-0.2631913782140.6023221865660.2559382062940.02601131657810.02088259872081.37462376039-0.8180689656020.4581547128520.3046770458570.5381127217730.005681658681410.06278727044690.70225234296-0.04523878363871.46796533049-55.808548456415.55059289468.77935014425
83.68422813199-1.03083744766-2.481982619961.760328371280.1522286765413.529255269020.372783762830.86929062865-0.20168619683-0.878042526942-0.3845688682160.533887691597-0.111193120244-0.419757225106-0.09549770464550.897207982588-0.0100919103731-0.4261039849390.781238416305-0.08922867643170.779182068548-32.4691895347-10.195950972-13.676630869
92.61073232232-0.874715875967-1.564835791542.197204612910.6715272311695.535292159970.126117945091-0.123573834525-0.3176595498880.1179091220360.143858046080.3005578335950.06550582812530.669352279488-0.2593156233150.560473457201-0.0126696513525-0.100533221510.555717194377-0.007373880577830.422163035812-23.5439944146-5.711915637446.95174569186
103.993815637560.112627340348-1.231400026214.60030083968-1.551967573890.825119370212-0.01236428702070.706340900379-0.103446846239-0.4477452110780.0009114656848830.1234455620940.548834372450.164756269867-0.2654927773490.618287285165-0.0139667678354-0.06148572921730.565902953313-0.1361270560850.373723673025-15.6086233223-6.37877276037-11.4666405183
111.33133339338-0.895952397897-1.308552970242.334339251080.8550198137881.288336446380.121187298724-0.650480049937-0.2934074475780.7724892377370.107403292477-0.5321479597881.177391491360.880766622699-0.8219444754010.7827294073180.254775461357-0.7012265947311.6942343181-0.312573593408-0.168772940648-11.5379733972-7.302936267448.96316253274
123.987794740990.98079242096-0.8781296724084.85576802969-3.47485726377.62604356432-0.0611343725778-0.10401896232-0.314122860289-0.356243143602-0.357261244191-0.9275250292720.8363491803082.05812573324-0.08497567892450.5928854061460.118053223965-0.09337932109890.979371207416-0.2324143410040.561253560902-6.46603370157-2.38884628981-8.36542788208
134.622406992110.01589501323030.2597113519414.3028032164-1.834933340234.49589790972-0.213929871035-0.2634833303570.2533095147650.327248562222-0.427653372359-0.1252252548820.202474582747-0.265570057056-0.2797642176470.472810072899-0.0574755610732-0.02965805364680.603730210687-0.2414461545950.545103153611-11.46268591786.14555340895-7.76150513039
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 103 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 104 through 111 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 112 through 136 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 137 through 210 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 211 through 230 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 39 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 40 through 103 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 104 through 130 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 131 through 137 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 138 through 159 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 160 through 184 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 185 through 209 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 210 through 229 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 828 through 856 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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