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- PDB-7evr: Crystal structure of hnRNP L RRM2 in complex with SETD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7evr
タイトルCrystal structure of hnRNP L RRM2 in complex with SETD2
要素
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
  • SHI domain from Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mesoderm morphogenesis / coronary vasculature morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / cell migration involved in vasculogenesis / ribonucleoprotein granule / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / embryonic placenta morphogenesis ...mesoderm morphogenesis / coronary vasculature morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / cell migration involved in vasculogenesis / ribonucleoprotein granule / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / embryonic placenta morphogenesis / pericardium development / regulation of mRNA export from nucleus / stem cell development / histone H3K36 methyltransferase activity / nucleosome organization / embryonic cranial skeleton morphogenesis / protein-lysine N-methyltransferase activity / response to type I interferon / positive regulation of ossification / response to alkaloid / regulation of protein localization to chromatin / response to metal ion / histone H3 methyltransferase activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / endodermal cell differentiation / positive regulation of interferon-alpha production / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / alpha-tubulin binding / mismatch repair / positive regulation of autophagy / RNA processing / pre-mRNA intronic binding / forebrain development / mRNA Splicing - Major Pathway / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of cytokinesis / neural tube closure / stem cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / response to organic cyclic compound / PKMTs methylate histone lysines / mRNA processing / chromosome / regulation of gene expression / defense response to virus / angiogenesis / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / RRM domain / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / RRM-like domain / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily ...hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / RRM domain / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / RRM-like domain / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SETD2/Set2, SET domain / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Li, F.D. / Wang, S.M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the interaction between SETD2 methyltransferase and hnRNP L paralogs for governing co-transcriptional splicing.
著者: Bhattacharya, S. / Wang, S. / Reddy, D. / Shen, S. / Zhang, Y. / Zhang, N. / Li, H. / Washburn, M.P. / Florens, L. / Shi, Y. / Workman, J.L. / Li, F.
履歴
登録2021年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
B: SHI domain from Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
C: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
D: SHI domain from Histone-lysine N-methyltransferase SETD2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8294
ポリマ－30,8294
非ポリマー00
水5,981332
1
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
B: SHI domain from Histone-lysine N-methyltransferase SETD2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4142
ポリマ－15,4142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6820 Å2
手法PISA
2
C: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
D: SHI domain from Histone-lysine N-methyltransferase SETD2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4142
ポリマ－15,4142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.776, 38.789, 68.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L / hnRNP L


分子量: 12626.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPL, HNRPL, P/OKcl.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14866
#2: タンパク質・ペプチド SHI domain from Histone-lysine N-methyltransferase SETD2 / HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin- ...HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin-interacting protein B / Lysine N-methyltransferase 3A / Protein-lysine N-methyltransferase SETD2 / SET domain-containing protein 2 / hSET2 / p231HBP


分子量: 2788.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9BYW2, [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.8M Potassium/Sodium phosphate, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 27697 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 15.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 142925
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.834.90.46613540.9150.2180.5160.55998.1
1.83-1.865.10.45513530.90.2110.5030.54599.6
1.86-1.95.20.43113710.9110.20.4760.59399.9
1.9-1.945.20.37413940.9010.1750.4140.70999.7
1.94-1.985.20.31813350.9320.150.3530.678100
1.98-2.034.90.29714280.940.1450.3320.72999.9
2.03-2.084.90.26613470.9530.1280.2960.86699.9
2.08-2.135.40.22213810.9710.1020.2450.896100
2.13-2.25.40.20113750.9730.0920.2220.856100
2.2-2.275.30.21613780.9710.0990.2381.02599.9
2.27-2.355.20.17613660.9810.0820.1950.96100
2.35-2.4450.16413880.9740.080.1830.992100
2.44-2.5550.15114000.980.0720.1681.084100
2.55-2.695.40.14613560.9810.0660.161.09899.9
2.69-2.865.40.1314010.9830.060.1441.15100
2.86-3.085.30.11213850.9890.0520.1241.259100
3.08-3.3950.09613900.9890.0460.1071.54599.9
3.39-3.885.40.08314290.9940.0380.0921.67199.9
3.88-4.8850.07214010.9920.0350.0811.662100
4.88-405.10.07314650.9930.0350.0811.47199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZZY

3zzy


解像度: 1.8→39.78 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 1373 4.96 %
Rwork0.1582 26308 -
obs0.1602 27681 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 54.19 Å2 / Biso mean: 19.619 Å2 / Biso min: 7.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1944 0 0 332 2276
Biso mean---30.49 -
残基数----251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.860.25541320.22272534266697
1.86-1.940.24521510.190126162767100
1.94-2.030.25491230.168726392762100
2.03-2.130.18831300.160126032733100
2.13-2.270.23371470.151526162763100
2.27-2.440.18021410.154526112752100
2.44-2.690.2141320.165426272759100
2.69-3.080.19781490.161626422791100
3.08-3.880.16671300.141926942824100
3.88-39.780.17651380.148427262864100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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