+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ewc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium tuberculosis HigA2 (Form I) | ||||||
要素 | Putative antitoxin HigA2 | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Antitoxin / HigA2 | ||||||
機能・相同性 | HigA2-like, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Putative antitoxin HigA2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, H.J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2021 タイトル: Chasing the structural diversity of the transcription regulator Mycobacterium tuberculosis HigA2. 著者: Richardson, W. / Kang, G.W. / Lee, H.J. / Kwon, K.M. / Kim, S. / Kim, H.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ewc.cif.gz | 66.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7ewc.ent.gz | 48 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ewc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11309.927 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 遺伝子: higA2, Rv2021c, RVBD_2021c, LH57_11010, P425_02092 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O53467 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 11% (w/v) PEK 20000, 0.1M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 20447 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 969 / CC1/2: 0.984 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Y7Y, 3B7H, 3KXA, 2A6C 解像度: 2.05→35.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.201 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.22 Å2 / Biso mean: 35.407 Å2 / Biso min: 12.96 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→35.22 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|